80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0036 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  100 
 
 
312 aa  632  1e-180  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  55.35 
 
 
282 aa  316  4e-85  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  54.61 
 
 
282 aa  315  8e-85  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  53.51 
 
 
282 aa  308  8e-83  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  46.15 
 
 
272 aa  242  5e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  45.39 
 
 
275 aa  241  1e-62  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  49.4 
 
 
269 aa  241  1e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  45.77 
 
 
275 aa  240  2e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  47.47 
 
 
302 aa  239  6e-62  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  41.9 
 
 
271 aa  231  1e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  44.44 
 
 
270 aa  226  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  38.74 
 
 
291 aa  224  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  41.6 
 
 
281 aa  220  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  41.73 
 
 
304 aa  219  4e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  38.52 
 
 
279 aa  217  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  42.5 
 
 
272 aa  216  3e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  38.93 
 
 
309 aa  216  3e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  41.11 
 
 
302 aa  216  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  39.15 
 
 
315 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  38.2 
 
 
317 aa  215  7e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  41.06 
 
 
266 aa  214  1e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  41.73 
 
 
315 aa  214  1e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  41.11 
 
 
302 aa  214  1e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  37.77 
 
 
315 aa  214  2e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  44.18 
 
 
279 aa  211  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  37.6 
 
 
337 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  37.38 
 
 
311 aa  208  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  41.04 
 
 
288 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  40.8 
 
 
282 aa  205  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  37.17 
 
 
306 aa  205  8e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  37.17 
 
 
279 aa  203  3e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  36.8 
 
 
298 aa  201  1e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  40.24 
 
 
309 aa  199  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  36.58 
 
 
303 aa  199  5e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  36.89 
 
 
290 aa  199  7e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  33.96 
 
 
295 aa  197  2e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  36.9 
 
 
283 aa  195  8e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  35.06 
 
 
306 aa  195  8e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  33.89 
 
 
295 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  37.3 
 
 
292 aa  194  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  38.89 
 
 
282 aa  194  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  34.27 
 
 
298 aa  191  9e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  36.88 
 
 
279 aa  189  6e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  35.74 
 
 
326 aa  182  7e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  35.74 
 
 
375 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  40.32 
 
 
282 aa  174  1e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  34.72 
 
 
284 aa  173  4e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  34.65 
 
 
281 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  29.19 
 
 
412 aa  59.3  7e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.08 
 
 
601 aa  56.2  7e-07  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  28.74 
 
 
882 aa  53.9  4e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  30.11 
 
 
437 aa  52.4  9e-06  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  35.14 
 
 
437 aa  52  1e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.1 
 
 
588 aa  51.6  2e-05  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  29.03 
 
 
437 aa  51.2  2e-05  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  23.13 
 
 
306 aa  50.4  4e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  30.11 
 
 
508 aa  50.1  5e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  24.86 
 
 
833 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.89 
 
 
509 aa  47.4  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  25.21 
 
 
831 aa  47.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.36 
 
 
522 aa  47  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  25.23 
 
 
896 aa  47  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  27.37 
 
 
846 aa  47  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.73 
 
 
582 aa  46.2  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.27 
 
 
550 aa  45.4  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  28.63 
 
 
853 aa  45.4  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  31.09 
 
 
549 aa  45.4  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  25.7 
 
 
601 aa  45.1  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  27.27 
 
 
863 aa  45.8  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.64 
 
 
510 aa  44.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  30.17 
 
 
603 aa  43.9  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  27.27 
 
 
867 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  25.44 
 
 
537 aa  43.9  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  28.37 
 
 
901 aa  43.5  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  30.56 
 
 
520 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  30.56 
 
 
520 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  30.56 
 
 
520 aa  43.1  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  29.33 
 
 
513 aa  42.7  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  31.43 
 
 
509 aa  42.4  0.01  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  28.32 
 
 
584 aa  42.4  0.01  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>