More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4921 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4921  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  610  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0815  transcriptional regulator, LysR family protein  51.56 
 
 		 299 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1372  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 293 aa  297  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.465511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0813  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 292 aa  166  5.9999999999999996e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.909105  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 300 aa  158  9e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 292 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.23 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  30.31 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 292 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 292 aa  155  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.65 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 323 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  30.74 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 325 aa  148  9e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 295 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  28.42 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  30.46 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.51 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.1 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.25 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.87 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 313 aa  142  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 298 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  28.87 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  31.02 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 399 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  30.55 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1245  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>