More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_0888 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 179 aa  366  1e-101  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  60.89 
 
 		 179 aa  234  4e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  61.67 
 
 		 180 aa  230  8.000000000000001e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 179 aa  218  3e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  61.45 
 
 		 179 aa  218  3e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  60.89 
 
 		 179 aa  217  7.999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  49.72 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 181 aa  169  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 181 aa  168  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  45.66 
 
 		 176 aa  166  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  45.09 
 
 		 188 aa  164  6.9999999999999995e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  48.19 
 
 		 170 aa  161  6e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  48.19 
 
 		 170 aa  161  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  45.25 
 
 		 188 aa  158  4e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  41.71 
 
 		 175 aa  153  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 179 aa  150  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  41.71 
 
 		 179 aa  150  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 178 aa  146  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 179 aa  140  9.999999999999999e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  44.83 
 
 		 178 aa  136  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  33.7 
 
 		 199 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 199 aa  111  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  33.15 
 
 		 199 aa  111  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 199 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 179 aa  100  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 179 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 179 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 179 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 179 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  31.84 
 
 		 179 aa  100  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  31.28 
 
 		 236 aa  100  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  31.28 
 
 		 236 aa  99  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 292 aa  99.4  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  32.42 
 
 		 180 aa  97.8  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 190 aa  97.8  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 		 190 aa  97.1  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 192 aa  97.1  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 192 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 192 aa  97.1  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 193 aa  96.3  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 193 aa  95.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 189 aa  95.5  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 212 aa  93.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  31.11 
 
 		 271 aa  92  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 191 aa  87.4  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 178 aa  87.4  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 276 aa  86.3  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  26.49 
 
 		 182 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 		 191 aa  84.7  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  30.98 
 
 		 192 aa  84.3  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 229 aa  84  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  28.49 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 192 aa  83.2  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 187 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  28.49 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 182 aa  82  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 182 aa  82  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 187 aa  81.3  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.44 
 
 		 180 aa  81.3  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 182 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 182 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.11 
 
 		 199 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 292 aa  80.9  0.000000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  26.49 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  25.7 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  30.73 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  29.44 
 
 		 193 aa  79.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  28.49 
 
 		 269 aa  79  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  30.17 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 188 aa  77.8  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  26.34 
 
 		 201 aa  77.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 188 aa  77.4  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 189 aa  77  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1943  Cro/CI family transcriptional regulator putative  27.47 
 
 		 189 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.693839  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 197 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  25.95 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  25.95 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  25.95 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  27.07 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>