More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0362 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  100 
 
 
91 aa  178  2e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  86.67 
 
 
91 aa  157  5e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  83.15 
 
 
94 aa  149  8.999999999999999e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  80.22 
 
 
91 aa  149  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  82.02 
 
 
90 aa  148  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  78.02 
 
 
91 aa  142  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  78.02 
 
 
91 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1317  histone family protein DNA-binding protein  72.22 
 
 
91 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  64.44 
 
 
90 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  64.04 
 
 
90 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.460310000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  66.29 
 
 
90 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  65.17 
 
 
90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  64.37 
 
 
90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  64.04 
 
 
90 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  64.04 
 
 
90 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  64.04 
 
 
90 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  64.04 
 
 
90 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  64.04 
 
 
90 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  60.67 
 
 
94 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00392  HU, DNA-binding transcriptional regulator, beta subunit  62.92 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  62.92 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  62.92 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0483  transcriptional regulator HU subunit beta  62.92 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000219434  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  62.92 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00396  hypothetical protein  62.92 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  59.34 
 
 
96 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  63.22 
 
 
91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0526  transcriptional regulator HU subunit beta  62.92 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00026983  normal  0.698185 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  62.92 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3192  transcriptional regulator HU subunit beta  62.92 
 
 
90 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0216859  hitchhiker  0.00242013 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  61.8 
 
 
90 aa  108  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  108  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  62.07 
 
 
90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2063  HU family DNA-binding protein  59.34 
 
 
91 aa  107  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.832344  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  64.37 
 
 
90 aa  108  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2658  histone family protein DNA-binding protein  60.67 
 
 
90 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000180426  normal  0.730265 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  60.67 
 
 
90 aa  107  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1926  histone family protein DNA-binding protein  57.14 
 
 
92 aa  107  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000201993  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  62.07 
 
 
90 aa  107  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3008  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 
91 aa  107  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.341575 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  62.07 
 
 
90 aa  107  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000490467  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 
90 aa  107  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0907  transcriptional regulator HU subunit beta  60.67 
 
 
90 aa  107  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0908162  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  106  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 
91 aa  106  9.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  106  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2678  histone family protein DNA-binding protein  60.67 
 
 
90 aa  106  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  58.24 
 
 
94 aa  105  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  58.43 
 
 
90 aa  105  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1275  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 
91 aa  105  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000292942  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1873  HU family DNA-binding protein  60.67 
 
 
91 aa  105  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.972501  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 
90 aa  105  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  59.55 
 
 
90 aa  104  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  59.55 
 
 
90 aa  105  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 
90 aa  105  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1544  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 
90 aa  104  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000007734  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0188  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
94 aa  105  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  105  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0170  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
94 aa  105  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000201093 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3110  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 
90 aa  104  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000105676  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  60.67 
 
 
90 aa  104  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2593  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 
91 aa  104  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173721  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2505  histone family protein DNA-binding protein  59.55 
 
 
90 aa  104  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000791734  normal  0.581146 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  60.67 
 
 
90 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  60.67 
 
 
90 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  58.43 
 
 
90 aa  103  7e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  59.55 
 
 
90 aa  103  8e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  59.55 
 
 
90 aa  103  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  59.55 
 
 
90 aa  103  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  58.43 
 
 
94 aa  103  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  59.55 
 
 
90 aa  103  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  61.8 
 
 
90 aa  103  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2492  histone-like DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  103  9e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00401844  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 
90 aa  102  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  57.3 
 
 
91 aa  103  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  103  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  58.89 
 
 
91 aa  102  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3158  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 
90 aa  102  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  58.43 
 
 
90 aa  102  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 
92 aa  103  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  58.43 
 
 
90 aa  102  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  58.43 
 
 
90 aa  102  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 
94 aa  102  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 
91 aa  102  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 
90 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  56.67 
 
 
94 aa  102  2e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0121  DNA-binding protein HU  52.94 
 
 
88 aa  101  3e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00022412 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  57.3 
 
 
90 aa  101  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>