141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_2007 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007512  Plut_0005  DNA-directed DNA polymerase B  67.61 
 
 
792 aa  1108    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.775002  normal  0.276245 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2007  DNA-directed DNA polymerase B  100 
 
 
788 aa  1632    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0007  DNA polymerase B region  63.67 
 
 
796 aa  1044    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0027  DNA polymerase B region  66.67 
 
 
796 aa  1115    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0006  cyclic nucleotide-binding protein  66.71 
 
 
793 aa  1109    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0006  DNA polymerase B region  69.79 
 
 
811 aa  1168    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1412  DNA polymerase B region  45.71 
 
 
785 aa  703    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0006  DNA polymerase B region  61.57 
 
 
800 aa  1030    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0104933 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0296  DNA polymerase B region  42.29 
 
 
743 aa  581  1e-164  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0413746  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3245  DNA polymerase II, putative  38.99 
 
 
745 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3187  DNA polymerase B, exonuclease  39.07 
 
 
744 aa  538  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000163636 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2799  DNA polymerase B region  33.6 
 
 
735 aa  339  9.999999999999999e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0105637 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0476  DNA polymerase B, exonuclease  27.21 
 
 
707 aa  291  4e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0121312  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5509  DNA-directed DNA polymerase B  27.91 
 
 
603 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.26262 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  23.59 
 
 
780 aa  138  4e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  24.05 
 
 
780 aa  138  5e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  23.93 
 
 
781 aa  134  7.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  22.55 
 
 
811 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  23.75 
 
 
785 aa  128  3e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  24.77 
 
 
810 aa  127  8.000000000000001e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  23.5 
 
 
781 aa  125  3e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  24.28 
 
 
794 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  24.96 
 
 
783 aa  123  9.999999999999999e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  22.59 
 
 
784 aa  123  1.9999999999999998e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  23 
 
 
784 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  22.57 
 
 
783 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  26.48 
 
 
792 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  25.53 
 
 
818 aa  112  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  22.15 
 
 
786 aa  110  1e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0922  DNA-directed DNA polymerase  22.81 
 
 
607 aa  104  6e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.434202  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  26.73 
 
 
787 aa  103  8e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  22.94 
 
 
910 aa  103  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  24.89 
 
 
793 aa  103  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  23.23 
 
 
932 aa  102  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  28.61 
 
 
809 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  22.72 
 
 
809 aa  102  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  27.21 
 
 
801 aa  101  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  26.68 
 
 
799 aa  101  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  26.44 
 
 
788 aa  101  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  24.77 
 
 
794 aa  100  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  28.35 
 
 
809 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  25.37 
 
 
807 aa  100  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  22.87 
 
 
789 aa  99.4  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  25.53 
 
 
788 aa  99.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  21.59 
 
 
941 aa  98.6  4e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  25.97 
 
 
790 aa  98.2  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  28.02 
 
 
808 aa  97.8  7e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  28.08 
 
 
809 aa  97.8  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  28.16 
 
 
795 aa  97.4  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  23.3 
 
 
821 aa  97.1  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  28.08 
 
 
809 aa  97.4  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  25.65 
 
 
816 aa  95.9  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  27.95 
 
 
810 aa  94.7  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  28.21 
 
 
810 aa  94  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  27.44 
 
 
786 aa  94.4  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  21.69 
 
 
788 aa  93.6  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  21.85 
 
 
788 aa  94  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  27.3 
 
 
797 aa  92.8  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  27.95 
 
 
810 aa  92.4  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  27.59 
 
 
786 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  27.39 
 
 
790 aa  90.9  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  22.04 
 
 
783 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  22.56 
 
 
791 aa  90.5  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  22.04 
 
 
783 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  23.26 
 
 
786 aa  90.1  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  22.15 
 
 
783 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  23.18 
 
 
789 aa  90.5  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  22.04 
 
 
783 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  26.1 
 
 
786 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  24.22 
 
 
1087 aa  89.4  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  27.3 
 
 
786 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  26.49 
 
 
786 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  23.18 
 
 
789 aa  89.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  26.76 
 
 
821 aa  89.7  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  21.88 
 
 
783 aa  89  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  21.35 
 
 
793 aa  89.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  21.88 
 
 
783 aa  89  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  21.92 
 
 
783 aa  89.4  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  25.9 
 
 
787 aa  89.4  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  23.18 
 
 
789 aa  89.4  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  21.88 
 
 
783 aa  89  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  21.88 
 
 
783 aa  88.6  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  23.77 
 
 
982 aa  88.6  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  23.74 
 
 
1058 aa  88.2  5e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  26.95 
 
 
790 aa  88.2  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  21.76 
 
 
794 aa  87.8  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  24.61 
 
 
787 aa  87  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  24.87 
 
 
816 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  26.49 
 
 
787 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10755  catalytic subunit of the DNA polymerase alpha-primase complex (Eurofung)  20.92 
 
 
1459 aa  85.5  0.000000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  21.44 
 
 
794 aa  85.5  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  21.44 
 
 
794 aa  85.5  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  26.23 
 
 
788 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  22.42 
 
 
791 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  25.06 
 
 
782 aa  84.3  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  25.97 
 
 
792 aa  84  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  24.87 
 
 
783 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  25.07 
 
 
783 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1156  DNA polymerase B region  25.35 
 
 
818 aa  84  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.809491  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  24.87 
 
 
783 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.249231 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>