More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_3653 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_3653  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 234 aa  465  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.885436  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0667  transcriptional regulator, MerR family  44.96 
 
 		 249 aa  185  6e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201436  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0420  transcriptional regulator, MerR family  36.65 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14720  predicted transcriptional regulator  43.08 
 
 		 148 aa  103  3e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.590627  normal  0.772199 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  40.28 
 
 		 137 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 137 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2399  transcriptional regulator, MerR family  47.06 
 
 		 132 aa  85.9  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000424023  normal  0.796089 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 137 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 141 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  41.91 
 
 		 135 aa  82.8  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.33 
 
 		 132 aa  82  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  36.69 
 
 		 132 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 138 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 146 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 143 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2008  transcriptional regulator, MerR family  45.74 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.505788  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.21 
 
 		 142 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  43.96 
 
 		 150 aa  77.8  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  44 
 
 		 155 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  45.45 
 
 		 129 aa  77.8  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 140 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  48.89 
 
 		 133 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  35.97 
 
 		 133 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.6 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.6 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  46.79 
 
 		 129 aa  77  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.85 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  38.06 
 
 		 147 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 139 aa  76.3  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 147 aa  75.1  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.55 
 
 		 144 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4536  transcriptional regulator, MerR family  41.26 
 
 		 146 aa  75.1  0.0000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228678  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  35.34 
 
 		 137 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  41.07 
 
 		 135 aa  74.3  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 149 aa  74.3  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 136 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 136 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  32.85 
 
 		 132 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 131 aa  73.9  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 136 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  42.61 
 
 		 140 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  39.29 
 
 		 153 aa  73.6  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  41.13 
 
 		 138 aa  73.6  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  46.67 
 
 		 155 aa  73.2  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 136 aa  73.6  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  36.69 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  38.35 
 
 		 159 aa  73.6  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 136 aa  73.6  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  46.07 
 
 		 132 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.28 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2868  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000311414  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35820  predicted transcriptional regulator  45.79 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  39.58 
 
 		 138 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 134 aa  73.2  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  38.33 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  39.66 
 
 		 135 aa  72  0.000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  44.94 
 
 		 132 aa  72  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 149 aa  72  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  43.12 
 
 		 171 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  43.12 
 
 		 176 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.92 
 
 		 138 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 129 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2155  transcriptional regulator, MerR family  39.09 
 
 		 167 aa  71.2  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000155365  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  43.12 
 
 		 171 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 145 aa  71.6  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  43.12 
 
 		 176 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  32.82 
 
 		 132 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 137 aa  70.5  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1955  MerR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 128 aa  70.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  37.8 
 
 		 158 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  40 
 
 		 171 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 157 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  43.12 
 
 		 157 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4673  transcriptional regulator, MerR family  38.6 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156077  normal  0.0201833 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4950  regulatory protein, MerR  39.29 
 
 		 146 aa  70.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0034872 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  41.28 
 
 		 132 aa  70.5  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4834  transcriptional regulator, MerR family  38.97 
 
 		 144 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.95 
 
 		 138 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  35.14 
 
 		 151 aa  70.1  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.95 
 
 		 138 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  41.94 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0115  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  38.98 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.889131  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1494  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  46.97 
 
 		 165 aa  69.7  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.95 
 
 		 138 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  46.39 
 
 		 173 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.95 
 
 		 138 aa  70.1  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  42.11 
 
 		 156 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>