More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_01390 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013170  Ccur_01390  shikimate kinase  100 
 
 
185 aa  375  1e-103  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0536542  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06600  shikimate kinase  68.72 
 
 
188 aa  255  2e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  49.72 
 
 
189 aa  185  4e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  36.69 
 
 
176 aa  124  5e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  38.27 
 
 
176 aa  122  2e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  37.65 
 
 
176 aa  123  2e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  39.63 
 
 
165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  36.65 
 
 
165 aa  102  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  36.65 
 
 
165 aa  102  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  35.54 
 
 
165 aa  102  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0461  Shikimate kinase  30.23 
 
 
182 aa  102  4e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.196484  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  36.88 
 
 
165 aa  100  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  36.65 
 
 
170 aa  99.4  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  37.27 
 
 
165 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  37.13 
 
 
181 aa  99.8  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  37.13 
 
 
193 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07850  shikimate kinase  34.5 
 
 
177 aa  99.4  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0207717 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  35.4 
 
 
165 aa  99.4  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  36.65 
 
 
165 aa  99  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  36.65 
 
 
165 aa  99  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  31.9 
 
 
173 aa  99.4  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  36.02 
 
 
165 aa  99  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.98 
 
 
170 aa  97.4  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  35.85 
 
 
172 aa  97.4  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.13 
 
 
166 aa  96.7  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  35.93 
 
 
180 aa  96.7  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  35.44 
 
 
175 aa  96.7  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  36.84 
 
 
184 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  37.11 
 
 
192 aa  95.9  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  33.13 
 
 
167 aa  95.9  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  35.67 
 
 
184 aa  95.5  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  36.36 
 
 
168 aa  95.5  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  35.09 
 
 
190 aa  94.7  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  37.11 
 
 
229 aa  94.4  9e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  31.36 
 
 
174 aa  94  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  36.65 
 
 
169 aa  93.6  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6268  Shikimate kinase  37.5 
 
 
170 aa  93.2  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00441949  normal  0.76442 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  36.36 
 
 
184 aa  93.2  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  35.76 
 
 
183 aa  93.2  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  38.96 
 
 
169 aa  92.8  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  34.5 
 
 
184 aa  92  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  34.13 
 
 
172 aa  92  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  36.44 
 
 
190 aa  92  5e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  32.94 
 
 
173 aa  91.7  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  35.19 
 
 
185 aa  91.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  35.06 
 
 
181 aa  90.9  8e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  35.85 
 
 
183 aa  90.9  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  37.84 
 
 
192 aa  90.9  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  32.93 
 
 
181 aa  90.1  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  31.95 
 
 
173 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  34.15 
 
 
187 aa  90.1  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  31.95 
 
 
173 aa  90.9  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  35.85 
 
 
177 aa  90.5  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  38.04 
 
 
196 aa  90.1  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  34.1 
 
 
185 aa  90.5  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  31.95 
 
 
173 aa  90.9  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  34.15 
 
 
187 aa  90.1  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  32.94 
 
 
173 aa  90.5  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  32.94 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  32.94 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  32.94 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  33.54 
 
 
175 aa  90.1  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  33.54 
 
 
175 aa  90.1  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  31.76 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  32.94 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  32.94 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  32.94 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  32.1 
 
 
170 aa  90.1  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  32.94 
 
 
225 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1103  shikimate kinase  30.72 
 
 
165 aa  89.4  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.396409  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  32.94 
 
 
225 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  32.94 
 
 
225 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  36.14 
 
 
191 aa  89.4  3e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 
454 aa  89  3e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  29.7 
 
 
165 aa  88.6  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4347  shikimate kinase  35.29 
 
 
156 aa  89  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  35.06 
 
 
186 aa  89  4e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  36.84 
 
 
175 aa  88.6  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  37.11 
 
 
179 aa  88.6  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  35.14 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  33.73 
 
 
182 aa  88.2  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  33.81 
 
 
197 aa  88.2  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  32.76 
 
 
170 aa  88.2  6e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  33.53 
 
 
199 aa  88.2  7e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  29.27 
 
 
165 aa  88.2  7e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  33.33 
 
 
171 aa  88.2  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  33.12 
 
 
163 aa  88.2  7e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  35.19 
 
 
183 aa  87.8  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.91 
 
 
539 aa  87.8  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  31.87 
 
 
199 aa  87.8  8e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  33.92 
 
 
199 aa  87.4  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  32.54 
 
 
166 aa  87  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  29.27 
 
 
165 aa  87  1e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  33.92 
 
 
177 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  36.53 
 
 
172 aa  87.4  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  33.92 
 
 
184 aa  87.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  31.87 
 
 
172 aa  87.4  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  33.92 
 
 
177 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  33.92 
 
 
177 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  30.86 
 
 
177 aa  87  1e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>