228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_3335 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_3335  TrkA-C domain protein  100 
 
 
213 aa  441  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.611638  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0117  TrkA domain-containing protein  55.67 
 
 
214 aa  228  6e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1543  GntR family transcriptional regulator  45.23 
 
 
206 aa  191  5e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0876912  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2589  GntR family transcriptional regulator  42.64 
 
 
206 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0356  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 
204 aa  165  5e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1134  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
213 aa  164  5.9999999999999996e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000105089  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1200  TrkA domain-containing protein  37.95 
 
 
212 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.228424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1361  TrkA domain-containing protein  30.35 
 
 
208 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00515151  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1615  TrkA domain-containing protein  29.85 
 
 
208 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0410032  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1338  transcriptional regulator, GntR family  32.83 
 
 
201 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1689  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
214 aa  98.6  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.248739  normal  0.372482 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2149  regulatory protein GntR, HTH  31.12 
 
 
215 aa  88.6  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2291  GntR family transcription regulator  47.37 
 
 
69 aa  57.8  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000698422  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6234  regulatory protein GntR HTH  41.38 
 
 
514 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  31.18 
 
 
242 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2645  transcriptional regulator, GntR family  32.74 
 
 
125 aa  52  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 
240 aa  52  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 
240 aa  52  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1727  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 
236 aa  50.1  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  41.27 
 
 
233 aa  50.4  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  36.36 
 
 
240 aa  50.1  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2941  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
259 aa  49.7  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.994772  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14010  transcriptional regulator  37.88 
 
 
253 aa  49.7  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.646916  normal  0.765571 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  39.19 
 
 
258 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.88 
 
 
254 aa  49.3  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.19 
 
 
258 aa  49.3  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.19 
 
 
258 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0917  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
280 aa  49.7  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.19 
 
 
258 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.19 
 
 
258 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.19 
 
 
258 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.57 
 
 
258 aa  49.3  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  39.19 
 
 
258 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.19 
 
 
258 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  39.19 
 
 
258 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  32.88 
 
 
258 aa  48.9  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  38.81 
 
 
233 aa  48.9  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.19 
 
 
258 aa  48.9  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4955  putative transcriptional regulator, GntR family  27.73 
 
 
248 aa  49.3  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.203243  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0124  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 
257 aa  48.5  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00905495  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
242 aa  48.5  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1386  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
471 aa  48.5  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33520  transcriptional regulator  32.39 
 
 
263 aa  48.1  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.422261  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0482  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
105 aa  47.8  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
243 aa  47.8  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
242 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0722  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
245 aa  47.8  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0773  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
241 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1294  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
243 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.014181  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.35 
 
 
243 aa  47.8  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  34.57 
 
 
258 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  36.76 
 
 
258 aa  47  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
251 aa  47  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.29 
 
 
264 aa  47  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.29 
 
 
264 aa  47  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.29 
 
 
264 aa  47  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1697  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
308 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4063  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
256 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.29 
 
 
259 aa  46.6  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0474  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 
246 aa  46.6  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
243 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0091  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 
139 aa  46.6  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  36.07 
 
 
250 aa  46.2  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
250 aa  46.2  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3880  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
239 aa  46.2  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000682902  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
241 aa  45.8  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1740  GntR family transcriptional regulator  30.86 
 
 
232 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.40989  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
251 aa  45.8  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1096  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
277 aa  45.8  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113015  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
241 aa  45.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  26.54 
 
 
255 aa  45.8  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  34.67 
 
 
240 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 
240 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  34.67 
 
 
240 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2666  transcriptional regulator, GntR family  32.91 
 
 
237 aa  45.4  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  34.38 
 
 
253 aa  45.4  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  34.67 
 
 
240 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  34.67 
 
 
240 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1108  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 
126 aa  45.4  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.645052  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  34.38 
 
 
253 aa  45.4  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  34.67 
 
 
240 aa  45.4  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
248 aa  45.1  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1180  GntR domain protein  32.22 
 
 
231 aa  45.4  0.0007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0231  GntR domain-containing protein  28.05 
 
 
268 aa  45.1  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9128  putative transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 
250 aa  45.1  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.783412  normal  0.482238 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9402  putative transcriptional regulator, GntR family  36.51 
 
 
259 aa  45.4  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  30.19 
 
 
264 aa  45.1  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.65 
 
 
241 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2626  transcriptional regulator, GntR family  21.92 
 
 
256 aa  45.1  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000663973  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04070  transcriptional regulator, GntR family  28.79 
 
 
234 aa  45.1  0.0008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  33.82 
 
 
258 aa  45.1  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0949  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
241 aa  45.1  0.0009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0431  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
241 aa  45.1  0.0009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0214  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
241 aa  45.1  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.892015  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1885  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
241 aa  45.1  0.0009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1800  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
241 aa  45.1  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00723826  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1390  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
241 aa  45.1  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0152  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
237 aa  44.3  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117397 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1632  GntR family transcriptional regulator  30.86 
 
 
232 aa  44.7  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.367647  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0534  transcriptional regulator  30.88 
 
 
300 aa  44.3  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.207932  hitchhiker  0.0000000000234574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>