More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_3080 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 
144 aa  292  1e-78  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  2.20475e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  68.53 
 
 
140 aa  194  5e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  1.44376e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  59.03 
 
 
140 aa  171  3e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  9.83919e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  56.03 
 
 
126 aa  139  9e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  52.78 
 
 
128 aa  134  5e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.17569e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  53.38 
 
 
134 aa  133  9e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  5.79369e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  53.38 
 
 
134 aa  133  9e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  9.39181e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  48.92 
 
 
130 aa  130  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.04617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  49.65 
 
 
124 aa  127  6e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  47.73 
 
 
132 aa  126  9e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  2.38948e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  48.57 
 
 
133 aa  125  2e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  48.25 
 
 
152 aa  122  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  1.48596e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  44.37 
 
 
160 aa  119  1e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  7.9318e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  44.37 
 
 
160 aa  119  1e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  44.37 
 
 
160 aa  119  1e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  44.37 
 
 
160 aa  119  1e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.37683e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  44.37 
 
 
160 aa  119  1e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  1.19651e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0075  RNA binding S1 domain protein  48.89 
 
 
120 aa  119  1e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  5.91466e-13  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  47.89 
 
 
133 aa  119  1e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.00816e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  44.37 
 
 
160 aa  119  1e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.01317e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  47.89 
 
 
133 aa  119  1e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  4.17558e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  44.37 
 
 
160 aa  119  1e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  5.44172e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  43.42 
 
 
161 aa  117  5e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.17621e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  43.51 
 
 
161 aa  117  5e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.57952e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  43.51 
 
 
161 aa  117  5e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  3.41067e-10  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  46.21 
 
 
132 aa  117  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  47.37 
 
 
120 aa  116  8e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.31287e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0191  RNA binding S1 domain protein  48.46 
 
 
134 aa  114  4e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0225  RNA binding S1 domain protein  52.11 
 
 
134 aa  111  4e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  5.84856e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0089  RNA binding S1  45 
 
 
152 aa  102  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  42.02 
 
 
127 aa  92  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0066  RNA binding S1 domain protein  41.74 
 
 
129 aa  90.5  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0265  RNA binding S1 domain-containing protein  42.61 
 
 
125 aa  89  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.383538  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  33.55 
 
 
164 aa  82.8  1e-15  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.11 
 
 
698 aa  83.2  1e-15  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.81 
 
 
722 aa  81.6  3e-15  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  33.09 
 
 
124 aa  81.3  4e-15  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  8.79414e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.26 
 
 
698 aa  81.3  4e-15  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.78 
 
 
722 aa  81.3  4e-15  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  33.09 
 
 
124 aa  80.9  5e-15  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  4.45297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1301  RNA binding S1 domain protein  36.23 
 
 
140 aa  81.3  5e-15  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  1.52887e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.05 
 
 
701 aa  81.3  5e-15  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.61081e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52 
 
 
703 aa  80.5  7e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.16 
 
 
702 aa  80.1  9e-15  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.32 
 
 
696 aa  80.1  1e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.41 
 
 
699 aa  79.7  1e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.62505e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.41 
 
 
700 aa  80.1  1e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.61182e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.43 
 
 
727 aa  79.3  1e-14  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  9.28829e-05 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56 
 
 
705 aa  79.7  1e-14  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.32 
 
 
696 aa  80.1  1e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.41 
 
 
699 aa  79.7  1e-14  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.90234e-06  hitchhiker  6.30128e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.41 
 
 
703 aa  79.7  1e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.96899e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.41 
 
 
699 aa  79.7  1e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.84141e-07  unclonable  1.21656e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.41 
 
 
699 aa  79.7  1e-14  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.41 
 
 
699 aa  79.7  1e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.2543e-06  hitchhiker  5.83672e-07 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.41 
 
 
700 aa  79.7  1e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.44924e-06  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.9 
 
 
699 aa  79.3  2e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  8.74082e-05  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5184  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.88 
 
 
753 aa  79  2e-14  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161227  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.95 
 
 
705 aa  78.6  3e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.31 
 
 
774 aa  78.6  3e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.95 
 
 
706 aa  78.6  3e-14  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.91 
 
 
715 aa  78.6  3e-14  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0868  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.9 
 
 
727 aa  77.8  4e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3514  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.78 
 
 
772 aa  77.8  4e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.67 
 
 
707 aa  77.8  4e-14  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.39 
 
 
695 aa  77.8  5e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.63 
 
 
706 aa  77.8  5e-14  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.68 
 
 
693 aa  77.4  5e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.67 
 
 
706 aa  77.8  5e-14  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.33 
 
 
703 aa  77.4  6e-14  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.78 
 
 
691 aa  77.4  7e-14  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.65 
 
 
722 aa  77.4  7e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.63 
 
 
706 aa  77  8e-14  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01817  Polynucleotide phosphorylase  49.33 
 
 
353 aa  76.6  9e-14  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00061601  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.24 
 
 
713 aa  76.3  1e-13  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
717 aa  76.6  1e-13  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.05 
 
 
711 aa  76.3  1e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.7 
 
 
722 aa  76.3  2e-13  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.67 
 
 
710 aa  75.5  2e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.7 
 
 
700 aa  75.9  2e-13  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.90055e-06  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.39 
 
 
757 aa  75.5  2e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.99 
 
 
712 aa  75.5  2e-13  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 
705 aa  75.1  3e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.39 
 
 
718 aa  75.1  3e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0982499  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 
705 aa  75.1  3e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 
734 aa  74.7  3e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  51.35 
 
 
734 aa  74.7  3e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 
705 aa  75.1  3e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1896  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.33 
 
 
724 aa  75.1  3e-13  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336767  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48 
 
 
758 aa  75.1  3e-13  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 
711 aa  75.1  3e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0541  general stress protein 13  48.57 
 
 
126 aa  75.1  3e-13  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 
711 aa  74.7  4e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.35 
 
 
711 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0955  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.57 
 
 
125 aa  74.7  4e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2219  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.33 
 
 
724 aa  74.7  4e-13  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.656626  normal  0.69654 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 
711 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 
711 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0974  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.57 
 
 
125 aa  74.7  4e-13  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.35 
 
 
711 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>