More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_3954 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 183 aa  360  5.0000000000000005e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 224 aa  89.4  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  35.17 
 
 		 222 aa  85.5  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 229 aa  81.3  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  34.25 
 
 		 222 aa  77.8  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 218 aa  77.8  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  35.17 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  33.99 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  38.4 
 
 		 259 aa  75.9  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  33.1 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 228 aa  74.7  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 268 aa  74.3  0.0000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2420  regulatory protein TetR  33.69 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000385349  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  36.43 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 259 aa  72  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 173 aa  69.7  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 263 aa  68.9  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 255 aa  68.2  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1037  TetR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 226 aa  67.8  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.97893  normal  0.250899 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1167  regulatory protein, TetR  32.3 
 
 		 227 aa  68.2  0.00000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  37.09 
 
 		 237 aa  67  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 		 249 aa  67  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 235 aa  67  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2719  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 227 aa  67  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4845  putative transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 230 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 218 aa  65.1  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  35.53 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0631  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0181  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0664  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 225 aa  64.3  0.0000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  35.43 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3750  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 271 aa  62.8  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 211 aa  62  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5425  putative transcriptional regulator, TetR family  41.11 
 
 		 272 aa  61.6  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0559  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 215 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 238 aa  61.2  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0585  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 215 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.581317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  31.72 
 
 		 223 aa  61.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  31.32 
 
 		 228 aa  59.3  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3273  Tetracyclin repressor domain protein  31.08 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.120229  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0801  transcriptional regulator, TetR family  40.45 
 
 		 226 aa  58.5  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 263 aa  58.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3270  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 225 aa  58.2  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8331  normal  0.0947304 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 246 aa  57.8  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 272 aa  57.8  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6425  putative transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00857124 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 239 aa  57  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 220 aa  57  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3985  hypothetical protein  27.03 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4082  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 343 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.63573 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10210  transcriptional regulator  23.45 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.0650558 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1602  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0331088  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  30.07 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3552  regulatory protein TetR  32.63 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0775  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 185 aa  57  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00421215  hitchhiker  0.000834873 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4446  hypothetical protein  29.29 
 
 		 229 aa  57  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5556  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  34.4 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3109  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0137482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  35.21 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  29.73 
 
 		 249 aa  55.5  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 		 343 aa  55.1  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4960  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0493125  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  39.08 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  39.08 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  39.08 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4066  putative transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 253 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.546263  normal  0.272387 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  32.85 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  36.89 
 
 		 293 aa  55.1  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>