More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8462 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 218 aa  420  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  48.15 
 
 		 227 aa  174  7e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  37.25 
 
 		 222 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  37.75 
 
 		 222 aa  131  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 213 aa  122  5e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  33.96 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 268 aa  114  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 206 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0931  GntR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 242 aa  112  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 229 aa  112  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 222 aa  111  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 214 aa  110  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  30.77 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0904  GntR domain protein  36.6 
 
 		 214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.277363  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  40.53 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  31.96 
 
 		 224 aa  109  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 223 aa  108  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 230 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 267 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1812  transcriptional regulator, GntR family  35.86 
 
 		 248 aa  108  9.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.515993  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 223 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 222 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  35.18 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 226 aa  106  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 226 aa  106  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 232 aa  105  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 230 aa  105  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 245 aa  105  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 226 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 223 aa  105  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 247 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 226 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  105  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 235 aa  105  7e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 233 aa  105  8e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2845  transcriptional regulator, GntR family  46.98 
 
 		 174 aa  104  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0599584  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  31.86 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 223 aa  102  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 		 223 aa  102  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2831  transcriptional regulator, GntR family  39.05 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.558529  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  39.34 
 
 		 232 aa  102  4e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  37.69 
 
 		 263 aa  99.8  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 230 aa  99  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  37.07 
 
 		 222 aa  98.6  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  38.42 
 
 		 223 aa  98.2  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  29.36 
 
 		 219 aa  98.6  7e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 221 aa  98.2  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  98.2  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 233 aa  97.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2490  transcriptional regulator, GntR family  37.7 
 
 		 240 aa  97.4  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 217 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5625  transcriptional regulator, GntR family  38.02 
 
 		 240 aa  95.9  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.489538  decreased coverage  0.00304331 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 233 aa  95.9  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  36.55 
 
 		 232 aa  95.9  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 213 aa  95.5  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 226 aa  95.5  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  36.55 
 
 		 228 aa  95.5  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  95.1  7e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 223 aa  95.1  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 256 aa  94.7  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 241 aa  94.4  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.57 
 
 		 224 aa  94.7  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 218 aa  93.6  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 262 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 262 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 229 aa  92.8  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 		 236 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 255 aa  92.4  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 258 aa  92.4  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 233 aa  92.4  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 222 aa  92.4  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  37.77 
 
 		 221 aa  92.4  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 255 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 220 aa  92  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>