More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8635 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  52.33 
 
 
1495 aa  1314    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  50.07 
 
 
1508 aa  1259    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  54.23 
 
 
1528 aa  1392    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  49.22 
 
 
1528 aa  1288    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  37.38 
 
 
1197 aa  672    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  100 
 
 
1489 aa  3023    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  37.9 
 
 
1485 aa  648    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  38.4 
 
 
1259 aa  650    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  53.14 
 
 
1518 aa  1334    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  38.57 
 
 
1509 aa  629  1e-178  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  39.11 
 
 
1488 aa  607  9.999999999999999e-173  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  34.32 
 
 
2144 aa  454  1.0000000000000001e-126  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  30.78 
 
 
1517 aa  415  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  29.05 
 
 
1541 aa  400  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  29.05 
 
 
1541 aa  400  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  28.79 
 
 
1541 aa  398  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  29.05 
 
 
1381 aa  399  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  28.7 
 
 
1541 aa  399  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  29.05 
 
 
1541 aa  400  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  28.62 
 
 
1541 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.12 
 
 
1527 aa  394  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  28.97 
 
 
1189 aa  382  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  28.35 
 
 
1553 aa  379  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  30.23 
 
 
1487 aa  373  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  30.12 
 
 
1494 aa  370  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  30.12 
 
 
1494 aa  370  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  28.65 
 
 
1673 aa  361  5e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  30.28 
 
 
1495 aa  356  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  27.56 
 
 
1576 aa  352  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  28.52 
 
 
1679 aa  350  8e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  25.56 
 
 
1699 aa  350  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5394  hypothetical protein  60.56 
 
 
467 aa  347  1e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.145407 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  28.68 
 
 
1614 aa  347  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  29.17 
 
 
1586 aa  341  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  27.21 
 
 
1572 aa  341  8e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  29.39 
 
 
1595 aa  340  9e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  28.19 
 
 
1423 aa  337  7e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  26.3 
 
 
1639 aa  337  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  26.74 
 
 
1422 aa  330  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  27.13 
 
 
1611 aa  330  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.73 
 
 
1492 aa  329  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  28.01 
 
 
1475 aa  329  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  28.62 
 
 
1457 aa  328  5e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  26.63 
 
 
1466 aa  324  6e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  29.07 
 
 
1362 aa  323  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  26.82 
 
 
1586 aa  323  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  28.74 
 
 
1434 aa  320  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  26.82 
 
 
1437 aa  320  2e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  27.31 
 
 
1428 aa  318  3e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  26.36 
 
 
1447 aa  316  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  28.8 
 
 
1568 aa  315  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  27.49 
 
 
1520 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.62 
 
 
1547 aa  308  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  27.77 
 
 
1551 aa  305  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  27.84 
 
 
1505 aa  304  9e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  27.73 
 
 
1527 aa  303  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  27.67 
 
 
1550 aa  301  5e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.12 
 
 
1552 aa  292  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  27.08 
 
 
1531 aa  291  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  26.56 
 
 
1626 aa  290  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  28.6 
 
 
931 aa  290  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.86 
 
 
1543 aa  289  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  26.23 
 
 
1409 aa  288  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  27.99 
 
 
1616 aa  287  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 
1411 aa  286  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  26.68 
 
 
1560 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  26.1 
 
 
1386 aa  283  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  25.26 
 
 
1593 aa  280  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  26.67 
 
 
1348 aa  280  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  30.65 
 
 
924 aa  278  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  27.4 
 
 
1554 aa  277  9e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  27.3 
 
 
1446 aa  277  9e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  26.12 
 
 
1385 aa  275  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  26.13 
 
 
1539 aa  275  4.0000000000000004e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  26.35 
 
 
1539 aa  274  1e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  27.56 
 
 
1421 aa  273  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  25.89 
 
 
1400 aa  273  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  27.07 
 
 
1600 aa  273  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  26.05 
 
 
1379 aa  271  7e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  26.07 
 
 
1359 aa  262  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.49 
 
 
1609 aa  261  8e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  27.06 
 
 
1410 aa  259  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  25.89 
 
 
1573 aa  258  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  26.35 
 
 
1620 aa  254  7e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  25.31 
 
 
1368 aa  252  3e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  25.58 
 
 
2096 aa  249  3e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  25.6 
 
 
1418 aa  248  4.9999999999999997e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  26.87 
 
 
1149 aa  248  6e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  25.43 
 
 
1530 aa  247  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  27.54 
 
 
1319 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.66 
 
 
1600 aa  246  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  27.01 
 
 
3027 aa  244  7e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  26.25 
 
 
1428 aa  243  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  24.86 
 
 
1401 aa  242  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  25.59 
 
 
1429 aa  241  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  26.58 
 
 
1579 aa  239  3e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.66 
 
 
2035 aa  239  3e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  25.32 
 
 
1390 aa  239  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  25.68 
 
 
1411 aa  238  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  25.34 
 
 
1565 aa  238  5.0000000000000005e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>