More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0093 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0093  30S ribosomal protein S11  100 
 
 
130 aa  263  8e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0385676  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1580  30S ribosomal protein S11  99.23 
 
 
130 aa  262  1e-69  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1765  30S ribosomal protein S11  99.23 
 
 
130 aa  262  1e-69  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1946  30S ribosomal protein S11  98.46 
 
 
130 aa  260  4e-69  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.124968  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1010  30S ribosomal protein S11  98.28 
 
 
130 aa  235  1e-61  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.483277  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0057  30S ribosomal protein S11  94.83 
 
 
130 aa  231  4e-60  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1753  30S ribosomal protein S11  95.69 
 
 
130 aa  229  7e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00483977  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0207  30S ribosomal protein S11  95.54 
 
 
130 aa  224  3e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.753632  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1944  30S ribosomal protein S11  90.52 
 
 
130 aa  221  3e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0325  30S ribosomal protein S11  78.45 
 
 
130 aa  199  2e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2293  30S ribosomal protein S11  60 
 
 
129 aa  172  1e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1806  30S ribosomal protein S11  60 
 
 
129 aa  172  1e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.533264  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2252  30S ribosomal protein S11  60 
 
 
129 aa  172  1e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0467149  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0308  30S ribosomal protein S11  59.23 
 
 
129 aa  171  3e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.331019 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1637  30S ribosomal protein S11  58.46 
 
 
129 aa  168  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0662534  normal  0.0192025 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1772  30S ribosomal protein S11  60 
 
 
129 aa  169  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.586668  normal  0.347372 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0616  30S ribosomal protein S11  56.15 
 
 
129 aa  168  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0278  30S ribosomal protein S11  56.92 
 
 
129 aa  169  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.778856  normal  0.618273 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0783  30S ribosomal protein S11  56.92 
 
 
129 aa  168  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483609  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0731  ribosomal protein S11  62.31 
 
 
128 aa  167  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.06792e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2759  ribosomal protein S11  56.92 
 
 
129 aa  164  3e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.27094 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0704  30S ribosomal protein S11  56.69 
 
 
131 aa  164  3e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.83991e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2990  30S ribosomal protein S11  55.38 
 
 
129 aa  162  2e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.319049 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0330  30S ribosomal protein S11  56.15 
 
 
129 aa  162  2e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.726774  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1931  30S ribosomal protein S11  56.15 
 
 
129 aa  162  2e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.194194  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2665  30S ribosomal protein S11  59.23 
 
 
129 aa  161  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2037  30S ribosomal protein S11  55.38 
 
 
129 aa  160  4e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.594548  normal  0.506463 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1371  30S ribosomal protein S11  58.62 
 
 
130 aa  159  8e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.202358  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1866  30S ribosomal protein S11  55.38 
 
 
129 aa  159  9e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0651  30S ribosomal protein S11  60.34 
 
 
131 aa  159  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.5695  hitchhiker  4.56607e-06 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1173  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  159  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.067515  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1979  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  159  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.38607  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1655  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  159  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1210  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  159  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3156  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
132 aa  159  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.980301  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2141  30S ribosomal protein S11  55.38 
 
 
129 aa  158  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2815  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
134 aa  158  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769737  normal  0.19032 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3502  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3780  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3722  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.113628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1948  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3293  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3643  30S ribosomal protein S11  56.15 
 
 
129 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360656  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3620  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
134 aa  158  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000402768  hitchhiker  1.05746e-09 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2735  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0338  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
134 aa  158  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.578  normal  0.0241058 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0372  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.557439  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3145  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171287  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0291  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1090  30S ribosomal protein S11  58.62 
 
 
131 aa  158  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.258039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0351  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.161221 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2608  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1327  30S ribosomal protein S11  55.38 
 
 
129 aa  158  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.784215 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0273  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0134293 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0300  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0251281  normal  0.0760469 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3471  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.905571  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3752  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.347959  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3044  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
133 aa  158  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.21907  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1009  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  157  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636565  normal  0.191083 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1453  30S ribosomal protein S11  56.15 
 
 
129 aa  157  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.067537  normal  0.300566 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2989  30S ribosomal protein S11  59.02 
 
 
130 aa  158  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.108591  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0870  30S ribosomal protein S11  53.49 
 
 
131 aa  158  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  9.18972e-09  hitchhiker  0.00608711 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1355  30S ribosomal protein S11  56.15 
 
 
129 aa  157  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00844113  normal  0.387403 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0566  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  157  4e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.628191 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0438  ribosomal protein S11  57.81 
 
 
183 aa  157  4e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00108118  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2193  30S ribosomal protein S11  55.38 
 
 
129 aa  157  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0789543  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2318  30S ribosomal protein S11  56.15 
 
 
129 aa  157  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.163155  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2833  30S ribosomal protein S11  59.48 
 
 
131 aa  157  6e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.279532  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1923  30S ribosomal protein S11  58.47 
 
 
130 aa  157  6e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.194942  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5047  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  156  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0249835  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0512  30S ribosomal protein S11  58.14 
 
 
130 aa  156  9e-38  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0790  30S ribosomal protein S11  54.92 
 
 
129 aa  156  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0644212  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2926  30S ribosomal protein S11  53.28 
 
 
133 aa  155  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  2.15404e-05 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0076  30S ribosomal protein S11  55.74 
 
 
135 aa  155  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3273  30S ribosomal protein S11  53.28 
 
 
133 aa  155  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3425  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0507  30S ribosomal protein S11  53.85 
 
 
129 aa  155  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00376989  normal  0.069652 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3161  30S ribosomal protein S11  55.38 
 
 
129 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.560785  normal  0.304254 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0512  30S ribosomal protein S11  53.85 
 
 
129 aa  155  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.11652  hitchhiker  0.00952872 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19730  SSU ribosomal protein S11P  57.58 
 
 
131 aa  154  3e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000382809  normal  0.755388 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0835  30S ribosomal protein S11  54.92 
 
 
131 aa  154  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.633352  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1387  30S ribosomal protein S11  58.47 
 
 
130 aa  155  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.368178 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0133  30S ribosomal protein S11  59.23 
 
 
129 aa  154  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1568  30S ribosomal protein S11  57.63 
 
 
130 aa  154  4e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0898739  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2995  30S ribosomal protein S11  53.28 
 
 
133 aa  154  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.400424 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3925  30S ribosomal protein S11  53.49 
 
 
134 aa  154  5e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2041  30S ribosomal protein S11  60.94 
 
 
131 aa  153  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00199904  hitchhiker  0.00122216 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2130  30S ribosomal protein S11  60.17 
 
 
135 aa  153  7e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.012863  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0396  30S ribosomal protein S11  54.92 
 
 
134 aa  153  8e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.551481  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0404  30S ribosomal protein S11  54.92 
 
 
134 aa  153  8e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0137  30S ribosomal protein S11  58.46 
 
 
129 aa  153  9e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.97157e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0726  30S ribosomal protein S11  58.33 
 
 
131 aa  152  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.873114  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0624  30S ribosomal protein S11  54.1 
 
 
134 aa  152  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0428  30S ribosomal protein S11  54.1 
 
 
130 aa  152  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.316417  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0131  30S ribosomal protein S11  58.46 
 
 
129 aa  152  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.08519e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1045  30S ribosomal protein S11  54.92 
 
 
134 aa  153  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0312  30S ribosomal protein S11  59.23 
 
 
129 aa  152  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.830269  normal  0.250998 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2303  30S ribosomal protein S11  54.1 
 
 
134 aa  152  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0624  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  152  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000665656  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00752  30S ribosomal protein S11  53.08 
 
 
129 aa  152  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>