More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0044 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  100 
 
 
356 aa  717    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  43.32 
 
 
287 aa  216  5e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  43.23 
 
 
284 aa  202  6e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  41.52 
 
 
289 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  41.16 
 
 
289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  41.16 
 
 
289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  35.57 
 
 
359 aa  196  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  41.5 
 
 
302 aa  196  7e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  42.5 
 
 
306 aa  195  9e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  43.88 
 
 
303 aa  191  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  44.24 
 
 
303 aa  191  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  39.58 
 
 
291 aa  189  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  40.75 
 
 
290 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  40.6 
 
 
286 aa  186  4e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  41.15 
 
 
279 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  39.08 
 
 
306 aa  178  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  39.16 
 
 
298 aa  167  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  40 
 
 
292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  38.2 
 
 
275 aa  160  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  35.46 
 
 
286 aa  157  4e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  38.46 
 
 
381 aa  155  9e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  40 
 
 
317 aa  152  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  33.85 
 
 
303 aa  145  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  34.98 
 
 
292 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  37.37 
 
 
336 aa  144  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  34.04 
 
 
315 aa  144  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  32.6 
 
 
292 aa  139  8.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  38.08 
 
 
298 aa  136  5e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  34.22 
 
 
293 aa  136  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  37.79 
 
 
278 aa  131  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  34.35 
 
 
282 aa  130  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  35.89 
 
 
274 aa  123  5e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  32.25 
 
 
306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  38.14 
 
 
327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  31.25 
 
 
305 aa  110  5e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  29.33 
 
 
313 aa  108  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  41.1 
 
 
486 aa  106  8e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  31.2 
 
 
519 aa  103  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  33.22 
 
 
286 aa  99.8  7e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  33.7 
 
 
227 aa  99  1e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  39.72 
 
 
487 aa  96.7  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  39.72 
 
 
487 aa  96.7  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  33.5 
 
 
342 aa  96.7  5e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  33.5 
 
 
342 aa  95.1  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  32.19 
 
 
236 aa  88.2  2e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  38.13 
 
 
386 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  32.74 
 
 
238 aa  88.2  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  31.98 
 
 
228 aa  86.7  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  35.19 
 
 
541 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  36.96 
 
 
554 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  39.72 
 
 
365 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  28.17 
 
 
511 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  37.96 
 
 
523 aa  84  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  45.79 
 
 
209 aa  84.3  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  31.5 
 
 
267 aa  83.6  0.000000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  29.95 
 
 
396 aa  83.6  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  34.39 
 
 
248 aa  82.4  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  30.91 
 
 
362 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0786  rhomboid family protein  34.46 
 
 
172 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.169699  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1083  rhomboid family protein  35.62 
 
 
172 aa  80.9  0.00000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.400512  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  36.43 
 
 
226 aa  80.5  0.00000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  37.41 
 
 
268 aa  80.1  0.00000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  36.81 
 
 
283 aa  80.5  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  29.06 
 
 
231 aa  80.1  0.00000000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  42.2 
 
 
547 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  31.65 
 
 
356 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1021  rhomboid family protein  34.25 
 
 
172 aa  79.7  0.00000000000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0537483  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  42.2 
 
 
541 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  37.04 
 
 
201 aa  79.3  0.00000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  28.8 
 
 
515 aa  79.3  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  32.86 
 
 
223 aa  78.6  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  31.25 
 
 
240 aa  79  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  30.88 
 
 
360 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  30.88 
 
 
360 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  33.54 
 
 
232 aa  78.6  0.0000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0235  rhomboid family protein  34.81 
 
 
190 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  35.37 
 
 
389 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0249  rhomboid family protein  34.81 
 
 
190 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0221  rhomboid-like protein  34.07 
 
 
190 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  33.57 
 
 
219 aa  77.4  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  37.76 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0260  rhomboid family protein  34.07 
 
 
190 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  31.08 
 
 
360 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  32.53 
 
 
231 aa  76.6  0.0000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  34.46 
 
 
237 aa  76.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  31.75 
 
 
569 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0223  rhomboid-like protein  34.07 
 
 
190 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  32 
 
 
579 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  38.89 
 
 
234 aa  75.5  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  33.57 
 
 
235 aa  75.1  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  33.57 
 
 
235 aa  75.1  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  34.93 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  33.1 
 
 
358 aa  74.3  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  33.93 
 
 
234 aa  74.3  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  40.2 
 
 
489 aa  74.3  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1090  rhomboid family protein  36.91 
 
 
184 aa  73.9  0.000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  32.89 
 
 
205 aa  73.9  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  32.86 
 
 
225 aa  73.9  0.000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  30.37 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  38.71 
 
 
224 aa  73.6  0.000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>