79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_5012 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_5012  putative polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 
499 aa  991  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1791  polysaccharide biosynthesis protein  23.59 
 
 
504 aa  110  4e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3093  O-antigen and teichoic acid-like export protein  24 
 
 
507 aa  102  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.116162  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2211  polysaccharide biosynthesis protein  22.15 
 
 
494 aa  98.6  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.167884  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3669  polysaccharide biosynthesis protein  24.2 
 
 
501 aa  94  6e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.77196  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0678  polysaccharide biosynthesis protein  23.24 
 
 
499 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1637  polysaccharide biosynthesis protein  20.2 
 
 
504 aa  90.9  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0962  virulence factor MviN family protein  25.11 
 
 
511 aa  87.8  4e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3060  polysaccharide biosynthesis protein  22.44 
 
 
489 aa  85.5  2e-15  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.329641  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0827  polysaccharide biosynthesis protein  22.98 
 
 
522 aa  77.8  4e-13  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.769454  normal  0.213046 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0954  polysaccharide biosynthesis protein  22.86 
 
 
514 aa  76.3  1e-12  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.861474  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0694  polysaccharide biosynthesis family protein  23.78 
 
 
488 aa  71.6  3e-11  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.731179  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3556  polysaccharide biosynthesis protein  23.85 
 
 
488 aa  71.2  4e-11  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.225239  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0753  polysaccharide biosynthesis family protein  23.5 
 
 
488 aa  71.2  4e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1706  polysaccharide biosynthesis family protein  23.5 
 
 
488 aa  71.2  4e-11  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.974383  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3973  polysaccharide biosynthesis protein  23.85 
 
 
488 aa  70.5  7e-11  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4394  polysaccharide biosynthesis protein  23.85 
 
 
488 aa  70.5  7e-11  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.681509  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2649  polysaccharide biosynthesis protein  23.47 
 
 
485 aa  70.1  9e-11  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.251579  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1969  polysaccharide biosynthesis protein  24 
 
 
488 aa  69.3  1e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2428  polysaccharide biosynthesis protein  23.19 
 
 
484 aa  68.2  3e-10  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2229  polysaccharide transporter  24 
 
 
488 aa  68.6  3e-10  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0925528 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1814  polysaccharide biosynthesis protein  23.28 
 
 
468 aa  68.2  3e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2289  polysaccharide biosynthesis protein  23.19 
 
 
484 aa  68.2  3e-10  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3866  polysaccharide biosynthesis protein  24.14 
 
 
488 aa  68.2  4e-10  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.377761  normal  0.957657 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2567  heteropolysaccharide repeat-containing protein  22.76 
 
 
517 aa  67.4  6e-10  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.09409  normal  0.0273385 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1873  polysaccharide biosynthesis family protein  23.19 
 
 
484 aa  67  7e-10  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1665  polysaccharide biosynthesis family protein  23.19 
 
 
484 aa  67  7e-10  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.702931  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0545  polysaccharide biosynthesis family protein  23.19 
 
 
484 aa  67  7e-10  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3362  polysaccharide biosynthesis protein  24.14 
 
 
488 aa  67  8e-10  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2112  polysaccharide biosynthesis protein  23.56 
 
 
498 aa  66.2  1e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1803  O-antigen and teichoic acid export protein  20.62 
 
 
506 aa  65.5  2e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4609  polysaccharide biosynthesis protein  22.77 
 
 
488 aa  65.1  3e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.286147  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2555  polysaccharide biosynthesis protein  21.7 
 
 
513 aa  64.7  3e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0958  polysaccharide biosynthesis protein  21.72 
 
 
517 aa  65.1  3e-09  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.393592  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0361  polysaccharide biosynthesis protein  22.78 
 
 
519 aa  63.9  7e-09  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.602182  normal  0.0588594 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1073  polysaccharide biosynthesis protein  22.73 
 
 
492 aa  60.5  6e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.610845 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2367  membrane protein for polysaccharide transport  22.63 
 
 
507 aa  59.3  2e-07  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0438  transporter of NadC family protein  21.52 
 
 
516 aa  56.2  1e-06  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0809046  normal  0.0220844 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3122  polysaccharide biosynthesis protein  24.83 
 
 
490 aa  53.5  8e-06  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3796  polysaccharide biosynthesis protein  23.12 
 
 
478 aa  52.8  1e-05  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1069  polysaccharide biosynthesis protein  27.6 
 
 
512 aa  53.1  1e-05  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.544527 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4598  polysaccharide biosynthesis protein  21.45 
 
 
448 aa  52.8  1e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0894  hypothetical protein  20.45 
 
 
522 aa  52.4  2e-05  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  4.63989e-06  hitchhiker  1.86641e-06 
 
 
-
 
NC_007349  Mbar_B3744  hypothetical protein  20.71 
 
 
525 aa  51.6  3e-05  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.788366 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3931  polysaccharide biosynthesis protein  21.9 
 
 
514 aa  51.6  4e-05  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.849144  normal  0.0165624 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0414  polysaccharide biosynthesis protein  25.72 
 
 
500 aa  50.8  5e-05  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.37906  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2844  polysaccharide biosynthesis protein  21.65 
 
 
457 aa  50.4  8e-05  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1123  transporter  22.27 
 
 
488 aa  49.7  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1424  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 
444 aa  49.7  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2028  polysaccharide biosynthesis protein  22.79 
 
 
423 aa  49.7  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.134656  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3487  polysaccharide biosynthesis protein  24.82 
 
 
424 aa  49.7  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0265796 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0636  putative flippase  21.31 
 
 
520 aa  48.9  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.765115 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13078  putative flippase  23.24 
 
 
508 aa  48.9  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.402163  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0889  polysaccharide biosynthesis protein  22.45 
 
 
586 aa  48.9  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1968  polysaccharide biosynthesis protein  26.23 
 
 
477 aa  48.9  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.901691  hitchhiker  1.36517e-07 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  20.67 
 
 
476 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.39542e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0621  polysaccharide biosynthesis protein  28.45 
 
 
475 aa  48.5  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.914686  normal  0.0318754 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0076  polysaccharide biosynthesis protein  21.35 
 
 
499 aa  48.5  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.160586  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0079  polysaccharide biosynthesis protein  21.35 
 
 
499 aa  48.5  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.75242  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1422  hypothetical protein  23 
 
 
490 aa  47.8  0.0004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.379895  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  22.75 
 
 
493 aa  47.4  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1387  polysaccharide biosynthesis protein  20.32 
 
 
504 aa  47  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2007  polysaccharide biosynthesis protein  22.91 
 
 
442 aa  47  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1820  polysaccharide biosynthesis protein  21.4 
 
 
586 aa  46.6  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.120135  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3797  polysaccharide biosynthesis protein  24 
 
 
461 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.683173  normal  0.302663 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1008  polysaccharide biosynthesis protein  22.11 
 
 
583 aa  46.6  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.314622  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5386  polysaccharide transport protein, putative  24.89 
 
 
508 aa  45.8  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1104  polysaccharide biosynthesis protein  22.51 
 
 
429 aa  45.4  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2969  O-antigen and teichoic acid-like export protein  26.94 
 
 
449 aa  45.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369206  normal  0.787883 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2896  polysaccharide biosynthesis protein  23.33 
 
 
482 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0234  lipopolysaccharide O-side chain biosynthesis protein (O-antigen transpoter)  22.79 
 
 
476 aa  45.1  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00421263  normal  0.454805 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3391  polysaccharide biosynthesis protein  30 
 
 
512 aa  44.3  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.273655  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2629  polysaccharide biosynthesis protein  25.19 
 
 
504 aa  44.3  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0929  polysaccharide biosynthesis protein  25.93 
 
 
489 aa  44.3  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2518  polysaccharide exporter, (PST) family  20.63 
 
 
486 aa  43.9  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0230734 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1271  polysaccharide biosynthesis protein  21.81 
 
 
429 aa  44.3  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.958308  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0750  polysaccharide biosynthesis protein  24.64 
 
 
468 aa  43.5  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1369  polysaccharide biosynthesis protein  23.36 
 
 
416 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.52788  normal  0.0165485 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1128  polysaccharide biosynthesis protein  21.84 
 
 
508 aa  43.5  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>