More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_2942 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 320 aa  657    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  66.67 
 
 		 322 aa  450  1e-125  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  62.3 
 
 		 347 aa  424  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  53.14 
 
 		 319 aa  359  3e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.52 
 
 		 322 aa  356  2.9999999999999997e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  52.23 
 
 		 324 aa  356  2.9999999999999997e-97  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  53.54 
 
 		 326 aa  351  1e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  53.54 
 
 		 326 aa  351  1e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.78 
 
 		 328 aa  336  2.9999999999999997e-91  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.41 
 
 		 333 aa  322  4e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  48.92 
 
 		 333 aa  321  9.999999999999999e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  47.17 
 
 		 332 aa  317  1e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  46.86 
 
 		 332 aa  310  2e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  46.23 
 
 		 332 aa  309  4e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  45.91 
 
 		 332 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.91 
 
 		 332 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  46.23 
 
 		 332 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  45.91 
 
 		 332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  45.91 
 
 		 332 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  45.91 
 
 		 332 aa  306  3e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  44.13 
 
 		 318 aa  299  4e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  45.34 
 
 		 324 aa  295  6e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  45.34 
 
 		 324 aa  295  6e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  48.12 
 
 		 325 aa  295  9e-79  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.06 
 
 		 321 aa  294  1e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.91 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.13 
 
 		 328 aa  290  2e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  44.34 
 
 		 337 aa  282  5.000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  45.42 
 
 		 308 aa  282  7.000000000000001e-75  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.42 
 
 		 334 aa  281  9e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.48 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.48 
 
 		 327 aa  281  1e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  42.9 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  48.26 
 
 		 332 aa  280  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40.69 
 
 		 342 aa  280  3e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.32 
 
 		 324 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.69 
 
 		 325 aa  276  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  48.26 
 
 		 333 aa  276  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.96 
 
 		 347 aa  276  3e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  44.48 
 
 		 319 aa  276  4e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  42.09 
 
 		 333 aa  275  9e-73  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.95 
 
 		 321 aa  273  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.63 
 
 		 321 aa  273  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  45.34 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  43.26 
 
 		 350 aa  270  4e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  41.46 
 
 		 333 aa  269  5.9999999999999995e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  46.34 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  44.51 
 
 		 338 aa  266  4e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  45.51 
 
 		 332 aa  266  4e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  41.38 
 
 		 334 aa  265  5.999999999999999e-70  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 		 326 aa  265  8.999999999999999e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  41.49 
 
 		 354 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.93 
 
 		 355 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  41.49 
 
 		 354 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  42.11 
 
 		 354 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.49 
 
 		 354 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.49 
 
 		 354 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.49 
 
 		 354 aa  264  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.49 
 
 		 354 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.08 
 
 		 346 aa  264  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.68 
 
 		 337 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.93 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  42.59 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 		 357 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  42.59 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  41.61 
 
 		 356 aa  263  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.98 
 
 		 325 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  42.59 
 
 		 355 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.59 
 
 		 355 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  42.59 
 
 		 355 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.59 
 
 		 355 aa  262  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.26 
 
 		 322 aa  262  6e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  41.18 
 
 		 355 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.77 
 
 		 346 aa  262  6.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.37 
 
 		 356 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  42.01 
 
 		 332 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.51 
 
 		 343 aa  260  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.36 
 
 		 321 aa  259  3e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.68 
 
 		 353 aa  259  3e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  44.04 
 
 		 327 aa  259  4e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.44 
 
 		 381 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  41.69 
 
 		 332 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.52 
 
 		 321 aa  259  6e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.36 
 
 		 321 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.36 
 
 		 321 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.36 
 
 		 321 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.36 
 
 		 321 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.36 
 
 		 321 aa  258  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  43.22 
 
 		 322 aa  258  8e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  45.14 
 
 		 337 aa  258  8e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.36 
 
 		 321 aa  258  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  45.14 
 
 		 337 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.69 
 
 		 343 aa  257  1e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  43.22 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  43.22 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  43.22 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.01 
 
 		 332 aa  256  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 		 351 aa  257  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  42.21 
 
 		 317 aa  257  2e-67  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  45.02 
 
 		 321 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>