More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0327 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
339 aa  661    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  61.08 
 
 
337 aa  390  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.52 
 
 
333 aa  251  1e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  44.31 
 
 
318 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.9 
 
 
324 aa  186  5e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  37.24 
 
 
316 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.83 
 
 
317 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.04 
 
 
327 aa  158  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.65 
 
 
321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  37.58 
 
 
323 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.93 
 
 
319 aa  150  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  37.88 
 
 
323 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.52 
 
 
317 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.84 
 
 
319 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  33.43 
 
 
332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  37.78 
 
 
317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.78 
 
 
317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.58 
 
 
327 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.53 
 
 
320 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.18 
 
 
324 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.4 
 
 
313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.92 
 
 
334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.45 
 
 
317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  31.83 
 
 
318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.55 
 
 
324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
360 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.89 
 
 
317 aa  126  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
317 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.23 
 
 
322 aa  124  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
332 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
316 aa  122  7e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.38 
 
 
320 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.86 
 
 
335 aa  122  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.82 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.41 
 
 
327 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
318 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.34 
 
 
318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
322 aa  119  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
333 aa  119  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.97 
 
 
337 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.2 
 
 
339 aa  117  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.76 
 
 
318 aa  116  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.61 
 
 
332 aa  116  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.54 
 
 
325 aa  114  3e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.99 
 
 
317 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.25 
 
 
336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.24 
 
 
329 aa  110  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.79 
 
 
320 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.93 
 
 
321 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.02 
 
 
334 aa  107  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.69 
 
 
320 aa  106  7e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  30.15 
 
 
333 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  34.39 
 
 
238 aa  102  7e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.36 
 
 
339 aa  102  9e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.44 
 
 
324 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.65 
 
 
326 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.91 
 
 
320 aa  98.2  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3488  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.88 
 
 
265 aa  97.1  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.483454 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.61 
 
 
335 aa  95.5  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.67 
 
 
334 aa  94.7  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.76 
 
 
314 aa  93.6  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.54 
 
 
325 aa  93.2  6e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
337 aa  92.4  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.52 
 
 
322 aa  89.7  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.44 
 
 
317 aa  88.6  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.49 
 
 
316 aa  87  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  28.31 
 
 
313 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.68 
 
 
324 aa  84.3  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.36 
 
 
336 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  27.52 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  27.98 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4003  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.68 
 
 
221 aa  83.2  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.33 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.44 
 
 
325 aa  82.4  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  23.15 
 
 
317 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.97 
 
 
230 aa  82.4  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.15 
 
 
317 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  33.02 
 
 
327 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.5 
 
 
235 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.06 
 
 
313 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  31.06 
 
 
229 aa  81.6  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  21.07 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  21.07 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.61 
 
 
328 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  32.37 
 
 
327 aa  81.3  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.18 
 
 
221 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0823  hypothetical protein  25 
 
 
251 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  30.99 
 
 
228 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.78 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 
240 aa  80.1  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
314 aa  80.1  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  20.88 
 
 
317 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.87 
 
 
327 aa  79.3  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  30.86 
 
 
326 aa  79  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.79 
 
 
328 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.31 
 
 
237 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  22.17 
 
 
317 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>