More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0002 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
355 aa  698  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0002  DNA polymerase III subunit beta  74.93 
 
 
355 aa  545  1e-154  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0028  DNA polymerase III subunit beta  74.08 
 
 
355 aa  540  1e-152  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.207832  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0002  DNA polymerase III subunit beta  73.8 
 
 
355 aa  537  1e-151  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2055  DNA polymerase III subunit beta  54.39 
 
 
355 aa  403  1e-111  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1851  DNA polymerase III subunit beta  54.39 
 
 
355 aa  387  1e-106  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0004  DNA polymerase III, beta subunit  46.2 
 
 
355 aa  346  4e-94  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  2.63126e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0003  DNA polymerase III subunit beta  47.32 
 
 
356 aa  340  2e-92  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0675072  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.69 
 
 
356 aa  338  6e-92  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.25 
 
 
355 aa  314  2e-84  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  27.1 
 
 
367 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.78 
 
 
367 aa  130  4e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  25.47 
 
 
366 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.72 
 
 
367 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.34 
 
 
372 aa  124  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.27 
 
 
372 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.95 
 
 
365 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.27 
 
 
372 aa  121  2e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.64 
 
 
367 aa  120  4e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.64 
 
 
367 aa  120  5e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
372 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  25.89 
 
 
367 aa  118  1e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.46 
 
 
372 aa  118  2e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.73 
 
 
367 aa  118  2e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  24.73 
 
 
367 aa  118  2e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.09 
 
 
367 aa  118  2e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  28.11 
 
 
362 aa  118  2e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.89 
 
 
367 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.15 
 
 
375 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.73 
 
 
367 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  24.07 
 
 
375 aa  116  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  25.73 
 
 
373 aa  116  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  24.36 
 
 
367 aa  115  8e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  26.13 
 
 
367 aa  115  8e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 
367 aa  115  1e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.27 
 
 
367 aa  115  1e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 
366 aa  115  1e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.85 
 
 
375 aa  115  1e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.06 
 
 
373 aa  114  2e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 
372 aa  115  2e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.86 
 
 
369 aa  114  2e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  25.41 
 
 
366 aa  114  2e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.78 
 
 
376 aa  113  4e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.16 
 
 
366 aa  113  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0132  DNA polymerase III, beta subunit  25.21 
 
 
370 aa  113  6e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0954051  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.21 
 
 
365 aa  113  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  22.65 
 
 
366 aa  112  8e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.56 
 
 
375 aa  112  1e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  24.73 
 
 
367 aa  112  1e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.53 
 
 
366 aa  111  2e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 
372 aa  111  2e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.27 
 
 
367 aa  111  2e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.59 
 
 
366 aa  110  4e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  23.45 
 
 
366 aa  110  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.26636e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.66 
 
 
372 aa  109  7e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  23.47 
 
 
374 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.06 
 
 
375 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.26 
 
 
366 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.26 
 
 
366 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.66 
 
 
372 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.32 
 
 
365 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.26 
 
 
366 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.26 
 
 
366 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  24.18 
 
 
366 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.18 
 
 
366 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.18 
 
 
366 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  20.44 
 
 
366 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  20.44 
 
 
366 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  20.44 
 
 
366 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  20.44 
 
 
366 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.59 
 
 
366 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  20.44 
 
 
366 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.99 
 
 
371 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  1.94465e-05  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.79 
 
 
367 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.18 
 
 
366 aa  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.53 
 
 
366 aa  107  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.74 
 
 
391 aa  107  5e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.04576e-11  unclonable  1.79673e-06 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  23.66 
 
 
372 aa  106  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  22.97 
 
 
371 aa  106  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  23.68 
 
 
372 aa  106  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  3.50231e-06 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  24.86 
 
 
375 aa  106  7e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  1.5774e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.41 
 
 
369 aa  106  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  20.71 
 
 
366 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  23.78 
 
 
366 aa  105  8e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  20.71 
 
 
366 aa  105  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.53421e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  20.71 
 
 
366 aa  105  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.99842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0002  DNA polymerase III, beta chain  26.15 
 
 
369 aa  105  8e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000280325  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  20.71 
 
 
366 aa  105  8e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.33889e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  20.71 
 
 
366 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.15 
 
 
369 aa  105  8e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  2.52276e-14  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.71 
 
 
366 aa  105  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.56 
 
 
374 aa  106  8e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  25.26 
 
 
366 aa  106  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  20.71 
 
 
366 aa  105  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  20.71 
 
 
366 aa  105  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.71 
 
 
366 aa  105  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.97 
 
 
372 aa  105  9e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.05 
 
 
368 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  8.266e-08  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.59 
 
 
372 aa  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.56 
 
 
367 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>