More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_2007 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_2007  UMUC domain protein DNA-repair protein  100 
 
 
413 aa  857  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.470929  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2083  DNA-directed DNA polymerase  61.46 
 
 
399 aa  508  1e-143  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.968018  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  56.52 
 
 
419 aa  490  1e-137  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  9.99976e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2316  DNA-directed DNA polymerase  56.17 
 
 
411 aa  477  1e-133  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22180  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  45.95 
 
 
432 aa  372  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000141857  normal  0.0200421 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0224  DNA-directed DNA polymerase  45.71 
 
 
413 aa  360  2e-98  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1177  DNA-directed DNA polymerase  45.37 
 
 
448 aa  351  2e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.515065  normal  0.177083 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3921  DNA-directed DNA polymerase  37.53 
 
 
432 aa  273  5e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.019973  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2727  DNA-directed DNA polymerase  37.84 
 
 
400 aa  260  3e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115509  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  37.12 
 
 
399 aa  256  6e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  1.31963e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  34.72 
 
 
409 aa  254  2e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  35.57 
 
 
395 aa  251  2e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  35.59 
 
 
395 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1154  DNA-directed DNA polymerase  36.06 
 
 
417 aa  245  8e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.7173e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  33.92 
 
 
400 aa  242  7e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  35.11 
 
 
410 aa  237  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  34.45 
 
 
409 aa  233  4e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  34.27 
 
 
413 aa  231  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  34.38 
 
 
408 aa  231  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0282  DNA-directed DNA polymerase  34.15 
 
 
421 aa  229  6e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  35.4 
 
 
423 aa  226  4e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  35.37 
 
 
393 aa  223  6e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  34.02 
 
 
409 aa  223  7e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  32.99 
 
 
411 aa  223  7e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  34.02 
 
 
409 aa  222  8e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  33.07 
 
 
407 aa  217  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  33.85 
 
 
412 aa  217  3e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4166  DNA polymerase IV  33.85 
 
 
412 aa  217  3e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  33.85 
 
 
412 aa  217  3e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  33.85 
 
 
412 aa  217  3e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4366  DNA polymerase IV  33.85 
 
 
412 aa  217  3e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3889  DNA polymerase IV  33.85 
 
 
412 aa  217  3e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  33.52 
 
 
371 aa  217  3e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  33.59 
 
 
412 aa  216  5e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  33.59 
 
 
412 aa  216  8e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0979  DNA polymerase IV  33.42 
 
 
412 aa  215  1e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  30.85 
 
 
410 aa  213  4e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  33.33 
 
 
412 aa  213  4e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  31.88 
 
 
399 aa  213  6e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2364  DNA-directed DNA polymerase  32.21 
 
 
409 aa  209  8e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.259486  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2840  DNA polymerase IV  33.42 
 
 
412 aa  208  1e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.527026  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  34.02 
 
 
385 aa  207  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  31.09 
 
 
414 aa  206  5e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  33.98 
 
 
414 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  32.23 
 
 
410 aa  201  2e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  30.71 
 
 
390 aa  199  7e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.79 
 
 
415 aa  196  6e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  33.24 
 
 
359 aa  195  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  34.64 
 
 
359 aa  194  3e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  33.71 
 
 
385 aa  192  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  30.46 
 
 
390 aa  191  1e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  32.4 
 
 
355 aa  191  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  32.35 
 
 
372 aa  191  3e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  29.95 
 
 
425 aa  190  3e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  31.11 
 
 
419 aa  189  6e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  33.53 
 
 
359 aa  189  9e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  31.71 
 
 
385 aa  189  9e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  31.04 
 
 
424 aa  189  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  31.88 
 
 
422 aa  189  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  3.25025e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  32.31 
 
 
354 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  29.95 
 
 
391 aa  187  3e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  32.24 
 
 
408 aa  186  5e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  32.02 
 
 
418 aa  186  7e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  30.67 
 
 
384 aa  185  1e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  31.49 
 
 
418 aa  184  2e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  34.19 
 
 
355 aa  184  2e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  32.41 
 
 
363 aa  185  2e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  30.77 
 
 
378 aa  184  2e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  32.3 
 
 
378 aa  184  2e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  31.74 
 
 
418 aa  184  2e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  30.92 
 
 
357 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  30.28 
 
 
419 aa  183  4e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  29.1 
 
 
397 aa  183  5e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  30.92 
 
 
357 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  29.98 
 
 
430 aa  182  9e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  32.17 
 
 
356 aa  182  9e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  33.01 
 
 
360 aa  182  9e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  31.52 
 
 
413 aa  182  1e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  30.64 
 
 
362 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  29.23 
 
 
417 aa  181  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  31.65 
 
 
420 aa  181  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3810  DNA polymerase IV  36.5 
 
 
428 aa  180  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0803828  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  30.35 
 
 
369 aa  180  5e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  7.22148e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  34.62 
 
 
352 aa  178  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  4.29031e-06 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  30.55 
 
 
380 aa  178  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  28.53 
 
 
425 aa  178  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2023  DNA-directed DNA polymerase  30.3 
 
 
421 aa  177  3e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137176  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1586  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  30.55 
 
 
361 aa  177  3e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  33.57 
 
 
351 aa  177  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  3.60383e-06 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  31.05 
 
 
363 aa  177  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  34.23 
 
 
352 aa  176  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  34.23 
 
 
352 aa  176  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  30.26 
 
 
406 aa  176  5e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  33.21 
 
 
351 aa  176  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  33.21 
 
 
351 aa  176  1e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  30.18 
 
 
360 aa  175  1e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  30.32 
 
 
396 aa  175  1e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  30.61 
 
 
359 aa  175  1e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  31.84 
 
 
356 aa  174  2e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  33.21 
 
 
351 aa  174  3e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.990512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>