More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1622 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 
363 aa  750  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  75.73 
 
 
349 aa  535  1e-151  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  77.06 
 
 
354 aa  533  1e-150  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  74.03 
 
 
354 aa  526  1e-148  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  72.67 
 
 
350 aa  512  1e-144  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  72.78 
 
 
347 aa  503  1e-141  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  71.83 
 
 
346 aa  490  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  49.21 
 
 
342 aa  302  7e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  49.21 
 
 
348 aa  300  3e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  46.27 
 
 
352 aa  291  1e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  45.54 
 
 
356 aa  288  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.34 
 
 
348 aa  284  2e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  46.75 
 
 
347 aa  284  2e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  44.55 
 
 
341 aa  283  4e-75  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.72 
 
 
356 aa  280  2e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  46.52 
 
 
343 aa  275  8e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  45.95 
 
 
355 aa  256  4e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  42.67 
 
 
309 aa  239  5e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  42.77 
 
 
344 aa  239  7e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  40.84 
 
 
315 aa  238  9e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  40.92 
 
 
336 aa  238  1e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  42.76 
 
 
320 aa  231  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.67472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  39.69 
 
 
341 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.57 
 
 
331 aa  231  2e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  44.13 
 
 
334 aa  230  3e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.67359e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  40.68 
 
 
341 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  41.37 
 
 
345 aa  229  6e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 
334 aa  228  9e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 
347 aa  228  9e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  40.67 
 
 
482 aa  228  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  41.25 
 
 
334 aa  227  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  39.88 
 
 
342 aa  226  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.02 
 
 
303 aa  226  7e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.46 
 
 
303 aa  224  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  43.4 
 
 
306 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.81 
 
 
319 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.44 
 
 
302 aa  224  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.94 
 
 
306 aa  224  1e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  40.13 
 
 
305 aa  225  1e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 
313 aa  224  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.88 
 
 
313 aa  224  2e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.35 
 
 
302 aa  224  2e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
305 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  40.68 
 
 
304 aa  224  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  42.19 
 
 
305 aa  224  3e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.07 
 
 
302 aa  223  5e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.64 
 
 
310 aa  223  6e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 
304 aa  222  8e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.44 
 
 
322 aa  222  8e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  41.88 
 
 
313 aa  222  9e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  1.89125e-05  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.94 
 
 
343 aa  221  1e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  40.75 
 
 
302 aa  221  1e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  1.69242e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.44 
 
 
302 aa  221  2e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  3.28194e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  42.19 
 
 
323 aa  221  2e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.32 
 
 
306 aa  221  2e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  40.44 
 
 
302 aa  220  2e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.34 
 
 
333 aa  221  2e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.44 
 
 
302 aa  220  2e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  42.35 
 
 
303 aa  221  2e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  41.25 
 
 
304 aa  221  2e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  8.66742e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  41.85 
 
 
328 aa  221  2e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.44 
 
 
302 aa  220  2e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40417e-09 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.44 
 
 
302 aa  220  2e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  7.62664e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.71 
 
 
343 aa  220  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  37.25 
 
 
343 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  41.46 
 
 
345 aa  220  4e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  40.13 
 
 
302 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.94 
 
 
306 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.65 
 
 
326 aa  217  2e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  40.23 
 
 
343 aa  217  3e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 
305 aa  216  4e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 
305 aa  216  4e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.84 
 
 
326 aa  216  5e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.85 
 
 
300 aa  216  5e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  38.94 
 
 
314 aa  216  7e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 
343 aa  216  7e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  41.23 
 
 
302 aa  214  2e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 
306 aa  214  2e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  42.22 
 
 
337 aa  214  2e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.99 
 
 
349 aa  213  3e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  41.88 
 
 
300 aa  214  3e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.72 
 
 
333 aa  214  3e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.46 
 
 
300 aa  213  3e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.67 
 
 
326 aa  213  5e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.38 
 
 
312 aa  212  8e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.61 
 
 
324 aa  212  8e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  37.84 
 
 
329 aa  211  1e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.13 
 
 
306 aa  211  1e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  40.97 
 
 
339 aa  211  2e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  38.59 
 
 
305 aa  210  3e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.78 
 
 
305 aa  210  3e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  39.25 
 
 
319 aa  210  3e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  41.3 
 
 
349 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.92 
 
 
320 aa  209  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  38.21 
 
 
376 aa  209  6e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.12 
 
 
301 aa  209  7e-53  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  40.19 
 
 
319 aa  209  8e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  37.54 
 
 
326 aa  209  9e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  38.66 
 
 
377 aa  208  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  40.19 
 
 
319 aa  208  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>