More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_3852 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 
384 aa  727    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1071  fumarate lyase  57.29 
 
 
381 aa  276  5e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.137268 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50.14 
 
 
453 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.87 
 
 
404 aa  270  4e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.15 
 
 
462 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.2 
 
 
453 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.24 
 
 
453 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.07 
 
 
419 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.99 
 
 
402 aa  259  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.72 
 
 
453 aa  255  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.71 
 
 
450 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.71 
 
 
450 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.15 
 
 
457 aa  249  8e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.55 
 
 
490 aa  248  9e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.41 
 
 
438 aa  248  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.51 
 
 
454 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.85 
 
 
450 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50.57 
 
 
453 aa  244  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.49 
 
 
452 aa  244  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.43 
 
 
450 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.12 
 
 
476 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.58 
 
 
457 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.58 
 
 
460 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.4 
 
 
459 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.42 
 
 
451 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.31 
 
 
452 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.31 
 
 
452 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.31 
 
 
452 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.31 
 
 
452 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.31 
 
 
452 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.04 
 
 
452 aa  239  8e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.31 
 
 
452 aa  239  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.15 
 
 
406 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.72 
 
 
459 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.44 
 
 
452 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  45.88 
 
 
452 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.82 
 
 
450 aa  232  8.000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.96 
 
 
450 aa  231  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.26 
 
 
452 aa  230  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.5 
 
 
465 aa  225  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.13 
 
 
459 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.41 
 
 
459 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.9 
 
 
383 aa  206  5e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  35.47 
 
 
449 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  35.94 
 
 
449 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.94 
 
 
460 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  36.41 
 
 
450 aa  196  8.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  34.63 
 
 
450 aa  195  9e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.23 
 
 
457 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  39.34 
 
 
455 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  35.59 
 
 
448 aa  192  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  37.29 
 
 
458 aa  190  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  37.07 
 
 
473 aa  191  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  42.29 
 
 
451 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  36.41 
 
 
450 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  35.23 
 
 
456 aa  181  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  36.89 
 
 
446 aa  181  2e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  36.69 
 
 
452 aa  180  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  40.62 
 
 
451 aa  177  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.31 
 
 
453 aa  175  9.999999999999999e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  33.52 
 
 
476 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.47 
 
 
464 aa  175  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.36 
 
 
462 aa  171  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  36.87 
 
 
488 aa  169  5e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0910  fumarate lyase  39.66 
 
 
458 aa  170  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.69 
 
 
444 aa  169  8e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.2 
 
 
448 aa  168  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.95 
 
 
464 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  42.41 
 
 
463 aa  163  4.0000000000000004e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  31.2 
 
 
451 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  36.77 
 
 
477 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2188  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.47 
 
 
441 aa  155  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  37.33 
 
 
477 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  35.64 
 
 
500 aa  152  7e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  35.33 
 
 
454 aa  152  7e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4076  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  37.74 
 
 
501 aa  152  8e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  33.61 
 
 
456 aa  150  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  35.57 
 
 
454 aa  149  9e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3852  fumarate lyase  38.83 
 
 
491 aa  143  5e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  32.95 
 
 
455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  32.87 
 
 
483 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  33.24 
 
 
455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  33.43 
 
 
456 aa  139  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  34.38 
 
 
452 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6130  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.69 
 
 
352 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0393  adenylosuccinate lyase  31.53 
 
 
430 aa  138  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.623936  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2483  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.16 
 
 
450 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.318929  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0617  fumarate lyase  40 
 
 
446 aa  135  9e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  30.29 
 
 
454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0759  adenylosuccinate lyase  31.25 
 
 
451 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  29.71 
 
 
454 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  31.86 
 
 
483 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1217  adenylosuccinate lyase  28.61 
 
 
457 aa  132  7.999999999999999e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0739358  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0840  adenylosuccinate lyase  31.03 
 
 
451 aa  132  9e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1014  adenylosuccinate lyase  32.49 
 
 
437 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  30.79 
 
 
454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  34.09 
 
 
450 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_744  adenylosuccinate lyase  31.03 
 
 
451 aa  130  3e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  30.79 
 
 
454 aa  131  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  30.45 
 
 
471 aa  129  6e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>