More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4662 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  600  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  50.69 
 
 		 294 aa  308  5e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 295 aa  236  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 289 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.02 
 
 		 290 aa  233  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 300 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  39.01 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 299 aa  225  6e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 305 aa  222  7e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  37.23 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 293 aa  204  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 293 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 295 aa  202  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 293 aa  202  7e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 293 aa  201  9e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 293 aa  201  9e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 289 aa  192  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  30.45 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  30.8 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 317 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.22 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 311 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  25.68 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  28.87 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.57 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  28.57 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 298 aa  132  7.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.57 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.21 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.21 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.21 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.21 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  25.78 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  25.78 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  25.78 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>