92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0011 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0011  FAD-dependent thymidylate synthase  100 
 
 
210 aa  434  1e-121  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0053  FAD-dependent thymidylate synthase  89.76 
 
 
207 aa  383  1e-105  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0028  FAD-dependent thymidylate synthase  89.27 
 
 
207 aa  380  1e-105  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0026  FAD-dependent thymidylate synthase  89.76 
 
 
207 aa  383  1e-105  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1800  FAD-dependent thymidylate synthase  74.76 
 
 
206 aa  322  3e-87  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0219748  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1762  FAD-dependent thymidylate synthase  75.12 
 
 
206 aa  316  2e-85  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2063  FAD-dependent thymidylate synthase  71.84 
 
 
235 aa  306  2e-82  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.828676  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1861  FAD-dependent thymidylate synthase  72.95 
 
 
218 aa  295  4e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.224616  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0001  thymidylate synthase, flavin-dependent  71.72 
 
 
204 aa  290  1e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.248117  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0802  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.16 
 
 
218 aa  94  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000150033  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0189  FAD-dependent thymidylate synthase  29.86 
 
 
245 aa  91.7  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.125611  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0404  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.24 
 
 
223 aa  91.3  9e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0128021  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20020  thymidylate synthase (FAD)  30.92 
 
 
226 aa  90.5  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.886241 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2693  FAD-dependent thymidylate synthase  30.46 
 
 
228 aa  89.7  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.28347e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1128  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.77 
 
 
226 aa  88.2  9e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.307637  hitchhiker  3.4032e-05 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2321  FAD-dependent thymidylate synthase  28.9 
 
 
248 aa  86.7  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294658  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0195  FAD-dependent thymidylate synthase  31.28 
 
 
246 aa  86.7  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00699129  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3806  FAD-dependent thymidylate synthase  30.16 
 
 
229 aa  86.3  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3106  FAD-dependent thymidylate synthase  28.77 
 
 
232 aa  86.7  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3711  FAD-dependent thymidylate synthase  28.78 
 
 
229 aa  85.9  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.28726e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0523  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.14 
 
 
237 aa  84.7  8e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0017  thymidylate synthase complementing protein ThyX  26.64 
 
 
277 aa  83.2  3e-15  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0400  FAD-dependent thymidylate synthase  30.77 
 
 
234 aa  82  6e-15  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  3.7909e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3206  FAD-dependent thymidylate synthase  30.29 
 
 
243 aa  81.3  1e-14  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.200528 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0378  FAD-dependent thymidylate synthase  31.79 
 
 
231 aa  81.3  1e-14  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.06523e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09250  thymidylate synthase (FAD)  28.64 
 
 
226 aa  80.5  2e-14  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0981097  normal  0.0643636 
 
 
-
 
NC_002936  DET1489  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.81 
 
 
195 aa  80.5  2e-14  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1297  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.2 
 
 
260 aa  80.1  2e-14  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0971681  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1279  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.81 
 
 
195 aa  80.5  2e-14  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1265  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.84 
 
 
195 aa  79.7  3e-14  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4063  FAD-dependent thymidylate synthase  31.41 
 
 
229 aa  79.7  3e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000544981  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1027  FAD-dependent thymidylate synthase  28.99 
 
 
230 aa  79.3  3e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00194248  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0772  thymidylate synthase, flavin-dependent  27.23 
 
 
258 aa  79.7  3e-14  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2649  FAD-dependent thymidylate synthase  29.72 
 
 
245 aa  79  6e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  3.29367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2735  FAD-dependent thymidylate synthase  28.77 
 
 
245 aa  78.2  9e-14  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0819  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.17 
 
 
231 aa  77.8  1e-13  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000230738  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2044  FAD-dependent thymidylate synthase  29.41 
 
 
263 aa  76.6  2e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  3.90103e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3813  prophage LambdaBa01, thymidylate synthase-complementing protein  35.23 
 
 
252 aa  76.3  3e-13  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.17838  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2421  FAD-dependent thymidylate synthase  28.44 
 
 
245 aa  76.3  3e-13  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0588955  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3530  prophage LambdaBa01, thymidylate synthase-complementing protein  35.23 
 
 
257 aa  76.3  3e-13  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.537663  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12767  FAD-dependent thymidylate synthase  29.78 
 
 
250 aa  75.5  5e-13  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2386  FAD-dependent thymidylate synthase  30.11 
 
 
250 aa  75.1  7e-13  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2189  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.25 
 
 
250 aa  74.3  1e-12  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5811  FAD-dependent thymidylate synthase  30.56 
 
 
250 aa  73.9  1e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0990  FAD-dependent thymidylate synthase  29.02 
 
 
245 aa  73.6  2e-12  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.329805  normal  0.245579 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4001  FAD-dependent thymidylate synthase  30.34 
 
 
250 aa  72.8  3e-12  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0999655 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1894  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.25 
 
 
254 aa  72.8  3e-12  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.68416 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2161  FAD-dependent thymidylate synthase  29.95 
 
 
254 aa  72.4  4e-12  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.298336  normal  0.459496 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3449  thymidylate synthase, flavin-dependent  35.5 
 
 
248 aa  72.4  4e-12  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354216  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2115  FAD-dependent thymidylate synthase  29.95 
 
 
254 aa  72.4  4e-12  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2102  FAD-dependent thymidylate synthase  29.95 
 
 
254 aa  72.4  5e-12  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.213601 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2890  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.54 
 
 
249 aa  72.4  5e-12  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3445  thymidylate synthase  35.5 
 
 
253 aa  72  6e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.277161  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25280  FAD-dependent thymidylate synthase  30.29 
 
 
250 aa  71.6  9e-12  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0348718  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1909  FAD-dependent thymidylate synthase  30.9 
 
 
229 aa  70.9  1e-11  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4274  thymidylate synthase flavin-dependent  29.79 
 
 
250 aa  70.9  1e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.933149  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0486  FAD-dependent thymidylate synthase  29.5 
 
 
220 aa  70.5  2e-11  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  2.14395e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0471  FAD-dependent thymidylate synthase  30 
 
 
220 aa  69.3  4e-11  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  1.51559e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0062  FAD-dependent thymidylate synthase  30.93 
 
 
228 aa  67.8  1e-10  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428445 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1229  FAD-dependent thymidylate synthase  30.73 
 
 
261 aa  67.8  1e-10  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1346  FAD-dependent thymidylate synthase  27.78 
 
 
247 aa  66.6  2e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.2401  decreased coverage  4.13782e-05 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3898  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.81 
 
 
216 aa  67.4  2e-10  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.262304 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1388  FAD-dependent thymidylate synthase  27.78 
 
 
247 aa  65.9  4e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0028  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.21 
 
 
281 aa  64.3  1e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2236  FAD-dependent thymidylate synthase  24.4 
 
 
233 aa  62.8  3e-09  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000477574  normal  0.574533 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1336  FAD-dependent thymidylate synthase  28.96 
 
 
233 aa  62  5e-09  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3547  FAD-dependent thymidylate synthase  26.8 
 
 
265 aa  60.8  2e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.583534  normal  0.337603 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1187  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.57 
 
 
273 aa  60.8  2e-08  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.933104 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1268  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.24 
 
 
273 aa  59.3  4e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908128  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1139  thymidylate synthase (FAD)  26.24 
 
 
282 aa  59.3  4e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.421298  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1441  thymidylate synthase, flavin-dependent  24.19 
 
 
265 aa  59.3  4e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.637537 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1199  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.24 
 
 
273 aa  59.3  4e-08  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2792  FAD-dependent thymidylate synthase  27.27 
 
 
285 aa  58.9  5e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00980  thymidylate synthase, flavin-dependent  28.93 
 
 
228 aa  58.9  5e-08  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.21907e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1882  thymidylate synthase, flavin-dependent  27.27 
 
 
217 aa  58.5  8e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0694605  normal  0.133921 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3494  thymidylate synthase, flavin-dependent  28.57 
 
 
226 aa  57.4  2e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2353  thymidylate synthase complementing protein ThyX  29.06 
 
 
233 aa  55.8  5e-07  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.431052  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1195  FAD-dependent thymidylate synthase  28.04 
 
 
274 aa  55.5  5e-07  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.200813  normal  0.0356101 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2633  thymidylate synthase (FAD)  29.06 
 
 
262 aa  55.8  5e-07  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0928647  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1200  thymidylate synthase, flavin-dependent  24.5 
 
 
223 aa  55.1  7e-07  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.001686  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1504  FAD-dependent thymidylate synthase  28.99 
 
 
243 aa  53.1  3e-06  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00118656  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0173  thymidylate synthase, flavin-dependent  25 
 
 
230 aa  52  7e-06  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  3.07587e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1744  thymidylate synthase, flavin-dependent  28.72 
 
 
216 aa  50.8  1e-05  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.246329  normal  0.887681 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2482  thymidylate synthase complementing protein ThyX  29.94 
 
 
232 aa  50.8  1e-05  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  4.21387e-07  hitchhiker  0.00846096 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2472  thymidylate synthase, flavin-dependent  23.26 
 
 
284 aa  50.1  2e-05  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  4.36575e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1387  thymidylate synthase complementing protein ThyX  22.79 
 
 
269 aa  50.4  2e-05  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0493208  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1689  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.48 
 
 
260 aa  49.7  3e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.179029 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1148  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.17 
 
 
267 aa  49.3  5e-05  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.606793 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0508  thymidylate synthase complementing protein ThyX  28.68 
 
 
289 aa  47.8  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1625  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.17 
 
 
253 aa  47  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00115057  normal  0.386894 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1044  thymidylate synthase complementing protein ThyX  26.42 
 
 
240 aa  46.6  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.416178 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0584  thymidylate synthase complementing protein ThyX  26.95 
 
 
267 aa  43.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  7.16478e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>