More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_3956 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 248 aa  155  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 217 aa  150  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  40.8 
 
 		 219 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 214 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 216 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 215 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 216 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 219 aa  135  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  38.69 
 
 		 226 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 217 aa  132  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 		 244 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 238 aa  131  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 280 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 221 aa  129  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 248 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 227 aa  115  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  39.38 
 
 		 240 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  35.07 
 
 		 238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  39.22 
 
 		 234 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  31.84 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 236 aa  101  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 239 aa  99.4  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 246 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 246 aa  98.2  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 246 aa  98.2  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 221 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 237 aa  98.2  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 244 aa  97.8  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 226 aa  96.3  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.64 
 
 		 221 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  35.35 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  38.41 
 
 		 215 aa  93.2  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.14 
 
 		 221 aa  92  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.14 
 
 		 221 aa  92  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 		 221 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.14 
 
 		 221 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.64 
 
 		 221 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  27.64 
 
 		 221 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.64 
 
 		 221 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.02 
 
 		 221 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.02 
 
 		 221 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.02 
 
 		 221 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.02 
 
 		 221 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.54 
 
 		 221 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 221 aa  85.5  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 236 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 262 aa  85.1  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  36.6 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  28.9 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  30.91 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  30.63 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  28.75 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.85 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 218 aa  72.8  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0240  GntR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 228 aa  72  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 240 aa  71.6  0.000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  28 
 
 		 219 aa  70.9  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2902  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.270812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>