More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_5053 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_5053  ribosomal protein L34  100 
 
 		 44 aa  84.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.43123  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4017  50S ribosomal protein L34  88.64 
 
 		 44 aa  76.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00224916  normal  0.155192 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4618  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 		 46 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0184645  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3898  50S ribosomal protein L34  88.64 
 
 		 44 aa  75.5  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.035137  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  88.64 
 
 		 44 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0031  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 46 aa  75.1  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal  0.196138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4487  ribosomal protein L34  88.64 
 
 		 44 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000849089  hitchhiker  0.00000000110171 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4038  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 46 aa  74.7  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.34188  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135a  50S ribosomal protein L34  86.36 
 
 		 44 aa  74.3  0.0000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000390368  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  88.37 
 
 		 44 aa  73.6  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002013  LSU ribosomal protein L34p  88.37 
 
 		 44 aa  73.6  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000014236  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2884  50S ribosomal protein L34  86.05 
 
 		 44 aa  73.6  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715219  normal  0.406653 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2147  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  72  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  2.00251e-17  unclonable  0.00000111229 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0001  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  72  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000283755  hitchhiker  0.00000000552795 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0002  50S ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  72  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000727123  unclonable  0.0000468434 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3608  ribosomal protein L34  81.82 
 
 		 44 aa  71.6  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  79.55 
 
 		 44 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0009  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0005  50S ribosomal protein L34  86.05 
 
 		 44 aa  71.2  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000814875  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0002  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5615  ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5137  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52480  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  70.9  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2199  ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 44 aa  69.3  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000155667  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0204  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  68.2  0.00000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0036  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.398714 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0035  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 44 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.766539  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2512  50S ribosomal protein L34  83.33 
 
 		 45 aa  67  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197783  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3321  50S ribosomal protein L34P  79.07 
 
 		 44 aa  67  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2119  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  65.5  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  76.74 
 
 		 44 aa  65.1  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3505  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 44 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0561624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0097  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0082  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.376077 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  64.3  0.0000000006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4204  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000294632  decreased coverage  0.00182284 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4045  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 46 aa  63.9  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486459 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0374  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  63.5  0.0000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1923  ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360923  normal  0.510099 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0357  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.145521  normal  0.0448083 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2950  ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000318423  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2414  ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 44 aa  63.2  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00945499  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12828  hypothetical protein  72.73 
 
 		 52 aa  62  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2632  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.150747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2353  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2310  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 44 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.093766 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0081  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  62  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2088  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  62  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.149936  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1787  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  62  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0214193  normal  0.25456 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3921  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 55 aa  62  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.250811  normal  0.369762 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3626  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 49 aa  61.6  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.118828  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3463  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00766604  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1568  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 47 aa  61.2  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0660974  normal  0.976418 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2138  ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3760  50S ribosomal protein L34P  76.19 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0279  ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 52 aa  61.2  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000148872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4432  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 49 aa  61.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0092  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1046  ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  61.2  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0456047  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 44 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3336  50S ribosomal protein L34P  72.73 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.754449  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3318  50S ribosomal protein L34  90.91 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3760  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0001  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.549372  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3461  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  60.5  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2524  ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 53 aa  60.1  0.000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.480913  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3034  ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  60.1  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.3489  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1793  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0000343039  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1021  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  60.1  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.797032  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2334  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0962  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 44 aa  60.1  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1543  ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 52 aa  59.7  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.185024 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2338  50S ribosomal protein L34  72.09 
 
 		 53 aa  59.3  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.13668 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0333  50S ribosomal protein L34  72.73 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1363  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  58.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0096  50S ribosomal protein L34  70.45 
 
 		 52 aa  59.3  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605951 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4263  ribosomal protein L34  87.1 
 
 		 46 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0238859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0104  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3400  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.812666  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2238  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4231  50S ribosomal protein L34  87.1 
 
 		 46 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00039981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3238  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.303962  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0090  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4292  50S ribosomal protein L34  87.1 
 
 		 46 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00044524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4908  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4463  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.404373  normal  0.0831526 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3916  50S ribosomal protein L34  87.1 
 
 		 46 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000106535  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3157  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000107148 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4070  50S ribosomal protein L34  87.1 
 
 		 46 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00184884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3989  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3166  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.667322  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0551  50S ribosomal protein L34  68.18 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3184  50S ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278531 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4249  50S ribosomal protein L34  87.1 
 
 		 46 aa  58.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000856775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>