More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6024 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
298 aa  585  1e-166  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
308 aa  210  2e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 
309 aa  202  5e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
333 aa  172  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  43.81 
 
 
308 aa  171  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 
296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 
316 aa  162  9e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
302 aa  161  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 
294 aa  159  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  39.59 
 
 
311 aa  154  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  37.36 
 
 
324 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 
298 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 
314 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 
287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
300 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 
308 aa  153  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 
315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  36.96 
 
 
312 aa  151  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 
304 aa  149  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
300 aa  144  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 
313 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
291 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  37.74 
 
 
301 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 
298 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
304 aa  136  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  38.65 
 
 
304 aa  135  9e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
292 aa  135  9e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 
328 aa  135  9e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  32.26 
 
 
327 aa  135  9e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 
300 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
312 aa  132  6e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  35.85 
 
 
301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
301 aa  130  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 
311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  34.11 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 
331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 
301 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8854  LysR family transcriptional regulator  47.25 
 
 
375 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
314 aa  124  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  38.17 
 
 
302 aa  123  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
313 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 
300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 
307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  34.55 
 
 
316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1309  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
302 aa  119  6e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
323 aa  118  9e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
323 aa  118  9e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
323 aa  118  9e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 
304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 
308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  30.87 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 
302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  33.72 
 
 
310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 
315 aa  115  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1352  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 
303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000043904 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
307 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
288 aa  112  5e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  34.94 
 
 
303 aa  112  7.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
296 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
309 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  30.72 
 
 
301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7868  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
296 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.365024 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 
295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
311 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 
306 aa  109  6e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 
327 aa  109  6e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 
310 aa  109  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
295 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
303 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
303 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
303 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 
311 aa  108  8.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  31.12 
 
 
303 aa  108  8.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 
315 aa  108  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 
288 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  32.11 
 
 
304 aa  107  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 
308 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
303 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 
300 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3090  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
283 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  32.67 
 
 
308 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2187  LysR substrate-binding protein  33.89 
 
 
309 aa  106  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 
300 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
300 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4505  transcriptional regulator, LysR family  37.78 
 
 
299 aa  105  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 
300 aa  105  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 
300 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  23.98 
 
 
300 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
307 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>