More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_08410 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  638    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0408  transcriptional regulator, MarR family  69.31 
 
 
307 aa  453  1.0000000000000001e-126  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.469679  hitchhiker  0.00908682 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0935  LysR-type transcriptional regulator  49.66 
 
 
307 aa  302  4.0000000000000003e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  46.26 
 
 
302 aa  284  2.0000000000000002e-75  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 
304 aa  278  8e-74  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1728  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 
313 aa  275  6e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0157868 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1649  fhu operon transcription regulator  43.52 
 
 
317 aa  272  5.000000000000001e-72  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.133546  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0525  fhu operon transcriptional regulator  42.62 
 
 
307 aa  260  2e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.262224  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0849  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 
310 aa  251  9.000000000000001e-66  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1176  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 
290 aa  250  3e-65  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1229  MarR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
301 aa  250  3e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0486  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  189  5.999999999999999e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1367  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
301 aa  169  4e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000461256  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0552  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
301 aa  152  8e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000594224  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0375  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 
301 aa  142  9.999999999999999e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.104168  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08390  LysR family regulator  35.45 
 
 
217 aa  135  8e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0347693  normal  0.270686 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0410  hypothetical protein  33.5 
 
 
219 aa  134  3e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.340572  hitchhiker  0.00753399 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  26.11 
 
 
309 aa  102  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0757  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
307 aa  95.9  8e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0649321  hitchhiker  0.00000000000185675 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 
305 aa  94.4  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 
307 aa  89  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 
292 aa  86.3  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 
327 aa  85.9  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 
313 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  25.5 
 
 
305 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  30.41 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
303 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  31 
 
 
301 aa  82.8  0.000000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6822  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
299 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0107  transcriptional regulatory protein GltC, putative  26.62 
 
 
293 aa  82  0.00000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 
315 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
307 aa  81.6  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  29.44 
 
 
324 aa  80.9  0.00000000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1875  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.219767  normal  0.699734 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 
308 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 
298 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  23.26 
 
 
294 aa  78.6  0.0000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  28.79 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  26.05 
 
 
304 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
308 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 
302 aa  79  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
318 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
305 aa  78.6  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
316 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  29.91 
 
 
324 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
298 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4580  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.308792  normal  0.669632 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 
301 aa  78.2  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 
308 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  29.91 
 
 
324 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
319 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 
301 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1979  transcriptional regulator CysB  28.5 
 
 
323 aa  76.6  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
305 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
304 aa  76.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
292 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0953  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
309 aa  76.3  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  25.25 
 
 
289 aa  75.9  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 
305 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 
304 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 
311 aa  75.9  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  29.44 
 
 
324 aa  75.5  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
319 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
318 aa  75.9  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 
312 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 
305 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 
321 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
304 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 
339 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 
301 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
292 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
316 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 
305 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
304 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
304 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2228  transcriptional regulator CysB  28.97 
 
 
324 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000587269  hitchhiker  0.00110252 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 
305 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1922  transcriptional regulator CysB  28.97 
 
 
324 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
304 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
302 aa  75.1  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2032  transcriptional regulator CysB  28.97 
 
 
324 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30659  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
319 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  26 
 
 
339 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09290  transcriptional regulator  25.65 
 
 
316 aa  75.5  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.240748  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
304 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>