More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4788 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  716    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 329 aa  333  2e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  45.81 
 
 		 330 aa  305  7e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  33.69 
 
 		 336 aa  189  8e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  33.22 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  33.69 
 
 		 331 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  33.69 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 334 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 334 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 299 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  34 
 
 		 335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.03 
 
 		 329 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 325 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.83 
 
 		 336 aa  156  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 348 aa  151  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 331 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.64 
 
 		 326 aa  149  8e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  29.08 
 
 		 324 aa  147  3e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  27.86 
 
 		 336 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 351 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  30.96 
 
 		 327 aa  142  7e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 344 aa  142  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 344 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 344 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 344 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 344 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 344 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 344 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  28.27 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 324 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4426  transcriptional activator FtrA  33.82 
 
 		 331 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 326 aa  139  4.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 332 aa  139  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 326 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 331 aa  138  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  28.1 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  28.69 
 
 		 321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  28.53 
 
 		 330 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.5 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 387 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  27.68 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  29.2 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1334  putative transcriptional regulator  28.28 
 
 		 317 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15150  putative transcriptional regulator  29.45 
 
 		 317 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.414846  hitchhiker  0.0000298096 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  31.02 
 
 		 333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  30.47 
 
 		 345 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1234  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 320 aa  133  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  31.17 
 
 		 312 aa  133  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4085  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 331 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.825112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 		 362 aa  132  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4197  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 331 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.855071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2695  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 344 aa  132  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.448661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  26.61 
 
 		 327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.09 
 
 		 327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  30.58 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0747  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.46918  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0761  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321335  normal  0.450606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 335 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3774  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 349 aa  129  8.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964953  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0431  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  28.57 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0741  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.885746 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  27.3 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6432  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 332 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.39 
 
 		 325 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2502  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3780  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  27.83 
 
 		 334 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2002  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.513633  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>