163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2952 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  100 
 
 		 274 aa  545  1e-154  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  52.36 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  50.39 
 
 		 286 aa  237  1e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  46.72 
 
 		 344 aa  230  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  46.07 
 
 		 330 aa  229  3e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  46.52 
 
 		 344 aa  226  2e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  44.03 
 
 		 343 aa  223  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  45.25 
 
 		 318 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  45.04 
 
 		 317 aa  224  2e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  43.13 
 
 		 331 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  45.25 
 
 		 293 aa  217  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  43.31 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  47.13 
 
 		 396 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  43.23 
 
 		 273 aa  209  5e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  41.42 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  41.76 
 
 		 328 aa  203  2e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  43.21 
 
 		 332 aa  199  3e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  41.44 
 
 		 315 aa  199  6e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  41.44 
 
 		 315 aa  199  6e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  41.44 
 
 		 315 aa  199  6e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4108  Ku family containing protein  42.46 
 
 		 391 aa  197  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  39.85 
 
 		 273 aa  194  1e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2229  Ku protein  41.95 
 
 		 274 aa  193  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19810  DNA end-binding protein Ku  39.34 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.163829  hitchhiker  0.00299301 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1489  DNA end-binding protein Ku  41.04 
 
 		 277 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  39.85 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  41.42 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2813  Ku protein  39.84 
 
 		 284 aa  186  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  37.89 
 
 		 276 aa  181  8.000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0521  Ku protein  37.31 
 
 		 393 aa  181  1e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  38.83 
 
 		 278 aa  180  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07100  DNA end-binding protein Ku  37.64 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0295  DNA end-binding protein Ku  38.43 
 
 		 346 aa  179  4e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  36.82 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  38.08 
 
 		 280 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  37.36 
 
 		 312 aa  175  6e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03400  Ku family containing protein  35.29 
 
 		 273 aa  172  5.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  39.61 
 
 		 316 aa  170  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3417  Ku domain containing protein  35.69 
 
 		 286 aa  168  8e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.925538  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  34.75 
 
 		 259 aa  167  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  38.08 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  33.82 
 
 		 283 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  33.33 
 
 		 290 aa  163  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  34.81 
 
 		 264 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1728  Ku protein  34.66 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.738787  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  37.67 
 
 		 284 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  35.6 
 
 		 285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  35.25 
 
 		 274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  34.38 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  31.76 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  33.59 
 
 		 259 aa  150  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  35.8 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  36.22 
 
 		 307 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  34.51 
 
 		 301 aa  143  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  33.57 
 
 		 347 aa  142  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  33.57 
 
 		 347 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  34.33 
 
 		 296 aa  138  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0771  hypothetical protein  29.04 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.437785  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0808  hypothetical protein  29.04 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.813427  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  35.97 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  34.63 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  29.41 
 
 		 259 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0904  Ku protein  29.04 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42744e-43 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0900  hypothetical protein  29.67 
 
 		 270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.116189  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0706  hypothetical protein  29.04 
 
 		 270 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00186853  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0972  Ku protein  29.3 
 
 		 270 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000223662  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  33.91 
 
 		 296 aa  135  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4474  Ku protein  29.45 
 
 		 270 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.232277 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0719  hypothetical protein  28.68 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0188133  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0862  Ku protein  28.94 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2246  Ku protein  35.07 
 
 		 340 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.362635 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  31.15 
 
 		 273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  32.26 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  31.79 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  32.84 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5082  Ku  33.7 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  30.47 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  30.47 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  31.71 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  28.63 
 
 		 254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  30.74 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  30.66 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  30.98 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  27.86 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  30.22 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  27.86 
 
 		 274 aa  124  1e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  29.62 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  32.09 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  30.07 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1599  Ku protein  31.13 
 
 		 274 aa  123  3e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000232487 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  29.89 
 
 		 335 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  31.56 
 
 		 333 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  29.89 
 
 		 335 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  30.39 
 
 		 295 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  31.36 
 
 		 328 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  29.93 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  32.62 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  28.26 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  30.97 
 
 		 367 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  30.97 
 
 		 368 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>