249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8962 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8962  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 504 aa  969    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.354248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4018  amino acid permease-associated region  76.38 
 
 		 507 aa  598  1e-169  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.536093  hitchhiker  0.00116869 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1731  amino acid permease-associated region  49.6 
 
 		 509 aa  411  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.177585  decreased coverage  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1747  amino acid permease-associated region  48.69 
 
 		 510 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.318843 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0767  amino acid permease-associated region  45.62 
 
 		 490 aa  364  2e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.184256 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3178  amino acid permease-associated region  40 
 
 		 502 aa  319  9e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00000963226  hitchhiker  0.000000000995055 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7499  amino acid permease-associated region  40.81 
 
 		 495 aa  300  3e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1037  amino acid permease-associated region  38.8 
 
 		 509 aa  282  1e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.809227  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6478  amino acid permease-associated region  38.56 
 
 		 479 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6713  amino acid permease-associated region  38.56 
 
 		 479 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2557  amino acid permease-associated region  36.11 
 
 		 484 aa  244  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.549104  normal  0.058591 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1922  amino acid permease-associated region  36.48 
 
 		 485 aa  239  6.999999999999999e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.255466  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4433  amino acid permease-associated region  36.08 
 
 		 484 aa  238  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000491134  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4735  amino acid permease-associated region  36.67 
 
 		 488 aa  230  4e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1999  amino acid permease-associated region  31.55 
 
 		 483 aa  224  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.597442 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0252  amino acid permease-associated region  32.58 
 
 		 485 aa  214  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1105  amino acid permease-associated region  32.73 
 
 		 516 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.536968  normal  0.272162 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3953  amino acid permease-associated region  32.08 
 
 		 485 aa  207  5e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1630  amino acid permease-associated region  35.74 
 
 		 497 aa  204  4e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0436  amino acid permease-associated region  30.06 
 
 		 467 aa  201  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1170  amino acid permease family protein  35.99 
 
 		 497 aa  200  6e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.381443  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3239  amino acid permease-associated region  30.07 
 
 		 464 aa  192  8e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0153  amino acid permease-associated region  31.43 
 
 		 487 aa  189  9e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3579  amino acid permease-associated region  34.54 
 
 		 496 aa  183  6e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5564  amino acid permease-associated region  30.08 
 
 		 510 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0955  amino acid transporter  31.13 
 
 		 481 aa  178  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1244  amino acid permease-associated region  29.07 
 
 		 513 aa  177  6e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.000000642825  decreased coverage  0.00000288489 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3507  amino acid permease-associated region  32.38 
 
 		 491 aa  176  7e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0199  amino acid permease-associated region  29.26 
 
 		 510 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0208  amino acid permease-associated region  29.26 
 
 		 510 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.350417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0145  amino acid permease-associated region  31.76 
 
 		 486 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1795  amino acid permease-associated region  29.32 
 
 		 516 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.829801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0605  amino acid permease-associated region  28.83 
 
 		 504 aa  173  6.999999999999999e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139482  normal  0.912711 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0188  amino acid permease-associated region  29.06 
 
 		 510 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.215217 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2722  amino acid permease-associated region  32.56 
 
 		 486 aa  170  5e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4853  amino acid permease-associated region  31.28 
 
 		 493 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.983882  normal  0.590068 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2078  amino acid permease-associated region  30.77 
 
 		 527 aa  157  6e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.491472  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3067  amino acid permease-associated region  33.69 
 
 		 498 aa  155  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3754  amino acid permease-associated region  30.39 
 
 		 485 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00320  amino acid transporter  33.16 
 
 		 483 aa  152  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0667  amino acid permease-associated region  29 
 
 		 474 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.819834  decreased coverage  0.000117019 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1046  amino acid permease-associated region  31.05 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20672  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4189  amino acid permease-associated region  25.23 
 
 		 450 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0502  amino acid permease-associated region  26.42 
 
 		 492 aa  81.6  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1229  amino acid ABC transporter permease  24.38 
 
 		 450 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.674288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1258  amino acid permease-associated region  24.38 
 
 		 450 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101609  normal  0.957729 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  23.49 
 
 		 450 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7548  amino acid transporter  29.65 
 
 		 463 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.219639 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0513  amino acid permease-associated region  25.83 
 
 		 492 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.120819  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0524  amino acid permease-associated region  25.83 
 
 		 492 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.735838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6579  amino acid permease-associated region  30.06 
 
 		 462 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0989749  decreased coverage  0.00384925 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5732  amino acid permease-associated region  30.06 
 
 		 462 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6096  amino acid permease-associated region  30.06 
 
 		 462 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3295  amino acid permease-associated region  25.87 
 
 		 486 aa  78.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0648  amino acid permease-associated region  25.68 
 
 		 469 aa  78.6  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.916187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  25.3 
 
 		 456 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  24.91 
 
 		 449 aa  77.8  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1550  amino acid permease-associated region  28.1 
 
 		 462 aa  77  0.0000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.29371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  24.53 
 
 		 461 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3299  amino acid permease-associated region  24.6 
 
 		 491 aa  75.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388288  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2478  amino acid permease-associated region  26.79 
 
 		 459 aa  74.7  0.000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.65738  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  24.92 
 
 		 456 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  24.53 
 
 		 461 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2573  amino acid permease-associated region  27.03 
 
 		 457 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  24.53 
 
 		 461 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  24.53 
 
 		 461 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  24.53 
 
 		 461 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3252  amino acid permease-associated region  26.39 
 
 		 464 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719385  normal  0.223004 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  24.32 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  24.32 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2350  amino acid permease-associated region  24.48 
 
 		 461 aa  73.2  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2586  amino acid ABC transporter permease  26.34 
 
 		 470 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163018  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3130  amino acid permease-associated region  26.34 
 
 		 460 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  25.78 
 
 		 456 aa  72  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  24.35 
 
 		 454 aa  71.6  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  26.77 
 
 		 447 aa  71.6  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2802  amino acid permease family protein  27.41 
 
 		 443 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1312  amino acid permease-associated region  27.68 
 
 		 450 aa  70.5  0.00000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  24.47 
 
 		 468 aa  70.9  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  23.5 
 
 		 455 aa  69.7  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1778  amino acid permease-associated region  25.46 
 
 		 475 aa  69.3  0.0000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1999  amino acid permease-associated region  25.87 
 
 		 490 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.352019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5856  amino acid permease-associated region  26.88 
 
 		 463 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35860  amino acid permease  27.1 
 
 		 434 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332281  decreased coverage  9.326859999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4368  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 457 aa  67.8  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4455  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 457 aa  67.8  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.103538  normal  0.0381095 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4749  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 457 aa  67.8  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2626  amino acid permease-associated region  24.21 
 
 		 521 aa  67  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1683  amino acid permease-associated region  24.42 
 
 		 501 aa  66.6  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.374924 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  23.41 
 
 		 461 aa  66.6  0.0000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  24.06 
 
 		 441 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6094  amino acid permease-associated region  27.19 
 
 		 463 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2839  amino acid permease-associated region  23.63 
 
 		 506 aa  66.6  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.703085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0357  amino acid permease-associated region  27.81 
 
 		 449 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3215  amino acid permease-associated region  22.73 
 
 		 455 aa  65.1  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52961  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1529  amino acid permease-associated region  24.07 
 
 		 473 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.327796  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  24.33 
 
 		 443 aa  65.1  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6300  amino acid permease-associated region  24.07 
 
 		 473 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819384 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1969  amino acid permease-associated region  28.57 
 
 		 487 aa  64.7  0.000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0135269  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6016  amino acid permease-associated region  25.71 
 
 		 463 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>