More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2043 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  100 
 
 		 325 aa  655    Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00353768  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0954  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.05 
 
 		 353 aa  417  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.278842 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3764  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.82 
 
 		 337 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1050  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.55 
 
 		 335 aa  403  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2851  TIM-barrel protein, yjbN family  61.8 
 
 		 335 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0981805 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0998  YjbN family TIM-barrel protein  61.54 
 
 		 336 aa  392  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.420322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3456  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.94 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.62577  normal  0.435546 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2060  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.94 
 
 		 330 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212948  normal  0.235327 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3399  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.74 
 
 		 332 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2043  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.17 
 
 		 317 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0148288  normal  0.331525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.41 
 
 		 330 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1976  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.75 
 
 		 319 aa  378  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1852  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.02 
 
 		 336 aa  375  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.70474  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0909  tRNA-dihydrouridine synthase A  64.26 
 
 		 340 aa  372  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.444474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0946  tRNA-dihydrouridine synthase A  63.32 
 
 		 354 aa  371  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4378  tRNA-dihydrouridine synthase A  66.46 
 
 		 327 aa  368  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.016037  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0863  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.33 
 
 		 340 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.56 
 
 		 337 aa  366  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2209  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.7 
 
 		 333 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0856  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.33 
 
 		 340 aa  365  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.48 
 
 		 344 aa  367  1e-100  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00283528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1549  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.69 
 
 		 342 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.28952  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1420  tRNA-dihydrouridine synthase A  61.98 
 
 		 329 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3650  tRNA-dihydrouridine synthase A  60.13 
 
 		 336 aa  363  3e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0577  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.06 
 
 		 331 aa  362  4e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1926  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.06 
 
 		 313 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2364  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.03 
 
 		 337 aa  362  7.0000000000000005e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002346  tRNA dihydrouridine synthase A  53.65 
 
 		 315 aa  361  9e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2790  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.19 
 
 		 327 aa  360  1e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2817  tRNA-dihydrouridine synthase A  62.14 
 
 		 340 aa  360  2e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0399  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.97 
 
 		 338 aa  358  5e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2512  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.49 
 
 		 338 aa  358  8e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0272244 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0321  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.49 
 
 		 335 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2504  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.31 
 
 		 333 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2180  tRNA-dihydrouridine synthase A  59.49 
 
 		 330 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2138  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.84 
 
 		 329 aa  356  3.9999999999999996e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386307  normal  0.911823 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3768  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.48 
 
 		 345 aa  352  5e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0342363  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3123  tRNA-dihydrouridine synthase A  56.63 
 
 		 330 aa  352  5e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0713  TIM-barrel protein, yjbN family  57.51 
 
 		 344 aa  352  5e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0573844  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0718  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.33 
 
 		 334 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00191335  hitchhiker  0.000636763 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0744  TIM-barrel protein, yjbN family  56.73 
 
 		 335 aa  351  8e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5568  hypothetical protein  54.69 
 
 		 341 aa  351  1e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3858  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.48 
 
 		 345 aa  351  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.606559  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1621  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.06 
 
 		 385 aa  351  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.138174 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1302  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.48 
 
 		 345 aa  351  1e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3944  TIM-barrel protein, yjbN family  54.52 
 
 		 345 aa  350  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4585  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.16 
 
 		 332 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4290  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 347 aa  350  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4601  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 347 aa  350  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0253  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.81 
 
 		 331 aa  350  2e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.624157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4500  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.16 
 
 		 332 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03921  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 345 aa  349  3e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03881  hypothetical protein  54.52 
 
 		 345 aa  349  3e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3979  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 345 aa  349  3e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.16691 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4491  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.84 
 
 		 345 aa  349  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0345216 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4510  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.52 
 
 		 339 aa  350  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4546  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.66 
 
 		 347 aa  349  4e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.24 
 
 		 360 aa  348  5e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4586  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.84 
 
 		 332 aa  348  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.787094  normal  0.942964 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0964  tRNA-dihydrouridine synthase A  57.42 
 
 		 336 aa  348  5e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.946699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4637  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.84 
 
 		 332 aa  348  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232705 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0799  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.72 
 
 		 339 aa  348  8e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000212464 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3495  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.66 
 
 		 340 aa  348  8e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.396669  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3585  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.04 
 
 		 339 aa  348  9e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.238012  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1275  TIM-barrel protein, yjbN family  60 
 
 		 329 aa  347  1e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1088  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.59 
 
 		 365 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0247778  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1568  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.59 
 
 		 365 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0644726  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4710  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.28 
 
 		 344 aa  346  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0774  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.4 
 
 		 339 aa  346  3e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.638276  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5551  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.19 
 
 		 345 aa  346  3e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0746  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.53 
 
 		 340 aa  346  3e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.807412  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3631  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.02 
 
 		 340 aa  346  4e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.97 
 
 		 357 aa  345  4e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0806  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.4 
 
 		 339 aa  346  4e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.448411 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1544  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.59 
 
 		 328 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000130632  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3912  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.55 
 
 		 335 aa  345  6e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2494  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.73 
 
 		 339 aa  345  7e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.38061  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4453  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.02 
 
 		 336 aa  345  8.999999999999999e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0885  tRNA-dihydrouridine synthase A  65.05 
 
 		 324 aa  344  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.228779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0761  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.58 
 
 		 343 aa  343  2e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00024082  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1755  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.89 
 
 		 333 aa  342  5e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.143555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2485  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.84 
 
 		 333 aa  341  8e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0461932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1641  YjbN family TIM-barrel protein  55.95 
 
 		 333 aa  341  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406023 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2388  tRNA-dihydrouridine synthase A  58.97 
 
 		 337 aa  340  1e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0913736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3243  tRNA-dihydrouridine synthase A  52.22 
 
 		 335 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021676  hitchhiker  0.00000290889 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3055  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.91 
 
 		 326 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.571193  normal  0.701186 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1996  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.87 
 
 		 442 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.209677  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1843  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.87 
 
 		 339 aa  338  8e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0114221  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0766  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.44 
 
 		 327 aa  338  8e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000636307 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1829  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.87 
 
 		 339 aa  338  8e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.76295  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1227  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.87 
 
 		 339 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0790  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.87 
 
 		 339 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.54694  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0371  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.87 
 
 		 339 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.167917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1714  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.87 
 
 		 436 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.073679  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1490  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.35 
 
 		 328 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1469  tRNA-dihydrouridine synthase A  54.35 
 
 		 344 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0655175  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3570  tRNA-dihydrouridine synthase A  51.44 
 
 		 328 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3232  tRNA-dihydrouridine synthase A  50.47 
 
 		 327 aa  334  2e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0227  tRNA-dihydrouridine synthase A  55.73 
 
 		 343 aa  333  2e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0489584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00009  tRNA-dihydrouridine synthase A  53.67 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>