More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0540 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 291 aa  572  1.0000000000000001e-162  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  56.48 
 
 		 328 aa  325  5e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  52.46 
 
 		 287 aa  253  2.0000000000000002e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  41.89 
 
 		 316 aa  177  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 333 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  36.95 
 
 		 312 aa  169  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 319 aa  166  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 311 aa  159  6e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 315 aa  157  1e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  39.3 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 308 aa  155  8e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 338 aa  152  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 324 aa  152  8.999999999999999e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3886  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  41.27 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 311 aa  145  8.000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 312 aa  142  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 309 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 307 aa  138  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 315 aa  137  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 339 aa  136  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  37.75 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 305 aa  135  5e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2254  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1853  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 		 350 aa  132  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.54026 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  35.02 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2544  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0984343  normal  0.803064 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1193  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00073439 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  35.57 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  34.81 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3401  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.185395  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1621  transcriptional regulator, MarR family  34.56 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00140821  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17190  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00132066  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4403  LysR substrate-binding protein  29.47 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0208  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5452  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2822  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.438739  normal  0.714096 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2541  ArsR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.204275  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2616  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000734486  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4270  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  32.93 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>