More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5248 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  100 
 
 		 495 aa  993    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  47.87 
 
 		 477 aa  426  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  45.87 
 
 		 831 aa  402  1e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  47.33 
 
 		 763 aa  402  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  45.07 
 
 		 759 aa  389  1e-107  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  48.24 
 
 		 815 aa  385  1e-105  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.44 
 
 		 797 aa  376  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  43.94 
 
 		 758 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  43.94 
 
 		 758 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  46.15 
 
 		 766 aa  366  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  43.94 
 
 		 758 aa  362  6e-99  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  44.04 
 
 		 852 aa  360  4e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  43.57 
 
 		 816 aa  338  9e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  42.3 
 
 		 845 aa  332  1e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.6 
 
 		 778 aa  318  1e-85  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  40.11 
 
 		 828 aa  313  3.9999999999999997e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  37.91 
 
 		 847 aa  312  1e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.74 
 
 		 858 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  43.01 
 
 		 436 aa  303  5.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.83 
 
 		 863 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  39.28 
 
 		 847 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  35.97 
 
 		 837 aa  281  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  34.74 
 
 		 833 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  38.04 
 
 		 822 aa  280  6e-74  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  35.11 
 
 		 833 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  35.11 
 
 		 833 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  37.27 
 
 		 871 aa  278  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  35.25 
 
 		 847 aa  276  5e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  36.06 
 
 		 851 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.04 
 
 		 877 aa  271  2e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.24 
 
 		 832 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.16 
 
 		 864 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  36.35 
 
 		 837 aa  266  7e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.16 
 
 		 871 aa  265  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  36.54 
 
 		 846 aa  263  4.999999999999999e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  35.44 
 
 		 847 aa  260  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  36.41 
 
 		 878 aa  259  5.0000000000000005e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  35.9 
 
 		 840 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  48.14 
 
 		 321 aa  258  1e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.22 
 
 		 872 aa  258  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.86 
 
 		 861 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  35.51 
 
 		 867 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  32.71 
 
 		 813 aa  253  5.000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.86 
 
 		 855 aa  253  7e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  33.57 
 
 		 534 aa  251  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.96 
 
 		 848 aa  248  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  32.96 
 
 		 818 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  33.33 
 
 		 834 aa  243  5e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  33.45 
 
 		 845 aa  242  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  37.08 
 
 		 868 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  37.27 
 
 		 868 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  31.49 
 
 		 815 aa  240  4e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  47.02 
 
 		 313 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.1 
 
 		 846 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.29 
 
 		 825 aa  233  6e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  34.29 
 
 		 825 aa  232  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  42.33 
 
 		 376 aa  220  5e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  33.96 
 
 		 896 aa  217  4e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  45.77 
 
 		 312 aa  217  5e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  39.22 
 
 		 608 aa  216  5.9999999999999996e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  41.67 
 
 		 316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  31.33 
 
 		 817 aa  213  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  42.25 
 
 		 684 aa  210  6e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  42.07 
 
 		 658 aa  209  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  40.18 
 
 		 329 aa  206  9e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  40.18 
 
 		 329 aa  206  9e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  41.61 
 
 		 882 aa  205  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  42.37 
 
 		 311 aa  205  2e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  42.55 
 
 		 683 aa  203  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  38.75 
 
 		 316 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  42.45 
 
 		 311 aa  202  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.82 
 
 		 896 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  40.69 
 
 		 358 aa  196  9e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  40.99 
 
 		 656 aa  196  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  40.66 
 
 		 853 aa  192  8e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  38.74 
 
 		 343 aa  189  9e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  38.05 
 
 		 646 aa  188  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.11 
 
 		 902 aa  188  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  37.58 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  38.62 
 
 		 644 aa  183  5.0000000000000004e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  39.56 
 
 		 901 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  36.17 
 
 		 343 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  37.58 
 
 		 320 aa  181  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  36.12 
 
 		 737 aa  180  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  38.44 
 
 		 939 aa  176  9e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  35.89 
 
 		 789 aa  174  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0596  ATP dependent DNA ligase  38.44 
 
 		 310 aa  174  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360914  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  36.15 
 
 		 603 aa  172  7.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  36.17 
 
 		 657 aa  170  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  35.26 
 
 		 866 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  37.21 
 
 		 936 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  37.21 
 
 		 936 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  37.62 
 
 		 658 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.13 
 
 		 954 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  37.97 
 
 		 927 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  33.63 
 
 		 940 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  35.01 
 
 		 895 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  32.45 
 
 		 856 aa  160  6e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 1001 aa  160  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.98 
 
 		 354 aa  159  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>