More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0017 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0017  putative ribosomal pseudouridine synthase  100 
 
 
253 aa  513  1e-144  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1878  RNA pseudouridylate synthase family protein  87.75 
 
 
253 aa  460  1e-128  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0266462  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0003  RNA pseudouridine synthase family protein  87.35 
 
 
253 aa  458  1e-128  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  5.22631e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2083  RNA pseudouridine synthase family protein  86.17 
 
 
253 aa  454  1e-127  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  4.47983e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1885  putative peptide ABC transporter, permease protein  70.36 
 
 
257 aa  361  8e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0639352  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1113  RNA-uridine isomerase  67.72 
 
 
257 aa  355  3e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1750  RNA pseudouridine synthase  65.22 
 
 
253 aa  336  3e-91  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1809  pseudouridine synthase, Rsu:RNA-binding S4:pseudouridine synthase  64.57 
 
 
254 aa  333  1e-90  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.137789  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0065  RNA-binding S4 domain protein  58.3 
 
 
261 aa  302  4e-81  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0212  pseudouridine synthase, Rsu  47.58 
 
 
312 aa  247  1e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  35.74 
 
 
268 aa  154  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.82 
 
 
268 aa  149  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.2 
 
 
290 aa  145  7e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  35.92 
 
 
417 aa  141  1e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.35 
 
 
296 aa  138  9e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.4 
 
 
244 aa  137  1e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0877  RNA pseudouridine synthase family protein  32.4 
 
 
244 aa  135  4e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  34.84 
 
 
587 aa  135  6e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1753  RNA-binding S4 domain protein  34.15 
 
 
318 aa  134  2e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.362888 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  34.43 
 
 
379 aa  133  2e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  33.73 
 
 
315 aa  133  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  34.27 
 
 
554 aa  131  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  34.27 
 
 
626 aa  131  1e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  34.27 
 
 
586 aa  130  2e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  34.27 
 
 
572 aa  130  2e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  34.27 
 
 
586 aa  130  2e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.27 
 
 
586 aa  130  2e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.27 
 
 
572 aa  130  2e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.01 
 
 
398 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  30.71 
 
 
278 aa  129  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  32.08 
 
 
317 aa  130  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  3.79641e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.53 
 
 
286 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  6.82568e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  32.93 
 
 
292 aa  129  4e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.93 
 
 
292 aa  129  4e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.87 
 
 
380 aa  129  5e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.87 
 
 
502 aa  128  7e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  33.87 
 
 
554 aa  128  7e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  33.87 
 
 
554 aa  128  7e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  33.87 
 
 
554 aa  128  7e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  33.87 
 
 
554 aa  128  7e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.87 
 
 
513 aa  128  7e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  32.24 
 
 
274 aa  128  8e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  33.87 
 
 
554 aa  128  8e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.87 
 
 
615 aa  128  1e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.87 
 
 
633 aa  128  1e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.33 
 
 
355 aa  127  1e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  6.993e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.33 
 
 
355 aa  127  1e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.33 
 
 
354 aa  127  1e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22758e-06 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.27 
 
 
588 aa  128  1e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.66 
 
 
340 aa  127  2e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  34.06 
 
 
289 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  31.88 
 
 
288 aa  126  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  34.27 
 
 
597 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  31.85 
 
 
248 aa  126  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  33.19 
 
 
293 aa  126  4e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.75 
 
 
291 aa  126  4e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.75 
 
 
291 aa  126  4e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.75 
 
 
291 aa  126  4e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  33.2 
 
 
242 aa  125  6e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  32.31 
 
 
291 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.31 
 
 
291 aa  125  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  32.31 
 
 
291 aa  125  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  32.31 
 
 
291 aa  125  8e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  32.31 
 
 
291 aa  125  8e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  31.85 
 
 
467 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.8 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.8 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.02 
 
 
631 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  32.8 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.8 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  31.45 
 
 
248 aa  124  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  32.8 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.88 
 
 
355 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.8 
 
 
242 aa  123  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  33.06 
 
 
466 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.03 
 
 
247 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.8 
 
 
242 aa  123  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  31.73 
 
 
736 aa  123  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.35 
 
 
385 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  32.8 
 
 
242 aa  123  3e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.98 
 
 
686 aa  122  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  31.88 
 
 
290 aa  122  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  32.23 
 
 
287 aa  122  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  31.44 
 
 
290 aa  122  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  30.36 
 
 
409 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.92 
 
 
405 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.58 
 
 
258 aa  122  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.97909e-06  hitchhiker  2.06079e-07 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.8 
 
 
242 aa  122  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.41699e-14 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.36 
 
 
408 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  30.92 
 
 
386 aa  121  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  31.44 
 
 
290 aa  121  9e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  32.56 
 
 
594 aa  121  1e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.27 
 
 
236 aa  121  1e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  32.56 
 
 
594 aa  121  1e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  31.43 
 
 
271 aa  121  1e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  30.7 
 
 
298 aa  121  1e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  33.06 
 
 
527 aa  121  1e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.06 
 
 
447 aa  120  1e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  33.06 
 
 
435 aa  120  2e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.61 
 
 
544 aa  120  2e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>