More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4368 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 
347 aa  685    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0201  transcriptional regulator, LacI family  53.31 
 
 
342 aa  322  7e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0642992 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  50.58 
 
 
381 aa  312  5.999999999999999e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2486  ribose operon repressor RbsR  55.02 
 
 
331 aa  311  7.999999999999999e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.008295 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4321  transcriptional regulator, LacI family  55.19 
 
 
348 aa  306  3e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794794  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1802  transcriptional regulator, LacI family  55.12 
 
 
339 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.328257 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1087  transcriptional regulator, LacI family  49.57 
 
 
350 aa  290  2e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.978331 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1871  transcriptional regulator, LacI family  52.85 
 
 
333 aa  288  1e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1926  transcriptional regulator, LacI family  51.19 
 
 
344 aa  286  4e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0892  transcriptional regulator, LacI family  52.42 
 
 
348 aa  285  5.999999999999999e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.774645  normal  0.081922 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2877  transcriptional regulator, LacI family  47.62 
 
 
372 aa  271  2e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0137169 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0775  Alanine racemase  52.42 
 
 
341 aa  268  1e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.212824  hitchhiker  0.00169568 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03100  transcriptional regulator, LacI family  48.96 
 
 
345 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0219145  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07020  transcriptional regulator, LacI family  48.35 
 
 
345 aa  262  6e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.851743  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29310  transcriptional regulator  44.67 
 
 
357 aa  252  7e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0385  transcriptional regulator, LacI family  44.24 
 
 
334 aa  243  3e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  46.73 
 
 
465 aa  243  3.9999999999999997e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0508  transcriptional regulator, LacI family  42.99 
 
 
347 aa  240  2.9999999999999997e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.339758  normal  0.020506 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1545  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  41.54 
 
 
352 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0174364  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29360  transcriptional regulator  42.32 
 
 
359 aa  238  1e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0925  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  41.27 
 
 
337 aa  238  2e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.197996  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1038  Alanine racemase  46.11 
 
 
351 aa  236  4e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.255953  normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3896  transcriptional regulator, LacI family  45.24 
 
 
341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.469202 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3167  transcriptional regulator, LacI family  47.12 
 
 
357 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0967324 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1300  RbsR family transcriptional regulator/Ribose operon repressor  39.7 
 
 
342 aa  232  6e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0408  transcriptional regulator, LacI family  43.77 
 
 
335 aa  232  8.000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2262  transcriptional regulator, LacI family  45.92 
 
 
336 aa  228  1e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.638644  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0014  transcriptional regulator, LacI family  45.29 
 
 
344 aa  227  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1520  transcriptional regulator, LacI family  42.42 
 
 
338 aa  224  2e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0658956  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0228  LacI family transcription regulator  42.34 
 
 
334 aa  209  7e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3529  transcriptional regulator, LacI family  40.96 
 
 
333 aa  209  7e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02810  transcriptional regulator  40.66 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.34 
 
 
335 aa  199  7e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.85 
 
 
330 aa  197  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3173  transcriptional regulator, LacI family  43.19 
 
 
342 aa  194  2e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.579609 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1754  transcriptional regulator, LacI family  43.37 
 
 
344 aa  191  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000321603 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0056  transcriptional regulator, LacI family  39.82 
 
 
335 aa  191  2e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.650576  normal  0.249866 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  37.58 
 
 
337 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  37.8 
 
 
335 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3568  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.31 
 
 
349 aa  189  7e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0159805 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11680  transcriptional regulator  40.6 
 
 
336 aa  187  2e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07780  transcriptional regulator  46.6 
 
 
339 aa  186  3e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.8 
 
 
335 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  40.79 
 
 
353 aa  186  5e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  39.66 
 
 
353 aa  186  7e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  33.04 
 
 
333 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  37.06 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  40.97 
 
 
333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2783  transcriptional regulator, LacI family  37.58 
 
 
332 aa  183  3e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.990629  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  34.64 
 
 
331 aa  184  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 
348 aa  183  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1338  LacI family response repressor  37.57 
 
 
340 aa  184  3e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  35.44 
 
 
338 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  41.42 
 
 
342 aa  182  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  34.94 
 
 
328 aa  182  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  38.28 
 
 
359 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 
346 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40 
 
 
335 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.91 
 
 
335 aa  182  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 
346 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  38.82 
 
 
344 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.5 
 
 
347 aa  180  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  34.59 
 
 
341 aa  179  7e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  41.8 
 
 
357 aa  179  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.2 
 
 
347 aa  179  8e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  36.09 
 
 
340 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  36.25 
 
 
334 aa  178  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.29 
 
 
342 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.29 
 
 
342 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  37.24 
 
 
338 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  38.53 
 
 
323 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4388  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 
329 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4475  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 
329 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4769  LacI family transcription regulator  39.88 
 
 
329 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  36.77 
 
 
337 aa  177  3e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  38.58 
 
 
338 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 
337 aa  176  5e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  36.64 
 
 
339 aa  176  6e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  37.61 
 
 
368 aa  176  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.35 
 
 
333 aa  175  9e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  36.07 
 
 
352 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  37.35 
 
 
338 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.35 
 
 
333 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6195  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.83 
 
 
337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193526  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  41.12 
 
 
344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.72 
 
 
342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.73 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  35.61 
 
 
340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.71 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2290  transcriptional regulator, LacI family  38.6 
 
 
344 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.950174  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 
332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.31 
 
 
342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.02 
 
 
333 aa  174  2.9999999999999996e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.42 
 
 
356 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2584  Alanine racemase  42.11 
 
 
376 aa  173  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 
347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 
352 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  36.04 
 
 
340 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>