142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1101 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  100 
 
 
402 aa  817    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1892  hypothetical protein  43.47 
 
 
382 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0868  putative transcriptional regulator  44.47 
 
 
454 aa  310  4e-83  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00767556  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2526  putative transcriptional regulator  41.76 
 
 
391 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000101247 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0657  putative transcriptional regulator  40.21 
 
 
385 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.194476  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0664  putative transcriptional regulator  37.95 
 
 
299 aa  210  4e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  33.59 
 
 
396 aa  194  3e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  33.51 
 
 
386 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  31.98 
 
 
469 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 
485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  29.3 
 
 
423 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  29.13 
 
 
480 aa  122  8e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  29.1 
 
 
480 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  29.46 
 
 
471 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  29.04 
 
 
403 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  29.04 
 
 
403 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  29.66 
 
 
494 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  25.77 
 
 
423 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 
423 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  27.37 
 
 
455 aa  110  5e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  28.17 
 
 
433 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0166  putative transcriptional regulator  25.41 
 
 
412 aa  108  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  27.41 
 
 
422 aa  107  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2209  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 
413 aa  105  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000825903  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 
412 aa  103  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3236  putative transcriptional regulator  26.1 
 
 
412 aa  103  7e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.43358  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  28.74 
 
 
448 aa  103  7e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  26.44 
 
 
448 aa  98.2  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  28.06 
 
 
463 aa  98.6  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  24.59 
 
 
620 aa  98.2  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  24.21 
 
 
374 aa  95.1  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  28.75 
 
 
430 aa  95.1  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  29.71 
 
 
394 aa  94.4  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  25.8 
 
 
376 aa  94  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  26.46 
 
 
467 aa  93.6  5e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  25.68 
 
 
572 aa  92.8  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  23.95 
 
 
477 aa  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  24.6 
 
 
468 aa  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  26.41 
 
 
389 aa  88.2  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  24.14 
 
 
467 aa  87.8  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  25.32 
 
 
582 aa  87.4  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  28.65 
 
 
455 aa  87.4  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 
473 aa  87.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4703  putative transcriptional regulator  24.81 
 
 
433 aa  87  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1526  hypothetical protein  24.87 
 
 
479 aa  85.5  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000462658 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 
394 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  26.55 
 
 
483 aa  84.3  0.000000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  28.94 
 
 
402 aa  84.3  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1077  transcriptional regulator  27.59 
 
 
448 aa  84.3  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000030584  normal  0.489664 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  24.02 
 
 
478 aa  83.6  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1142  putative transcriptional regulator  27.22 
 
 
462 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0435134 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3983  putative transcriptional regulator  24.01 
 
 
484 aa  82.8  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 
472 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0631  ATPase central domain-containing protein  24.62 
 
 
377 aa  82  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0667  putative transcriptional regulator  25.81 
 
 
334 aa  82  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.15929  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  23.9 
 
 
457 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  26.48 
 
 
526 aa  82  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  26.48 
 
 
522 aa  82  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  24.07 
 
 
479 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0617  ATPase central domain-containing protein  24.77 
 
 
377 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  24.02 
 
 
478 aa  80.5  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  26.79 
 
 
571 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  27.64 
 
 
641 aa  79  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  23.95 
 
 
475 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  26.56 
 
 
456 aa  76.3  0.0000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  23.68 
 
 
561 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  24.56 
 
 
483 aa  75.5  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  25.37 
 
 
456 aa  75.1  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  25.64 
 
 
611 aa  75.5  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 
502 aa  73.6  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0042  divergent AAA domain family  25.42 
 
 
462 aa  73.2  0.000000000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264071  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  24.7 
 
 
481 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  23.85 
 
 
602 aa  72.4  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0967  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 
241 aa  72.8  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1271  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 
218 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  22.3 
 
 
508 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1299  hypothetical protein  30.29 
 
 
1492 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 
485 aa  70.5  0.00000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  25.79 
 
 
634 aa  70.1  0.00000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  23.31 
 
 
545 aa  69.7  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  24.54 
 
 
548 aa  68.6  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  24.07 
 
 
499 aa  68.6  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  27.11 
 
 
519 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2295  putative transcriptional regulator  27.91 
 
 
208 aa  67  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.619518  hitchhiker  0.00086981 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  24.11 
 
 
492 aa  66.2  0.0000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0215  putative transcriptional regulator  37.14 
 
 
209 aa  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000000133707  decreased coverage  0.0059544 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  25.21 
 
 
687 aa  65.5  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1740  putative transcriptional regulator  34.46 
 
 
230 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.952214  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2157  AAA-4 family protein  35.24 
 
 
207 aa  65.1  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.475743  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  34.86 
 
 
226 aa  64.3  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  22.12 
 
 
456 aa  63.5  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  22.16 
 
 
545 aa  63.2  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  22.09 
 
 
459 aa  62.8  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  24.4 
 
 
606 aa  62  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0100  transcriptional regulator  28.08 
 
 
311 aa  61.6  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  23.41 
 
 
582 aa  60.8  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  29.27 
 
 
500 aa  60.8  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1900  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
235 aa  60.1  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1587  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 
225 aa  60.1  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  25.62 
 
 
515 aa  59.7  0.00000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>