More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0242 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 
348 aa  716    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  76.68 
 
 
352 aa  559  1e-158  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  76.38 
 
 
354 aa  545  1e-154  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  74.64 
 
 
347 aa  534  1e-151  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  72.01 
 
 
347 aa  514  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.39 
 
 
346 aa  501  1e-141  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.67 
 
 
347 aa  462  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.72 
 
 
358 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.96 
 
 
354 aa  328  9e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  50 
 
 
327 aa  324  2e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  48 
 
 
330 aa  323  2e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  53.62 
 
 
327 aa  321  9.999999999999999e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  49.52 
 
 
329 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.48 
 
 
329 aa  318  7e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  50 
 
 
329 aa  317  2e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.42 
 
 
335 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  47.15 
 
 
332 aa  308  9e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.21 
 
 
345 aa  301  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  47.17 
 
 
333 aa  293  2e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.06 
 
 
333 aa  277  2e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.31 
 
 
319 aa  270  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  41.96 
 
 
347 aa  268  1e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.8 
 
 
328 aa  263  3e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.21 
 
 
318 aa  263  4e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  40.81 
 
 
326 aa  262  6e-69  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  40.81 
 
 
326 aa  262  6e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.09 
 
 
322 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.13 
 
 
337 aa  258  8e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.87 
 
 
332 aa  255  8e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.04 
 
 
334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.08 
 
 
357 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.4 
 
 
333 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
320 aa  253  3e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  41.16 
 
 
333 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.14 
 
 
324 aa  253  5.000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.86 
 
 
350 aa  252  5.000000000000001e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.25 
 
 
332 aa  252  6e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
332 aa  251  1e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
332 aa  251  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.94 
 
 
332 aa  251  1e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
332 aa  251  2e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.94 
 
 
332 aa  251  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.85 
 
 
321 aa  249  4e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.94 
 
 
332 aa  249  5e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  41.91 
 
 
334 aa  249  5e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.63 
 
 
332 aa  248  2e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  43.71 
 
 
351 aa  246  3e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 
324 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 
324 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
353 aa  245  9.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
328 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.3 
 
 
351 aa  239  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.49 
 
 
322 aa  239  5.999999999999999e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
347 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.87 
 
 
332 aa  239  6.999999999999999e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.57 
 
 
334 aa  239  8e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.89 
 
 
333 aa  238  8e-62  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  41.03 
 
 
320 aa  238  1e-61  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.99 
 
 
337 aa  236  5.0000000000000005e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  41.33 
 
 
325 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.91 
 
 
325 aa  233  5e-60  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  43.19 
 
 
353 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.85 
 
 
332 aa  231  1e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.87 
 
 
324 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41 
 
 
343 aa  231  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  40.06 
 
 
325 aa  229  4e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.58 
 
 
336 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.58 
 
 
336 aa  228  9e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  41.27 
 
 
332 aa  228  9e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.57 
 
 
327 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  37.34 
 
 
308 aa  227  2e-58  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.83 
 
 
327 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.64 
 
 
330 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  38.64 
 
 
330 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.74 
 
 
326 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.87 
 
 
334 aa  226  5.0000000000000005e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  37.42 
 
 
335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.63 
 
 
327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.51 
 
 
332 aa  225  7e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  41.83 
 
 
350 aa  225  8e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.31 
 
 
317 aa  224  1e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.53 
 
 
325 aa  225  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  40.59 
 
 
343 aa  224  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  42.71 
 
 
322 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.41 
 
 
338 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.71 
 
 
326 aa  223  3e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.19 
 
 
317 aa  223  3e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  41.8 
 
 
334 aa  223  4e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39 
 
 
327 aa  223  4.9999999999999996e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.01 
 
 
321 aa  222  6e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.26 
 
 
343 aa  222  7e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 
333 aa  221  9.999999999999999e-57  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  42.51 
 
 
333 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.27 
 
 
346 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.87 
 
 
331 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  37.85 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  39.87 
 
 
319 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  38.7 
 
 
323 aa  220  3e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  38.01 
 
 
342 aa  219  7e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.26 
 
 
336 aa  219  7.999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>