More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0023 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  100 
 
 
300 aa  614  1e-175  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0049  RNA pseudouridine synthase family protein  69.15 
 
 
300 aa  421  1e-117  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  68.47 
 
 
300 aa  421  1e-116  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  68.14 
 
 
300 aa  414  1e-115  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1120  putative prophage LambdaCh01, recombination protein Bet  57.72 
 
 
305 aa  357  2e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1893  disulfide isomerase  54.03 
 
 
307 aa  326  2e-88  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1818  RNA pseudouridine synthase  50.95 
 
 
319 aa  314  1e-84  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1741  RNA pseudouridine synthase  50.67 
 
 
304 aa  304  1e-81  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  47.3 
 
 
302 aa  282  6e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  42.31 
 
 
304 aa  226  4e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  29.23 
 
 
436 aa  132  9e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  30.45 
 
 
327 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  30.85 
 
 
311 aa  129  6e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  30.51 
 
 
311 aa  129  9e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  30.43 
 
 
400 aa  129  9e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.53 
 
 
438 aa  128  1e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  31.35 
 
 
431 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  30.99 
 
 
407 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.93 
 
 
391 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  30.99 
 
 
405 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  30.58 
 
 
402 aa  125  8e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  30.58 
 
 
402 aa  125  8e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.48 
 
 
402 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  29.1 
 
 
360 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.81 
 
 
306 aa  123  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  28.98 
 
 
370 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  34.08 
 
 
318 aa  122  5e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  30.34 
 
 
358 aa  123  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  28.98 
 
 
370 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.2 
 
 
395 aa  121  1e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  30.27 
 
 
547 aa  121  1e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.2 
 
 
395 aa  121  1e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  32.2 
 
 
389 aa  121  2e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  32.2 
 
 
389 aa  121  2e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  32.2 
 
 
389 aa  121  2e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  32.2 
 
 
389 aa  120  2e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  32.2 
 
 
395 aa  121  2e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  28.21 
 
 
342 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.94 
 
 
315 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  30.97 
 
 
344 aa  118  1e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.79 
 
 
304 aa  118  1e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  37.91 
 
 
305 aa  117  3e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.65 
 
 
296 aa  116  4e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  31.47 
 
 
331 aa  116  5e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  31.37 
 
 
305 aa  115  1e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  30.38 
 
 
329 aa  115  1e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  31.6 
 
 
299 aa  115  1e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  33.87 
 
 
305 aa  114  1e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  27.87 
 
 
299 aa  115  1e-24  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  32.21 
 
 
318 aa  114  2e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.95 
 
 
301 aa  113  3e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  28.04 
 
 
350 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  30.77 
 
 
314 aa  113  4e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  34.56 
 
 
235 aa  113  4e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  31.05 
 
 
325 aa  113  4e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  30.08 
 
 
319 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.89 
 
 
323 aa  113  5e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.87 
 
 
305 aa  112  1e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.22 
 
 
303 aa  111  1e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.78 
 
 
334 aa  112  1e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.82 
 
 
403 aa  111  1e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.88 
 
 
309 aa  111  1e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  27.08 
 
 
323 aa  111  1e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  30.14 
 
 
325 aa  111  2e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  29.54 
 
 
325 aa  110  2e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  36.11 
 
 
229 aa  111  2e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.44 
 
 
296 aa  110  2e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.4 
 
 
302 aa  110  2e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  34.48 
 
 
306 aa  110  2e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.56 
 
 
305 aa  111  2e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  30.56 
 
 
303 aa  111  2e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  28.47 
 
 
323 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.03 
 
 
318 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  29.85 
 
 
318 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  32.41 
 
 
293 aa  109  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.77 
 
 
320 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 
356 aa  109  7e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  32.7 
 
 
218 aa  109  7e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.62 
 
 
343 aa  109  7e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.5 
 
 
306 aa  109  7e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.85 
 
 
300 aa  109  7e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.28 
 
 
326 aa  108  8e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.64381e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.28 
 
 
326 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  2.84548e-07 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 
420 aa  108  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  29.92 
 
 
331 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  29.85 
 
 
323 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.28 
 
 
326 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.25368e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  28.9 
 
 
327 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  28.63 
 
 
300 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  28.31 
 
 
320 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  31.98 
 
 
314 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  30.28 
 
 
326 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  30.28 
 
 
326 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  30.28 
 
 
326 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.45 
 
 
332 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  29.36 
 
 
396 aa  108  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  28.29 
 
 
310 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.67 
 
 
300 aa  107  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  29.82 
 
 
326 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  34.24 
 
 
305 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>