More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2067 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  597  1e-170  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 313 aa  250  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  50.54 
 
 		 300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  49.5 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  43.19 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 314 aa  215  7e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 306 aa  212  7e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 		 297 aa  209  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  41.97 
 
 		 317 aa  195  6e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  41.96 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 323 aa  192  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 323 aa  186  5e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 328 aa  178  8e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  36.43 
 
 		 321 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 278 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 339 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 325 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  30.74 
 
 		 347 aa  149  5e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.69 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  36.08 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 432 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 321 aa  136  5e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  29.59 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.67 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.31 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.29 
 
 		 327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  29.24 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 333 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 329 aa  132  9e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 439 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.17 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>