More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0542 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 251 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  79.51 
 
 		 247 aa  410  1e-114  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  71.07 
 
 		 243 aa  375  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  72.73 
 
 		 250 aa  370  1e-101  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  71.67 
 
 		 252 aa  360  1e-98  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  65.43 
 
 		 248 aa  345  4e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  62.7 
 
 		 254 aa  330  1e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  48.54 
 
 		 555 aa  211  7e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  44.96 
 
 		 253 aa  198  9e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  42.8 
 
 		 472 aa  192  5e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  46.38 
 
 		 562 aa  191  7e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  43.91 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 242 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  44.67 
 
 		 268 aa  187  2e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 238 aa  186  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  43.78 
 
 		 387 aa  187  2e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 309 aa  186  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  41.84 
 
 		 255 aa  186  3e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 238 aa  185  6e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  44.12 
 
 		 638 aa  184  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 567 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 237 aa  182  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.04 
 
 		 251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  41.32 
 
 		 274 aa  181  7e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  41.91 
 
 		 516 aa  181  8.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  42.02 
 
 		 230 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.42 
 
 		 236 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.28 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.53 
 
 		 239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 236 aa  179  4e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 242 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.21 
 
 		 249 aa  179  4.999999999999999e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 243 aa  178  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 242 aa  178  8e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  42.8 
 
 		 242 aa  178  8e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  42.8 
 
 		 242 aa  178  8e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 242 aa  178  8e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 242 aa  178  8e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 		 239 aa  178  8e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 556 aa  178  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  42.8 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.37 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 243 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  41.3 
 
 		 624 aa  175  6e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 280 aa  174  9.999999999999999e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  40.83 
 
 		 245 aa  174  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.18 
 
 		 240 aa  172  3.9999999999999995e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 258 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  38.68 
 
 		 247 aa  171  1e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 403 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 329 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 241 aa  169  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 239 aa  169  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 324 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  40.66 
 
 		 273 aa  169  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  40.33 
 
 		 250 aa  169  5e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  40.82 
 
 		 406 aa  169  5e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.49 
 
 		 269 aa  168  8e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.83 
 
 		 247 aa  167  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  38 
 
 		 247 aa  167  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  38.78 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 322 aa  166  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 247 aa  166  5e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.49 
 
 		 249 aa  165  5e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  40.17 
 
 		 245 aa  164  9e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  38.25 
 
 		 256 aa  164  9e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38 
 
 		 247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 229 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38 
 
 		 247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38 
 
 		 247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  39.09 
 
 		 259 aa  162  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  39.09 
 
 		 249 aa  162  6e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  37.15 
 
 		 296 aa  162  6e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  38.43 
 
 		 229 aa  162  7e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  40.17 
 
 		 284 aa  161  8.000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  35.68 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  40.34 
 
 		 621 aa  160  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  37.93 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.5 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  39.22 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  37.5 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  35.68 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>