80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_00330 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013170  Ccur_00330  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 234 aa  474  1e-133  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000114022  hitchhiker  0.0000000000400055 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  42.31 
 
 		 185 aa  132  5e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1380  PRC-barrel domain protein  42.86 
 
 		 173 aa  127  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000425186  normal  0.828358 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0690  16S rRNA-processing protein  41.45 
 
 		 152 aa  90.5  2e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000088438  hitchhiker  0.000440701 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  30.41 
 
 		 175 aa  63.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  28.4 
 
 		 178 aa  62.4  0.000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  31.45 
 
 		 167 aa  62.4  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  29.69 
 
 		 173 aa  61.6  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  27.78 
 
 		 186 aa  61.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  30.17 
 
 		 175 aa  57.4  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  30.53 
 
 		 184 aa  57  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  25.23 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  24.86 
 
 		 169 aa  54.7  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1385  16S rRNA processing protein RimM  26.77 
 
 		 197 aa  53.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.166858  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  33.59 
 
 		 173 aa  52.8  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  30.11 
 
 		 176 aa  52  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  30.66 
 
 		 173 aa  52.4  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 173 aa  52  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  28.07 
 
 		 173 aa  51.2  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  31.25 
 
 		 182 aa  50.8  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  34.26 
 
 		 176 aa  50.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  34.26 
 
 		 176 aa  50.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 		 172 aa  50.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  28.09 
 
 		 176 aa  50.1  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  34.62 
 
 		 169 aa  49.7  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  26.47 
 
 		 166 aa  49.3  0.00005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  29.91 
 
 		 176 aa  48.9  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  29.7 
 
 		 168 aa  48.5  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  25.6 
 
 		 174 aa  48.5  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  27.03 
 
 		 174 aa  48.5  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  34.19 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  33.05 
 
 		 152 aa  47.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  25.7 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  27.27 
 
 		 169 aa  47.4  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  32.48 
 
 		 173 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  32.48 
 
 		 173 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  28.07 
 
 		 179 aa  47  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  26.09 
 
 		 167 aa  47  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  32.48 
 
 		 173 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  25.85 
 
 		 166 aa  47  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  27.64 
 
 		 177 aa  46.2  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  31.62 
 
 		 174 aa  45.8  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  29.82 
 
 		 176 aa  46.2  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  30.34 
 
 		 172 aa  45.8  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  26.5 
 
 		 172 aa  45.4  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 		 179 aa  45.4  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1914  16S rRNA processing protein RimM  33.04 
 
 		 163 aa  45.4  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  27.23 
 
 		 180 aa  45.1  0.0009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 170 aa  44.7  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 167 aa  45.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  31.9 
 
 		 172 aa  44.7  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  26.32 
 
 		 182 aa  44.3  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  27.52 
 
 		 173 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  27.93 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  29.91 
 
 		 176 aa  44.7  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  29.07 
 
 		 169 aa  45.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  31.62 
 
 		 220 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  27.07 
 
 		 194 aa  43.9  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  27.81 
 
 		 167 aa  44.3  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  27.84 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  26.79 
 
 		 169 aa  43.9  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1965  16S rRNA processing protein RimM  33.04 
 
 		 164 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.863851  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2050  16S rRNA processing protein RimM  33.04 
 
 		 164 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.222222  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 		 169 aa  44.3  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  27.07 
 
 		 172 aa  43.1  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  27.65 
 
 		 170 aa  43.5  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  26.96 
 
 		 181 aa  43.5  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1943  16S rRNA processing protein RimM  33.93 
 
 		 165 aa  43.5  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  34.04 
 
 		 225 aa  43.5  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  21.79 
 
 		 171 aa  42.7  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  24.86 
 
 		 171 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  23.76 
 
 		 171 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  27.53 
 
 		 181 aa  42.7  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  24.86 
 
 		 171 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  20.9 
 
 		 179 aa  42.4  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  23.2 
 
 		 171 aa  42  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  24.39 
 
 		 165 aa  42  0.007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 		 177 aa  42  0.008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>