97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0031 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0031  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  576  1.0000000000000001e-163  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.718657  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0674  transcriptional regulator, putative  52.98 
 
 		 290 aa  295  4e-79  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0597  transcriptional regulator, putative  50.63 
 
 		 240 aa  239  5.999999999999999e-62  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0219  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.11 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2746  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.46 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0446014 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0924  transcriptional regulator-like  30.74 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156607 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0512  regulatory protein, DeoR  32.76 
 
 		 303 aa  127  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00413197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4729  regulatory protein DeoR  30.45 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2884  regulatory protein DeoR  28.84 
 
 		 232 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1041  putative transcriptional regulator  28 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1387  regulatory protein DeoR  27.91 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0758  transcriptional regulator  25.37 
 
 		 233 aa  80.1  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3434  transcriptional regulator  27.93 
 
 		 237 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0918  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator  25.61 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4799  hypothetical protein  30 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.326133 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3405  hypothetical protein  30 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3204  hypothetical protein  30 
 
 		 226 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0872  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator  25.94 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000595288  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  28.24 
 
 		 306 aa  62  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.58 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0826  aspartate ammonia-lyase  25.35 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00181727  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.29 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.71 
 
 		 299 aa  55.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.54 
 
 		 327 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.84 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.2 
 
 		 316 aa  53.5  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.39 
 
 		 324 aa  53.1  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  20.25 
 
 		 330 aa  53.1  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0952  transcriptional regulator protein-like protein  26.89 
 
 		 304 aa  51.6  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 322 aa  52  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.54 
 
 		 312 aa  50.8  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  32.26 
 
 		 311 aa  51.2  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.87 
 
 		 323 aa  50.4  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.71 
 
 		 303 aa  50.1  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.66 
 
 		 328 aa  49.7  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3355  transcriptional regulator protein-like protein  40.74 
 
 		 285 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 317 aa  49.3  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.18 
 
 		 317 aa  49.3  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 313 aa  49.3  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.73 
 
 		 315 aa  49.3  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 327 aa  48.9  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  22.9 
 
 		 313 aa  48.9  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  23.23 
 
 		 313 aa  48.9  0.00009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.51 
 
 		 302 aa  48.9  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  27.17 
 
 		 317 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  20.88 
 
 		 330 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.72 
 
 		 313 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.16 
 
 		 328 aa  48.1  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.4 
 
 		 318 aa  48.1  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.74 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.65 
 
 		 328 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  26.92 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0225  hypothetical protein  39.76 
 
 		 87 aa  48.1  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000809916  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  26.92 
 
 		 317 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  25.41 
 
 		 324 aa  47.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  22 
 
 		 324 aa  47  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  40.79 
 
 		 229 aa  47  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.08 
 
 		 317 aa  47  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.42 
 
 		 334 aa  46.6  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  26.63 
 
 		 348 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  26.63 
 
 		 317 aa  46.2  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.73 
 
 		 320 aa  46.2  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  26.37 
 
 		 317 aa  45.8  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  19.87 
 
 		 314 aa  45.8  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  26.37 
 
 		 317 aa  45.8  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 132 aa  45.8  0.0008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  26.37 
 
 		 317 aa  45.8  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0009  transcriptional regulator, putative  34.78 
 
 		 111 aa  45.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.227571  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  25.14 
 
 		 320 aa  45.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.85 
 
 		 324 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.39 
 
 		 313 aa  45.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.76 
 
 		 325 aa  45.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.29 
 
 		 339 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.33 
 
 		 235 aa  44.3  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.5 
 
 		 321 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.06 
 
 		 318 aa  44.3  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.76 
 
 		 232 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.55 
 
 		 336 aa  44.3  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22 
 
 		 322 aa  44.3  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  24.89 
 
 		 238 aa  43.5  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.39 
 
 		 325 aa  43.5  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.92 
 
 		 319 aa  43.5  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.28 
 
 		 324 aa  43.5  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.4 
 
 		 323 aa  43.5  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  23.37 
 
 		 327 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  21.81 
 
 		 320 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.86 
 
 		 302 aa  43.1  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0552  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.73 
 
 		 347 aa  42.7  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 230 aa  43.1  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  23.41 
 
 		 228 aa  42.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  22.15 
 
 		 330 aa  42.7  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.59 
 
 		 323 aa  42.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  25.94 
 
 		 235 aa  42.4  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.49 
 
 		 230 aa  42.7  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  22.53 
 
 		 320 aa  42.4  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.68 
 
 		 229 aa  42.4  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.36 
 
 		 324 aa  42  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.113203 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>