More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0094 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  100 
 
 
208 aa  420  1e-117  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  93.75 
 
 
208 aa  400  1e-111  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  93.27 
 
 
208 aa  400  1e-111  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  93.27 
 
 
208 aa  400  1e-111  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  91.35 
 
 
208 aa  393  1e-109  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  91.83 
 
 
208 aa  390  1e-108  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  91.35 
 
 
208 aa  390  1e-108  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  6.8654e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  85.58 
 
 
208 aa  374  1e-103  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  84.62 
 
 
208 aa  362  3e-99  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  79.33 
 
 
208 aa  347  9e-95  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  54.81 
 
 
208 aa  229  3e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.45 
 
 
211 aa  224  8e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
209 aa  223  2e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
209 aa  223  2e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.60982e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.92 
 
 
208 aa  218  7e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
203 aa  216  1e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  1.6478e-07  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  54.03 
 
 
206 aa  217  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
209 aa  216  1e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  55.24 
 
 
207 aa  216  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  4.19462e-05 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0500  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 
207 aa  214  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  54.81 
 
 
208 aa  214  5e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  53.08 
 
 
206 aa  214  8e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 
206 aa  213  2e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  53.59 
 
 
206 aa  213  2e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 
203 aa  213  2e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
209 aa  212  3e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  4.99385e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
205 aa  211  4e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 
207 aa  212  4e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  55.98 
 
 
209 aa  211  5e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  53.59 
 
 
209 aa  211  5e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 
203 aa  211  6e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 
208 aa  211  6e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 
207 aa  211  7e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2302  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 
207 aa  211  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 
207 aa  211  8e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 
208 aa  210  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3500  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
206 aa  210  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0101758  hitchhiker  8.43675e-08 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 
203 aa  210  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  1.87386e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2613  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
206 aa  209  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.872553  normal  0.744433 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
208 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
208 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
208 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 
206 aa  208  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  50.96 
 
 
208 aa  208  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 
207 aa  208  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
206 aa  208  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 
203 aa  208  5e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  2.24183e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  53.59 
 
 
206 aa  208  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  9.23822e-10  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
200 aa  207  7e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.98678e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
208 aa  207  8e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  51.67 
 
 
206 aa  207  9e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  51.67 
 
 
209 aa  207  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
208 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  50.48 
 
 
208 aa  206  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  9.46412e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
206 aa  206  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
206 aa  206  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  7.109e-07  unclonable  2.36085e-11 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 
203 aa  206  2e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
206 aa  206  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
206 aa  206  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  5.16884e-11 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
206 aa  205  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.35795e-06  unclonable  1.01717e-05 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 
207 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 
207 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  2.27191e-05 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  51.44 
 
 
206 aa  205  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.3906e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  52.86 
 
 
207 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  49.52 
 
 
208 aa  205  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  49.76 
 
 
203 aa  205  4e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 
207 aa  205  4e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0405  30S ribosomal protein S4  54.29 
 
 
207 aa  204  5e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.916178  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  49.52 
 
 
208 aa  204  6e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
206 aa  204  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  6.24869e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
206 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  9.64484e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
206 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.24947e-07  hitchhiker  7.98632e-11 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
206 aa  204  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  3.32608e-05  unclonable  9.65042e-09 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
206 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
206 aa  204  7e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.09466e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2880  ribosomal protein S4  49.28 
 
 
205 aa  204  8e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
200 aa  204  8e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
206 aa  204  9e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.27646e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  52.38 
 
 
207 aa  203  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 
206 aa  203  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  1.10473e-09 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3327  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 
200 aa  203  1e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  2.48743e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
206 aa  203  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.62542e-07  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  47.6 
 
 
208 aa  203  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 
206 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  49.04 
 
 
208 aa  202  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.07934e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1973  30S ribosomal protein S4  54.76 
 
 
203 aa  202  2e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  3.12348e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 
206 aa  203  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.08668e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  50 
 
 
208 aa  202  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  52.15 
 
 
206 aa  202  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.10035e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 
206 aa  202  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0077  ribosomal protein S4  51.9 
 
 
207 aa  202  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  53.37 
 
 
202 aa  202  3e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0339  30S ribosomal protein S4  53.81 
 
 
207 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.411098  normal  0.0560525 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  52.63 
 
 
206 aa  202  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  5.81298e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 
207 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 
207 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  53.33 
 
 
207 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 
206 aa  202  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  51.9 
 
 
207 aa  201  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  50.95 
 
 
207 aa  201  5e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>