More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4021 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
353 aa  735    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  61.59 
 
 
368 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  63.31 
 
 
367 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  63.31 
 
 
367 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  62.66 
 
 
367 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  61.59 
 
 
368 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  61.59 
 
 
368 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  61.59 
 
 
368 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  62.42 
 
 
364 aa  410  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  60.25 
 
 
367 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  60.25 
 
 
367 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  59.93 
 
 
375 aa  401  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  53.85 
 
 
368 aa  386  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  43.08 
 
 
334 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  48.92 
 
 
338 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  47.04 
 
 
371 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  48.76 
 
 
341 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  46 
 
 
371 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  46 
 
 
371 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  48.73 
 
 
343 aa  301  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  49.51 
 
 
341 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  48.16 
 
 
369 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  46.45 
 
 
341 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  43.91 
 
 
337 aa  300  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  48.16 
 
 
365 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  48.16 
 
 
341 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  48.16 
 
 
421 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  43.91 
 
 
337 aa  300  3e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  48.16 
 
 
365 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  48.16 
 
 
341 aa  300  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  48.16 
 
 
341 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  48.87 
 
 
340 aa  298  7e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  45.09 
 
 
337 aa  298  8e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  47.87 
 
 
365 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  48.87 
 
 
338 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  44.98 
 
 
331 aa  296  3e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
332 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
332 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
332 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 
332 aa  296  4e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
332 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
332 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
332 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  44.38 
 
 
331 aa  296  5e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  44.37 
 
 
334 aa  295  7e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 
332 aa  295  9e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  43.87 
 
 
401 aa  295  9e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  47.2 
 
 
339 aa  293  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  48.22 
 
 
333 aa  291  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  48.22 
 
 
331 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  45.19 
 
 
332 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  45.19 
 
 
332 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  44.87 
 
 
355 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  45.19 
 
 
332 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  44.87 
 
 
355 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  44.87 
 
 
332 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  45.16 
 
 
344 aa  288  9e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  44.69 
 
 
339 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  43.65 
 
 
343 aa  286  4e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  43.71 
 
 
334 aa  286  4e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  43.99 
 
 
334 aa  286  5e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  43.65 
 
 
343 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3665  AraC family transcriptional regulator  47.19 
 
 
401 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747363  normal  0.253179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  44.66 
 
 
344 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2064  AraC family transcriptional regulator  46.88 
 
 
335 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405224  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 
339 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2234  AraC family transcriptional regulator  47.27 
 
 
335 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.498713 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3448  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 
325 aa  279  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2238  AraC family transcriptional regulator  45.96 
 
 
330 aa  278  8e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.390455  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  41.61 
 
 
337 aa  277  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  44.48 
 
 
331 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  44.52 
 
 
341 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  43.14 
 
 
315 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  41.43 
 
 
332 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5042  transcriptional regulator, AraC family  43.41 
 
 
332 aa  270  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363358  normal  0.505144 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  42.07 
 
 
324 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  43.73 
 
 
317 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  43.97 
 
 
314 aa  268  8e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  43.97 
 
 
314 aa  268  8e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1614  transcriptional regulator  44.05 
 
 
332 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  40.95 
 
 
332 aa  267  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  40.37 
 
 
339 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  43.97 
 
 
314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  43.93 
 
 
314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 
319 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 
315 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  42.95 
 
 
314 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  40.37 
 
 
340 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  41.01 
 
 
338 aa  264  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  40.58 
 
 
341 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  41.5 
 
 
314 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  43.65 
 
 
326 aa  262  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  41.69 
 
 
336 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  41.69 
 
 
336 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 
314 aa  261  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  41.82 
 
 
324 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  40.38 
 
 
325 aa  260  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4999  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 
314 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258482  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4474  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 
314 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 
314 aa  258  9e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>