More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_0663 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 294 aa  600  1e-170  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  49.44 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 		 277 aa  199  3e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  38.02 
 
 		 277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 		 277 aa  199  5e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 		 308 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  40.84 
 
 		 277 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 277 aa  198  9e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 288 aa  198  9e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  38.32 
 
 		 277 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  39.7 
 
 		 284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  38.32 
 
 		 277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 277 aa  196  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  38.32 
 
 		 277 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 277 aa  195  6e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  38.02 
 
 		 277 aa  194  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 		 289 aa  192  6e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 279 aa  189  4e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  38.15 
 
 		 278 aa  187  2e-46  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 291 aa  185  6e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.67 
 
 		 283 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 290 aa  180  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 298 aa  175  8e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  37.13 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  37.27 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 		 283 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 		 279 aa  172  6.999999999999999e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 286 aa  171  2e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 288 aa  170  3e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  37.79 
 
 		 276 aa  169  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 273 aa  169  6e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  31.96 
 
 		 288 aa  169  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 289 aa  168  8e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 286 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  34.43 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  33.46 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  33.46 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  34.07 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  162  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 280 aa  162  8.000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  34.07 
 
 		 288 aa  161  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  31.43 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  36.88 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.12 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 		 284 aa  159  5e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  35.13 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 		 289 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  32.29 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 284 aa  157  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 292 aa  155  7e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 273 aa  155  9e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 		 269 aa  155  1e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.23 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.25 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  30.38 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  29.47 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 275 aa  152  5e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.57 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.49 
 
 		 279 aa  152  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  30.39 
 
 		 286 aa  152  7e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  30.03 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 268 aa  151  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  30.14 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 283 aa  149  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 		 279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  30.61 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.83 
 
 		 285 aa  146  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  32.61 
 
 		 285 aa  145  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  34.07 
 
 		 288 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  34.07 
 
 		 288 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>