252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_R0047 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  119  9.999999999999999e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  93.44 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  90.14 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  91.8 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  91.8 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  91.8 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  91.8 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  88 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0027  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00837628  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0012  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.189557  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  90.16 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  90.16 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  90.16 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  88.24 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  88.24 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0019  tRNA-Pro  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  91.67 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  85.53 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  88.89 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  85.33 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000537169  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09860  tRNA-Pro  87.1 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.513474  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0026  tRNA-Pro  93.48 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.094878  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.42 
 
 
80 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  84.42 
 
 
80 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.42 
 
 
80 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.000299303  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000011857  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0052  tRNA-Pro  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  84.21 
 
 
77 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0108  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>