More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_3319 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_3319  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
214 aa  434  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  4.96723e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2059  RNA polymerase factor sigma-70  82.16 
 
 
214 aa  361  6e-99  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.116438  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0198  RNA polymerase factor sigma-70  78.97 
 
 
214 aa  343  8e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.45155e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2479  RNA polymerase factor sigma-70  78.57 
 
 
217 aa  343  9e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  4.14905e-10  hitchhiker  0.0088894 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0850  RNA polymerase factor sigma-70  76.19 
 
 
214 aa  342  3e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  5.58431e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0407  RNA polymerase factor sigma-70  78.61 
 
 
215 aa  335  3e-91  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  1.61705e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0192  RNA polymerase factor sigma-70  79.1 
 
 
216 aa  334  7e-91  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.06571e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0269  RNA polymerase factor sigma-70  80.1 
 
 
214 aa  333  8e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  1.22079e-09  normal  0.0102214 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2351  RNA polymerase factor sigma-70  77.34 
 
 
216 aa  324  5e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0946718  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0402  RNA polymerase factor sigma-70  82.98 
 
 
217 aa  322  3e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.38021e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0088  RNA polymerase factor sigma-70  75.38 
 
 
219 aa  318  4e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.06454e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0114  RNA polymerase factor sigma-70  74.87 
 
 
219 aa  315  4e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.74821e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0093  RNA polymerase factor sigma-70  74.87 
 
 
218 aa  315  4e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  6.56402e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0089  RNA polymerase factor sigma-70  74.87 
 
 
218 aa  315  4e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  7.40123e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0093  RNA polymerase factor sigma-70  74.87 
 
 
218 aa  315  4e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.66245e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0090  RNA polymerase factor sigma-70  74.87 
 
 
218 aa  315  4e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.82244e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0124  RNA polymerase factor sigma-70  74.87 
 
 
218 aa  315  4e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.24346e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0104  RNA polymerase factor sigma-70  74.87 
 
 
218 aa  315  4e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.05753e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5212  RNA polymerase factor sigma-70  74.87 
 
 
219 aa  315  5e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  4.17002e-10  unclonable  7.82188e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0093  RNA polymerase factor sigma-70  74.87 
 
 
219 aa  315  5e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  4.40627e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0176  RNA polymerase factor sigma-70  75.25 
 
 
213 aa  314  6e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  3.82421e-12  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2728  RNA polymerase factor sigma-70  74.15 
 
 
223 aa  312  2e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.191075  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0088  RNA polymerase factor sigma-70  70.95 
 
 
220 aa  311  6e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  9.37894e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0094  RNA polymerase factor sigma-70  70 
 
 
216 aa  306  2e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.96498e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0090  RNA polymerase factor sigma-70  70.87 
 
 
238 aa  305  3e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2418  RNA polymerase factor sigma-70  67.5 
 
 
215 aa  285  3e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  6.93947e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2732  RNA polymerase factor sigma-70  66.5 
 
 
215 aa  283  1e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.814856  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01000  RNA polymerase factor sigma-70  64.32 
 
 
215 aa  282  2e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.7918e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2041  RNA polymerase factor sigma-70  59.38 
 
 
244 aa  243  2e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.62862e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50.52 
 
 
216 aa  193  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.355338  normal  0.202273 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3321  RNA polymerase factor sigma-70  43.87 
 
 
213 aa  181  8e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0397857  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16490  RNA polymerase factor sigma-70  47.37 
 
 
207 aa  179  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.01762e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1140  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.98 
 
 
221 aa  120  2e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.311277  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3088  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.85 
 
 
209 aa  114  8e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.04 
 
 
209 aa  113  2e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2812  RNA polymerase factor sigma-70  33.85 
 
 
206 aa  101  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0140144  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0041  RNA polymerase factor sigma-70  34.9 
 
 
206 aa  91.7  8e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0878225  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0387  RNA polymerase factor sigma-70  33.16 
 
 
193 aa  84.3  1e-15  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0403  RNA polymerase factor sigma-70  33.16 
 
 
193 aa  84.3  1e-15  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.181976  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0346  RNA polymerase factor sigma-70  27.64 
 
 
212 aa  79.7  3e-14  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0285516  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0232  RNA polymerase factor sigma-70  30.73 
 
 
207 aa  78.2  9e-14  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0885  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.93 
 
 
191 aa  54.7  1e-06  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1642  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  28.19 
 
 
343 aa  53.9  2e-06  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  1.92835e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  25 
 
 
192 aa  52.8  4e-06  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0903  RNA polymerase sigma factor SigB  39.24 
 
 
257 aa  52.4  6e-06  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1056  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  34.62 
 
 
287 aa  52  7e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.929536  normal  0.775354 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  25 
 
 
192 aa  51.6  9e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0024  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.27 
 
 
224 aa  51.6  9e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1033  RNA polymerase sigma factor SigB  39.24 
 
 
257 aa  51.6  9e-06  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.48 
 
 
190 aa  50.8  1e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1501  sporulation sigma factor SigK  32 
 
 
231 aa  51.2  1e-05  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0356  RNA polymerase sigma factor  37.66 
 
 
448 aa  51.6  1e-05  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.429452  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1433  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.29 
 
 
287 aa  50.4  2e-05  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3004  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  35.58 
 
 
286 aa  50.4  2e-05  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.628061  normal  0.610809 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1343  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.68 
 
 
407 aa  50.4  2e-05  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  6.1259e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0353  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  34.62 
 
 
287 aa  50.4  2e-05  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0594  RNA polymerase sigma-70 factor  32.77 
 
 
287 aa  50.4  2e-05  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  26 
 
 
191 aa  50.4  2e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1343  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.68 
 
 
407 aa  50.4  2e-05  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000691641  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1987  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  33.65 
 
 
287 aa  50.8  2e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  decreased coverage  0.00228091 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0913  RNA polymerase sigma factor SigB  37.97 
 
 
258 aa  49.7  3e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.35438e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1785  RNA polymerase sigma-70 factor  33.65 
 
 
287 aa  49.7  3e-05  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000910487  normal  0.104355 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0992  RNA polymerase sigma factor SigB  37.97 
 
 
257 aa  49.7  3e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2020  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  27.53 
 
 
239 aa  49.7  3e-05  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.851025  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0928  RNA polymerase sigma factor SigB  37.97 
 
 
258 aa  49.7  3e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1843  sigma-24 (FecI-like)  22 
 
 
204 aa  49.7  3e-05  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.546319  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0896  RNA polymerase sigma factor SigB  37.97 
 
 
258 aa  49.7  3e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4270  RNA polymerase sigma factor SigB  37.97 
 
 
257 aa  49.7  3e-05  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0899706  hitchhiker  0.00271333 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1068  RNA polymerase sigma factor SigB  37.97 
 
 
257 aa  49.7  3e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.67062e-37 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  24 
 
 
192 aa  49.3  4e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1159  RNA polymerase sigma factor SigB  37.97 
 
 
257 aa  48.9  6e-05  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0517  sporulation sigma factor SigK  30.77 
 
 
244 aa  48.9  6e-05  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1086  RNA polymerase sigma factor SigB  37.97 
 
 
257 aa  48.5  7e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12468  RNA polymerase sigma factor rpoD (Sigma-A)  31.91 
 
 
287 aa  48.5  7e-05  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0014  RNA polymerase sigma factor  31.91 
 
 
287 aa  48.5  8e-05  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  33.02 
 
 
589 aa  48.1  9e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  33.02 
 
 
590 aa  48.1  9e-05  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.98 
 
 
224 aa  48.1  9e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4421  sporulation sigma factor SigK  31.86 
 
 
265 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3065  sporulation sigma factor SigK  31.86 
 
 
237 aa  47.8  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1346  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.34 
 
 
619 aa  47.8  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.18 
 
 
224 aa  48.1  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  32.08 
 
 
590 aa  47.8  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  24.64 
 
 
193 aa  47.8  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1373  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.22 
 
 
286 aa  47.8  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.212726  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4190  sporulation sigma factor SigK  31.86 
 
 
237 aa  47.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  21.99 
 
 
199 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4236  sporulation sigma factor SigK  31.86 
 
 
237 aa  47.4  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0778  sporulation sigma factor SigK  31.86 
 
 
237 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.377161  hitchhiker  0.0088749 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4472  sporulation sigma factor SigK  31.86 
 
 
237 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  32.08 
 
 
589 aa  47  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4459  sporulation sigma factor SigK  31.86 
 
 
237 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177817  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.62 
 
 
192 aa  47.4  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  7.20782e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1008  RNA polymerase, sigma 28 subunit  31.82 
 
 
289 aa  46.6  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  1.00967e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1231  RNA polymerase, sigma 28 subunit  31.82 
 
 
294 aa  47  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.927052  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1813  RNA polymerase, sigma 28 subunit  31.82 
 
 
304 aa  47  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.130349  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4566  sporulation sigma factor SigK  31.86 
 
 
237 aa  47.4  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4084  sporulation sigma factor SigK  31.86 
 
 
237 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0431  RpoD family RNA polymerase sigma factor  31.58 
 
 
372 aa  47  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  22.56 
 
 
191 aa  47.4  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>