More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4080 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 
230 aa  479  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  53.91 
 
 
229 aa  250  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  53.28 
 
 
224 aa  238  8e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.66 
 
 
224 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.80203e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.22 
 
 
224 aa  228  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  1.01532e-08 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  54.81 
 
 
226 aa  227  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  49.35 
 
 
228 aa  227  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.64 
 
 
230 aa  224  8e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  51.07 
 
 
230 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  51.07 
 
 
230 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  52.49 
 
 
238 aa  223  3e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.21 
 
 
230 aa  221  6e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.38 
 
 
235 aa  221  9e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  45.11 
 
 
230 aa  220  1e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.22 
 
 
225 aa  219  2e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.21 
 
 
228 aa  219  2e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23479e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.79 
 
 
228 aa  218  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  50 
 
 
229 aa  218  9e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  51.97 
 
 
224 aa  217  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  44.26 
 
 
230 aa  217  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  48.28 
 
 
237 aa  214  6e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.79 
 
 
229 aa  214  8e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.44017e-05  hitchhiker  3.09962e-08 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.21 
 
 
242 aa  213  1e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  45.85 
 
 
232 aa  203  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.37 
 
 
238 aa  194  9e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.95 
 
 
223 aa  184  9e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  48.79 
 
 
209 aa  179  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  45.83 
 
 
279 aa  159  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  41.85 
 
 
178 aa  146  3e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  35.18 
 
 
560 aa  100  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  36.36 
 
 
383 aa  100  3e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.27 
 
 
332 aa  95.5  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  35.42 
 
 
314 aa  89.4  5e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  33.17 
 
 
351 aa  88.6  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  34.12 
 
 
216 aa  88.6  8e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  30 
 
 
299 aa  87.8  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1825  pseudouridine synthase  32.8 
 
 
306 aa  87.8  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  33.33 
 
 
250 aa  86.3  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 
293 aa  85.9  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.73 
 
 
322 aa  85.5  6e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 
299 aa  84.3  1e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.45 
 
 
330 aa  84.7  1e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  31.55 
 
 
376 aa  84.3  2e-15  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.99 
 
 
305 aa  83.6  3e-15  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  33.87 
 
 
306 aa  82.8  4e-15  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  33.58 
 
 
227 aa  82.8  4e-15  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  31.31 
 
 
243 aa  82.4  5e-15  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  31.13 
 
 
327 aa  82  7e-15  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  32.35 
 
 
234 aa  82  7e-15  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  32.12 
 
 
307 aa  81.6  8e-15  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  29.06 
 
 
301 aa  81.3  1e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  32.11 
 
 
307 aa  81.6  1e-14  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  31.84 
 
 
252 aa  81.6  1e-14  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  9.31063e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  34.25 
 
 
246 aa  81.3  1e-14  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.05 
 
 
314 aa  80.9  1e-14  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  38.1 
 
 
329 aa  80.1  2e-14  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.11 
 
 
307 aa  80.5  2e-14  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.11 
 
 
307 aa  80.1  2e-14  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.05 
 
 
276 aa  80.5  2e-14  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.11 
 
 
307 aa  80.5  2e-14  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1352  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.53 
 
 
299 aa  80.1  2e-14  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000522959  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.04 
 
 
323 aa  80.5  2e-14  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  31.22 
 
 
301 aa  80.5  2e-14  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.15636e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  31.72 
 
 
304 aa  80.5  2e-14  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  33.14 
 
 
332 aa  79.7  3e-14  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.96 
 
 
368 aa  80.1  3e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  31.37 
 
 
228 aa  79.7  3e-14  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  30.37 
 
 
305 aa  79.7  3e-14  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.08 
 
 
322 aa  79.7  3e-14  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.12 
 
 
307 aa  79.3  4e-14  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.29 
 
 
296 aa  79.3  4e-14  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1989  pseudouridine synthase  30.43 
 
 
254 aa  79.3  5e-14  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  28.88 
 
 
298 aa  79.3  5e-14  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  32.45 
 
 
295 aa  79.3  5e-14  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  31.62 
 
 
306 aa  79  5e-14  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  31.38 
 
 
301 aa  79  6e-14  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.87 
 
 
221 aa  79  6e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  32.39 
 
 
302 aa  79  7e-14  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  32.57 
 
 
364 aa  79  7e-14  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  30.73 
 
 
240 aa  78.6  8e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  31.58 
 
 
222 aa  78.6  8e-14  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61490  DRAP deaminase and pseudouridylate synthase  28.33 
 
 
425 aa  78.6  8e-14  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2838  pseudouridine synthase, RluD  29.57 
 
 
296 aa  78.6  8e-14  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.25771e-14  decreased coverage  1.22587e-21 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  30.52 
 
 
314 aa  78.6  9e-14  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.85 
 
 
321 aa  78.2  9e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.81 
 
 
343 aa  77.8  1e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  28.9 
 
 
326 aa  77.8  1e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  32.7 
 
 
306 aa  78.2  1e-13  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  31.18 
 
 
320 aa  78.2  1e-13  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  2.85325e-09 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  30.61 
 
 
307 aa  77.8  1e-13  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  26.85 
 
 
325 aa  78.2  1e-13  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  31.87 
 
 
345 aa  77.4  2e-13  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  30.36 
 
 
224 aa  77.4  2e-13  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  27.43 
 
 
244 aa  77.4  2e-13  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.05 
 
 
307 aa  77  2e-13  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.5 
 
 
307 aa  77.4  2e-13  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  32.93 
 
 
302 aa  77.4  2e-13  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  31.55 
 
 
303 aa  77  2e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  31.05 
 
 
307 aa  77  2e-13  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.05 
 
 
307 aa  77  2e-13  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>