More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_13240 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013170  Ccur_13240  transcription elongation factor GreA  100 
 
 
156 aa  309  1e-83  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00714364  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2239  transcription elongation factor GreA  75.64 
 
 
156 aa  241  4e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  1.31275e-07  normal  0.39945 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19500  transcription elongation factor GreA  69.93 
 
 
155 aa  221  3e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000496817  unclonable  5.39704e-10 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1680  transcription elongation factor GreA  52.26 
 
 
161 aa  144  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00740  transcription elongation factor GreA  51.77 
 
 
161 aa  134  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.78945e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0627  transcription elongation factor GreA  50.35 
 
 
157 aa  132  2e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1676  transcription elongation factor GreA  47.74 
 
 
155 aa  132  2e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  1.27836e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1188  transcription elongation factor GreA  55.1 
 
 
159 aa  130  7e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00439545  normal  0.0602948 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0151  GreA/GreB family elongation factor  50.34 
 
 
160 aa  130  9e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  4.4733e-14  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2353  transcription elongation factor GreA  45.86 
 
 
157 aa  128  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  9.57781e-07  decreased coverage  0.00150302 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0809  transcription elongation factor GreA  51.06 
 
 
157 aa  127  7e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.58219e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2181  transcription elongation factor GreA  50.35 
 
 
154 aa  126  1e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.015275  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0972  transcription elongation factor GreA  44.83 
 
 
158 aa  126  1e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1389  transcription elongation factor  48.98 
 
 
160 aa  125  2e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  3.76815e-17  hitchhiker  8.92256e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4607  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  125  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4275  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  125  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4459  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
175 aa  125  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0719149 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4123  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  125  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4512  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  124  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.92957e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4112  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  125  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4461  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  124  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.310238  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3092  transcription elongation factor GreA  44.52 
 
 
158 aa  124  4e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0395  transcription elongation factor GreA  46.1 
 
 
158 aa  124  4e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4499  transcription elongation factor GreA  44.52 
 
 
175 aa  124  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0737  transcription elongation factor GreA  44.52 
 
 
175 aa  123  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.718576  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0162  transcription elongation factor GreA  48.63 
 
 
156 aa  123  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  7.34558e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4226  transcription elongation factor GreA  44.52 
 
 
175 aa  123  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0008  transcription elongation factor GreA  45.57 
 
 
157 aa  122  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000636821  hitchhiker  2.29317e-06 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2481  transcription elongation factor GreA  43.45 
 
 
159 aa  121  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0077  transcription elongation factor GreA  45.57 
 
 
157 aa  121  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00207801  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2468  transcription elongation factor GreA  47.62 
 
 
158 aa  120  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2782  transcription elongation factor GreA  47.62 
 
 
158 aa  120  9e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0130  transcription elongation factor GreA  47.22 
 
 
163 aa  117  6e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  1.29551e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0115  GreA/GreB family elongation factor  42.95 
 
 
159 aa  115  2e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  1.37367e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  50.35 
 
 
159 aa  115  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4821  transcription elongation factor GreA  45.32 
 
 
154 aa  114  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0658  transcription elongation factor GreA  43.92 
 
 
162 aa  110  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  2.11465e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1246  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 
162 aa  111  5e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0270341  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0289  transcription elongation factor GreA  43.54 
 
 
160 aa  110  5e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3557  transcription elongation factor GreA  48.57 
 
 
160 aa  110  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000103558  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1214  transcription elongation factor GreA  41.03 
 
 
158 aa  110  9e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  5.31032e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0174  transcription elongation factor GreA  42.86 
 
 
158 aa  109  1e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  1.53177e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0158  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 
159 aa  109  2e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1117  transcription elongation factor GreA  46 
 
 
159 aa  108  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.789381  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0208  transcription elongation factor GreA  50.34 
 
 
158 aa  108  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  1.82043e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0250  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 
158 aa  107  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.27535e-05  normal  0.353375 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0660  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 
156 aa  107  8e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.143981  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1667  transcription elongation factor GreA  46.1 
 
 
158 aa  107  8e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1701  transcription elongation factor GreA  46.1 
 
 
158 aa  107  8e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1002  transcription elongation factor GreA  42.45 
 
 
156 aa  105  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  7.16767e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  45.71 
 
 
158 aa  105  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  1.82345e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0472  transcription elongation factor GreA  38.16 
 
 
160 aa  105  3e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.384084  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1174  transcription elongation factor GreA  45.1 
 
 
158 aa  104  4e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  42.48 
 
 
158 aa  103  7e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1128  transcription elongation factor GreA  41.01 
 
 
156 aa  103  9e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  6.07304e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1865  transcription elongation factor GreA  43.75 
 
 
158 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  1.82493e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4033  transcription elongation factor GreA  43.79 
 
 
158 aa  102  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  3.15443e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  43.06 
 
 
158 aa  102  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1100  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 
159 aa  101  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.648513  normal  0.266643 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  45 
 
 
158 aa  101  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.87405e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2307  transcription elongation factor GreA  43.06 
 
 
158 aa  100  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  40.85 
 
 
158 aa  100  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1611  transcription elongation factor GreA  40.82 
 
 
158 aa  100  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.69568e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1648  transcription elongation factor GreA  48.36 
 
 
159 aa  100  8e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  41.1 
 
 
156 aa  100  8e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1631  transcription elongation factor GreA  37.84 
 
 
158 aa  100  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0576288  hitchhiker  0.00568101 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1612  transcription elongation factor GreA  42.86 
 
 
160 aa  98.6  3e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.986319  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0116  transcription elongation factor GreA  49.65 
 
 
164 aa  98.2  4e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  1.84686e-07  hitchhiker  0.00194606 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  43.57 
 
 
159 aa  97.8  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.08338e-13  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1155  transcription elongation factor GreA  40.29 
 
 
156 aa  97.4  7e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  42.86 
 
 
158 aa  97.4  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  39.16 
 
 
158 aa  97.1  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1242  transcription elongation factor GreA  38.71 
 
 
164 aa  97.1  9e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  2.4894e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0571  prokaryotic transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain protein  40.91 
 
 
159 aa  97.1  9e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0436205 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  38.73 
 
 
158 aa  96.3  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  41.83 
 
 
158 aa  96.7  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  38.73 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.74781e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  38.85 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.61642e-05  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  4.10908e-08  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0008  transcription elongation factor GreA  47.22 
 
 
159 aa  95.9  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.10708e-06  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  8.58072e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0447  transcription elongation factor GreA  41.06 
 
 
167 aa  96.3  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.19579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0733  hypothetical protein  39.86 
 
 
157 aa  95.5  3e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 
158 aa  95.5  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4722  transcription elongation factor GreA  36.88 
 
 
160 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293567 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4588  transcription elongation factor GreA  36.88 
 
 
160 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4723  transcription elongation factor GreA  36.88 
 
 
160 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62900  transcription elongation factor GreA  39.35 
 
 
158 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01495  putative transcription elongation factor  38.85 
 
 
158 aa  94.4  5e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5475  transcription elongation factor GreA  39.35 
 
 
158 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 
158 aa  94.4  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23090  transcription elongation factor GreA  39.07 
 
 
163 aa  94.4  6e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  36.55 
 
 
158 aa  94  7e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  37.58 
 
 
158 aa  94  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  6.7905e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>