More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1744 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  100 
 
 
146 aa  305  2e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0581  ribonuclease H  77.62 
 
 
146 aa  245  1e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0628  ribonuclease H  73.97 
 
 
146 aa  241  3e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.702855  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0600  ribonuclease H  75.52 
 
 
146 aa  234  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.42246  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  72.22 
 
 
153 aa  229  1e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0543  ribonuclease H  72.73 
 
 
146 aa  227  5e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.751982 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0673  ribonuclease H  61.81 
 
 
147 aa  198  2e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  3.35449e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1987  ribonuclease H  60.84 
 
 
159 aa  197  4e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1754  ribonuclease H  61.11 
 
 
145 aa  195  2e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1340  Ribonuclease H  59.57 
 
 
145 aa  195  2e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  1.54889e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  64.18 
 
 
152 aa  192  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1172  RNase HI  61.38 
 
 
152 aa  187  6e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  4.82938e-07  hitchhiker  0.000107341 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0706  ribonuclease H  62.33 
 
 
146 aa  186  1e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.572232  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  58.45 
 
 
155 aa  185  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  1.13365e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  58.87 
 
 
155 aa  181  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  58.45 
 
 
150 aa  176  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  58.27 
 
 
154 aa  176  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  57.86 
 
 
161 aa  174  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  55.24 
 
 
154 aa  173  8e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  1.6883e-08  hitchhiker  1.57044e-06 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2115  ribonuclease H  57.04 
 
 
146 aa  172  1e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.111638  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  58.7 
 
 
154 aa  172  2e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  55.63 
 
 
153 aa  172  2e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  59.12 
 
 
156 aa  171  2e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  56.43 
 
 
151 aa  171  3e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  57.55 
 
 
151 aa  170  6e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  56.52 
 
 
153 aa  170  7e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  56.03 
 
 
154 aa  167  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1837  ribonuclease H  56.43 
 
 
153 aa  167  4e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  4.70607e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  55.32 
 
 
154 aa  166  9e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  55.32 
 
 
154 aa  166  9e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  53.57 
 
 
162 aa  164  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  55.07 
 
 
157 aa  164  5e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  52.48 
 
 
153 aa  160  5e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  53.96 
 
 
156 aa  160  5e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  53.19 
 
 
151 aa  160  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  53.33 
 
 
156 aa  159  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  53.19 
 
 
151 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  53.96 
 
 
153 aa  158  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  53.57 
 
 
145 aa  158  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  50.69 
 
 
159 aa  157  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  4.08734e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  53.57 
 
 
156 aa  157  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  52.45 
 
 
170 aa  157  5e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  52.14 
 
 
163 aa  156  8e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0446  Ribonuclease H  50.71 
 
 
145 aa  155  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  51.77 
 
 
154 aa  155  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  53.1 
 
 
150 aa  155  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  51.8 
 
 
158 aa  155  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  52.14 
 
 
159 aa  154  5e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  49.66 
 
 
154 aa  153  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0761  ribonuclease H  52.48 
 
 
146 aa  152  1e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  50.35 
 
 
152 aa  152  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  50.35 
 
 
157 aa  152  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  54.74 
 
 
154 aa  152  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0409  ribonuclease H  55 
 
 
155 aa  152  2e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  52.14 
 
 
149 aa  152  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  49.3 
 
 
150 aa  151  3e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  51.06 
 
 
148 aa  151  3e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  51.06 
 
 
148 aa  151  3e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  50.71 
 
 
147 aa  150  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  50 
 
 
145 aa  150  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.68272e-07  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  53.24 
 
 
153 aa  150  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  49.3 
 
 
160 aa  150  6e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  50.69 
 
 
163 aa  149  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  50.7 
 
 
159 aa  150  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  50.69 
 
 
163 aa  149  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  49.65 
 
 
148 aa  149  9e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  49.65 
 
 
148 aa  149  9e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  49.65 
 
 
148 aa  149  9e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  49.65 
 
 
148 aa  149  9e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  49.65 
 
 
148 aa  149  9e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  49.65 
 
 
146 aa  149  9e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  49.65 
 
 
148 aa  149  9e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  51.8 
 
 
160 aa  149  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  3.16146e-08  unclonable  2.511e-08 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  50 
 
 
161 aa  149  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  50 
 
 
150 aa  149  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  51.41 
 
 
147 aa  148  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  50.72 
 
 
155 aa  147  4e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  47.52 
 
 
166 aa  147  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  49.65 
 
 
148 aa  147  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  51.08 
 
 
143 aa  147  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  48.95 
 
 
143 aa  147  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  49.64 
 
 
147 aa  147  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  49.64 
 
 
147 aa  147  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  49.64 
 
 
147 aa  147  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  47.92 
 
 
148 aa  146  8e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  50 
 
 
147 aa  146  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  50.7 
 
 
150 aa  146  8e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  47.92 
 
 
148 aa  146  9e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  48.61 
 
 
164 aa  145  1e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  50.7 
 
 
152 aa  145  1e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0304  ribonuclease H  47.52 
 
 
145 aa  145  2e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0206259  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  49.64 
 
 
158 aa  145  2e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  48.61 
 
 
147 aa  145  2e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  48.92 
 
 
147 aa  145  2e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  1.65419e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  53.03 
 
 
142 aa  145  2e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  49.65 
 
 
148 aa  145  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  48.94 
 
 
151 aa  144  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  48.92 
 
 
147 aa  144  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  50 
 
 
170 aa  145  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  50.36 
 
 
153 aa  144  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>